| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2787502 = | 220 (1.150) | 20 (0.120) | 14/142 | NT | 10.0% | intergenic (+48/‑192) | zipA_3/manR_2 | Cell division protein ZipA/Transcriptional regulator ManR |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2787547 = | 165 (0.980) | intergenic (+93/‑147) | zipA_3/manR_2 | Cell division protein ZipA/Transcriptional regulator ManR | |||||
CATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2787600‑2787502‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑actgctgttCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTTTAATAAT > USA300TCH1516_ALE/2787547‑2787636 CATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCA > 1:3126268/1‑91CATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCA > 1:679136/1‑91CATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCA > 2:896096/1‑91CATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCA > 1:3126074/1‑91 ATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCAC < 1:664691/91‑1 ATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCAC < 2:43006/91‑1 ATTAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCAC < 2:43046/91‑1 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG < 2:1255132/91‑1 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG > 2:3626176/1‑91 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG > 2:3626234/1‑91 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG > 1:2819075/1‑91 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG > 1:2547737/1‑91 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG < 1:68553/91‑1 TAAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTG < 1:68811/91‑1 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC > 2:3011457/1‑91 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC > 2:3014008/1‑91 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC > 1:3402018/1‑91 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC > 2:1692787/1‑91 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC < 2:1121106/91‑1 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC < 2:3208923/91‑1 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC < 2:3653258/91‑1 AAAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGC > 1:136988/1‑91 AAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCT > 2:3740752/1‑91 AAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCT < 1:2597054/91‑1 AAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCT > 2:917054/1‑91 AAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCT > 2:920763/1‑91 AAGCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCT < 2:1246009/91‑1 GCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGT < 1:1765657/91‑1 GCGAACTTTTATATGATTTTAACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGT > 1:1194179/1‑91 ACAGAGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCA > 2:83511/1‑91 AGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCCGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCT > 1:1143210/1‑91 AGTGCGAATTATGCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCT > 1:1143181/1‑91 GCAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATA > 2:1412132/1‑91 CAAATAAAGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATAT > 2:138002/1‑91 AGAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTT > 1:2002708/1‑91 GAACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTC > 2:167335/1‑91 ACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGC > 2:1727285/1‑91 ACAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGC > 2:2274376/1‑91 CAGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCT > 2:3830109/1‑91 AGCAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTT > 2:495151/1‑91 CAGTAAGATATTTCAAATAGAAAAATATCTCACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTA > 1:2752767/1‑91 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ACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGT < 1:1611167/91‑1 ACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGT > 2:1108840/1‑91 ACTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGT > 2:3291948/1‑91 ACTGCTGTTCTTTATGTGCATAATTGGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGT < 2:3361014/91‑1 CTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTT < 2:3205302/91‑1 CTGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTT < 1:3258787/91‑1 CTGCTGTTCTTTACTTGCATAATTCGCACTCTGTTAAAATCATGTAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTT < 1:3884209/91‑1 TGCTGTTCTTTATTTGCATAATTCGCTCTCTGTTATCATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGCCGTATGTATATGCTCTCATGTTT > 2:3358225/1‑91 CTGTTCTTTATTTGCTTAATTCGCACTCTGTTAAAATCATATAAAAGTTCGCTTTAATGTCATTGACGTATGTATAAGCTCTCATGTTTAA > 2:3540615/1‑91 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |