New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | 2693368 = | 153 (0.800) | 20 (0.120) | 11/136 | NT | 14.2% | intergenic (+39/+317) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
? | USA300TCH1516_ALE | 2693417 = | 112 (0.690) | intergenic (+88/+268) | mtrR/rocA | HTH‑type transcriptional regulator MtrR/1‑pyrroline‑5‑carboxylate dehydrogenase |
Only 100 of 285 total aligned reads displayed.
CGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCGTGTACTACTATCGTTTTTTATTTTTATCGTGCTTATCGCTATTAAAACAACTGATACACA > USA300TCH1516_ALE/2693278‑2693458 | cGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATA < 2:2668853‑M1/91‑1 (MQ=255) cGAAGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATA < 1:2816087‑M1/91‑1 (MQ=255) aaagtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataa > 2:2979775‑M1/91‑91 (MQ=255) agtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataaaa > 1:1701053‑M1/89‑91 (MQ=255) aaGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAA < 1:1525898‑M1/91‑1 (MQ=255) gtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataaaaa < 2:3557948‑M1/4‑1 (MQ=255) gtcatttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcaagataaaaataaaaa > 2:3106725‑M1/88‑91 (MQ=255) aGATATTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAA > 1:3533420‑M1/1‑91 (MQ=255) atatTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAAc < 1:2500609/91‑1 (MQ=255) atttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACg < 1:289647‑M1/7‑1 (MQ=255) tttagatagcggctttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGa < 1:2969115‑M1/8‑1 (MQ=255) tttagatagcggatttatttttttcttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGa > 1:3458821‑M1/84‑91 (MQ=255) atTGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGa < 1:2445340/91‑1 (MQ=255) ttGATAACATTTTCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGAt > 2:2272380/1‑91 (MQ=255) 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ttttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACGTTCATAATAAAAACGATAGTGTacac < 2:2219994/91‑1 (MQ=255) tttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACg > 1:2120913/1‑91 (MQ=255) tttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACg > 1:818804/1‑91 (MQ=255) ttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGt > 2:1836802/1‑91 (MQ=255) ttCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGt > 1:3863068/1‑91 (MQ=255) tCCATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGtt > 1:1405462/1‑91 (MQ=255) ccATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTa > 2:185511/1‑91 (MQ=255) cATAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTaa < 2:3331237/91‑1 (MQ=255) tAGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATg > 2:1312098/1‑91 (MQ=255) aGATTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGa < 2:2593306/91‑1 (MQ=255) aTTAATCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAAt > 2:1626258/1‑91 (MQ=255) aaTCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAAT‑AAAAacgatagtgtacacgaattcattaacg < 1:651415‑M1/91‑28 (MQ=255) cttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgt > 1:3334126‑M1/60‑91 (MQ=255) ttcatagtttatgtgttgtgtatcagttgttttaatagcgataagcacgataaaaataAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgtg > 2:550156‑M1/59‑91 (MQ=255) tCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgtg > 2:3705056/1‑91 (MQ=255) tCAATATTAAGATTAAATAGTAGATGAGAAACTCATGAGCGTTACCAACATTCATAATAAAAACGATAGTGTACACGTTAATGAATTCgtg < 2:63086/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |