| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 151 (0.790) | 15 (0.090) | 10/138 | NT | 11.0% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 112 (0.680) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2830290‑2830190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accgcgtgtttAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/2830247‑2830336 TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCA < 2:3696912/91‑1TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCA > 2:1314335/1‑91 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:543243/91‑1 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:543228/91‑1 CGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACC < 2:3644600/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGTAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCG < 1:568370/91‑1 GAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCG < 2:2018071/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC < 1:2911154/91‑1 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 2:1774881/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 2:1775082/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC > 1:2225190/1‑91 AAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGC < 2:403604/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATCTGTATACCAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 1:2301031/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 2:204765/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 2:1148092/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:423188/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:3188622/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG < 1:1295101/91‑1 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 1:2299355/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 1:2299145/1‑91 AGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCG > 1:1538786/1‑91 TTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGT < 1:2777610/91‑1 TAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTT < 1:435142/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 1:178238/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 2:3073472/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 2:2643981/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 2:1116195/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT < 1:3703425/91‑1 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 2:1115175/1‑91 AAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT > 1:438207/1‑91 TATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCAC > 2:267668/1‑91 TAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAAGTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTAGTATACATATATTCTAAATGCACCTT > 2:3369472/1‑91 AACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTA > 1:1488568/1‑91 CACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAA > 1:3661495/1‑91 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAC > 2:755425/1‑91 ACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAC > 2:3822090/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCCCATTTAAACTTCG > 1:2335633/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 1:2589804/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 1:2589770/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 1:2589744/1‑91 GGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCG > 1:3387296/1‑91 TAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTA > 1:2295203/1‑91 AAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAA > 1:1405170/1‑91 AGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATCCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAA > 1:3299408/1‑91 GATTTCGCCCACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAAT < 2:2295203/91‑1 ACCGCGTGTTTAATTTTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCG > 2:637614/1‑91 ACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCG < 2:3028592/91‑1 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:1028275/1‑91 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC < 1:2984531/91‑1 CCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGC > 1:2121371/1‑91 CGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA < 2:219439/91‑1 GCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAA > 1:3340658/1‑91 GCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAA < 2:1504765/91‑1 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA < 1:2266189/91‑1 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA > 1:2291991/1‑91 CGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAA < 2:2694830/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA < 1:508010/91‑1 GTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAA > 2:882585/1‑91 TGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAAT > 1:2835543/1‑91 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAcgt > 2:2321963/1‑88 GTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATT < 2:1488568/91‑1 TTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTT < 1:3568543/91‑1 TTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTT < 1:3568584/91‑1 TTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTT < 1:3568699/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:978687/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:2404683/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:2121371/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:1727903/91‑1 TTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA > 2:1148341/1‑91 TTAATATTGTTATACATATATTCCAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTA < 2:3808896/91‑1 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > 1:2210278/1‑91 TAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT < 1:584687/91‑1 TACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATTAAACACGCGGTAAAACGAAGTCAGTCAATTCAAACTGATTTCGCCCACCGCGTGTTT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < USA300TCH1516_ALE/2830290‑2830190‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑accgcgtgtttAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCAAAATTTAT > USA300TCH1516_ALE/2830247‑2830336 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |