| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2830190 = | 151 (0.790) | 15 (0.090) | 10/138 | NT | 11.0% | intergenic (+18/+429) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2830247 = | 112 (0.680) | intergenic (+75/+372) | icaC/lipA_2 | putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1 | |||||
Only 100 of 289 total aligned reads displayed.
ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTT > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830280 | aTTGCATGAATTCTATATCTTTAGGATTATTATTGGAAATCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAA < 1:3605158‑M1/91‑1 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:3049747‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTACTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTGTTAATTATTAAGCTATGTTAAAA > 2:2968813‑M1/1‑91 (MQ=255) taaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattaa < 2:2404683‑M1/2‑1 (MQ=255) taaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattaa < 2:1727903‑M1/2‑1 (MQ=255) taaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattaa < 2:2121371‑M1/2‑1 (MQ=255) tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:3881644‑M1/1‑91 (MQ=255) tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAA > 1:1675053‑M1/1‑91 (MQ=255) aaattttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattaaa < 1:3568699‑M1/3‑1 (MQ=255) gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAAC < 1:279130‑M1/91‑1 (MQ=255) acgtttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAac > 2:2321963‑M1/88‑91 (MQ=255) cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 2:2364491‑M1/91‑1 (MQ=255) cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACA < 1:766864‑M1/91‑1 (MQ=255) attttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAaca > 1:2835543‑M1/87‑91 (MQ=255) tttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcg > 1:2291991‑M1/85‑91 (MQ=255) tttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcg < 1:2266189‑M1/7‑1 (MQ=255) tttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcg < 2:2694830‑M1/7‑1 (MQ=255) ttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcgc > 1:3340658‑M1/84‑91 (MQ=255) ttgcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACAcgc < 2:1504765‑M1/8‑1 (MQ=255) gcgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCgg > 1:1028275‑M1/82‑91 (MQ=255) aTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG < 2:426991‑M1/91‑1 (MQ=255) aTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 1:1775082‑M1/1‑91 (MQ=255) ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGT < 1:587325‑M1/91‑1 (MQ=255) cgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGt < 2:3028592‑M1/11‑1 (MQ=255) cgaaaatatcatttctgtcccactcccattggcatttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaaaattAAACACGCGGt > 2:637614‑M1/81‑91 (MQ=255) atatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAGAACACGCGGTGGGc > 1:2324143/1‑91 (MQ=255) tatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCg < 1:3170980/91‑1 (MQ=255) tatCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCg > 2:3164496/1‑91 (MQ=255) atCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa > 2:2846981/1‑91 (MQ=255) tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGG > 1:625899‑M1/1‑83 (MQ=255) ttAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc < 2:970958/91‑1 (MQ=255) tAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCa < 1:3546022/91‑1 (MQ=255) aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAg > 2:1128234/1‑91 (MQ=255) aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAg > 1:1888461/1‑91 (MQ=255) gTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGtt > 2:2776701/1‑91 (MQ=255) gTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGtt > 2:1429282/1‑91 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt < 2:1578249/91‑1 (MQ=255) tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt > 2:1360670/1‑91 (MQ=255) ttattaTTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTg > 1:2526720/1‑91 (MQ=255) ttGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga < 2:903991/91‑1 (MQ=255) tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac > 2:544958/1‑91 (MQ=255) tGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgac > 2:229118/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:3348242/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:1462125/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:219439/1‑91 (MQ=255) ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgact > 1:716190/1‑91 (MQ=255) acaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGTTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 2:363489/1‑91 (MQ=255) acaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt > 1:1591856/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg > 2:1873641/1‑91 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCg < 2:178036/91‑1 (MQ=255) aacCATATAAATTGAACATTAATGCGTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttc < 2:1121718‑M1/91‑32 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCTGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttc > 2:3840825/1‑90 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt < 2:3686745/91‑1 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 1:3808896/1‑91 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 1:3032233/1‑91 (MQ=255) cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttt > 1:1727903/1‑91 (MQ=255) ttacgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtttt > 1:1405170‑M1/46‑91 (MQ=255) atatAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtttt > 1:2683557/1‑91 (MQ=255) tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGttttg > 2:1359089/1‑90 (MQ=255) tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa > 1:1328332‑M2/1‑90 (MQ=255) cgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTAcc > 1:3387296‑M1/43‑91 (MQ=255) cgaagtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTAcc > 1:2589770‑M1/43‑91 (MQ=255) aaaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAACAAAGATAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccg > 2:2467548‑M2/1‑87 (MQ=255) aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgc < 2:2254902‑M2/91‑6 (MQ=255) gtttaaatgtgcaattagaatatatgtataacaatattAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgt > 2:755425‑M1/39‑91 (MQ=255) tGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtg > 1:3791266‑M2/1‑83 (MQ=255) tGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtg > 1:2981846‑M2/1‑83 (MQ=255) gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAAACAGTTTGAATTGACAGACTTCGTTTTaccgcgtgt > 2:3824714‑M2/1‑82 (MQ=255) aaCATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTaccgcgtgtt > 1:89052‑M2/1‑81 (MQ=255) cATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttt < 1:1510545‑M1/91‑48 (MQ=255) aaggtgcatttagaatatatgtatactaatattAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGACTTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTa > 2:3369472‑M1/34‑91 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa < 1:209554/91‑1 (MQ=255) aTTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa > 1:2130278/1‑91 (MQ=255) ttAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAat < 2:1675053/91‑1 (MQ=255) gCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGt > 2:2023667/1‑91 (MQ=255) tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat > 1:978687/1‑91 (MQ=255) attaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtata > 2:1264666/1‑91 (MQ=255) ttaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATAc > 1:2303106/1‑91 (MQ=255) taattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatagcttaa < 1:1748989‑M1/91‑61 (MQ=255) aattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACat > 1:1444611/1‑91 (MQ=255) ttattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatat < 2:952916/91‑1 (MQ=255) tattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatata > 1:2643087/1‑91 (MQ=255) attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat > 2:2919506/1‑91 (MQ=255) ttaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATAtt < 2:49022/91‑1 (MQ=255) taaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTc > 2:3568543/1‑91 (MQ=255) aGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTa > 2:3808926/1‑91 (MQ=255) tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc < 1:1080039/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc > 1:2396595/1‑91 (MQ=255) tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc < 2:3204521/91‑1 (MQ=255) tGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc < 1:990675/91‑1 (MQ=255) ttAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGcac < 1:614830/91‑1 (MQ=255) tAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGcaca > 2:1179997/1‑91 (MQ=255) aaaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt < 1:525778/91‑1 (MQ=255) aaaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt < 2:1054044/91‑1 (MQ=255) aaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt > 1:417299/1‑91 (MQ=255) aaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAtt < 1:1248888/91‑1 (MQ=255) aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatag < 1:2334964‑M1/66‑56 (MQ=255) aaaCACGCGGTaaaacgaagtcagtcaattcaaactgatttcgcccaccgcgtgtttttaacatag > 2:2334964‑M1/1‑11 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt < 1:3703425‑M1/91‑1 (MQ=255) AAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt > 2:1116195‑M1/1‑91 (MQ=255) | ATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTT > USA300TCH1516_ALE/2830100‑2830280 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |