| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850830 | 117 (0.610) | 16 (0.100) | 10/132 | NT | 13.0% | intergenic (+29/+90) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 118 (0.750) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850830‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaaagcaccctaaAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA < USA300TCH1516_ALE/2850851‑2850762 GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAAC > 2:252858/1‑91 CAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACA > 1:1744228/1‑91 CAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACA < 1:679801/91‑1 AGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAA > 1:469446/1‑91 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA > 1:559257/1‑91 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA < 2:744223/91‑1 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA < 2:742224/91‑1 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA > 2:742063/1‑91 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA > 2:741860/1‑91 GGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAA > 1:2903568/1‑91 TTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAG < 1:2163113/91‑1 aaacCTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGC > 2:3511577/5‑91 TTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGC < 2:2353974/91‑1 TTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGC > 1:461690/1‑91 aacCTGCAGCTATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:408216/4‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA < 1:2175634/91‑1 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:2403416/1‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 2:2402083/1‑91 TGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCA > 1:28865/1‑91 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACGAACAAAAGCACC < 2:3096812/91‑1 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACGAACAAAAGCACC < 2:3098031/91‑1 ACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACC < 2:1914316/91‑1 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC > 1:270241/1‑91 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC > 1:270051/1‑91 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC < 2:2855501/91‑1 CTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCC < 2:1645281/91‑1 TGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 2:1375675/91‑1 TGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCT < 2:2219381/91‑1 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA < 2:1945629/91‑1 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA > 2:3537174/1‑91 CAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA < 2:1450453/91‑1 TTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACT < 2:1543731/91‑1 AATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGTACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAA < 2:2002461/91‑1 TGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAAT < 2:383254/91‑1 ATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 1:2137866/91‑1 ATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 1:2139115/91‑1 ATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 2:2405503/91‑1 ATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTA < 1:2137786/91‑1 TGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAG < 2:2718743/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:729043/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 2:1436908/91‑1 AGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGG < 1:283792/91‑1 GATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG < 1:795529/91‑1 GATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTG < 2:3742761/91‑1 TTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCT < 2:806686/91‑1 TTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTT < 2:2881698/91‑1 TACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACTAACAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTT < 2:3404655/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 1:3287785/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 1:1263245/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG > 2:1295675/1‑91 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 1:898018/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG > 2:3648025/1‑91 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 2:2819347/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG < 1:2962119/91‑1 CAAAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTG > 1:3846733/1‑91 AAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTA < 2:280323/91‑1 AAAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTA > 1:268135/1‑91 AAGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAA < 2:1025546/91‑1 AGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAA < 1:887393/91‑1 AGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAA > 1:3763439/1‑91 AGCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAA < 1:887204/91‑1 GCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAAT < 1:2262987/91‑1 GCACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAAT < 1:1369832/91‑1 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC < 1:2060353/91‑1 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC < 2:3562868/91‑1 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC < 1:2862314/91‑1 ACCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCC > 1:445122/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT < 1:1431750/91‑1 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:2773931/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT < 1:1432027/91‑1 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT < 1:3297390/91‑1 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 1:1172725/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:1272876/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT < 1:2381813/91‑1 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT < 2:1453557/91‑1 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 1:2191868/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 1:2191811/1‑91 CCCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCT > 2:469446/1‑91 CCTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTC > 1:378183/1‑91 CTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCA > 1:1452495/1‑91 CTAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCA > 2:905110/1‑91 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT < 2:598040/91‑1 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT > 1:399140/1‑91 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT < 2:1319321/91‑1 TAAAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCAT < 2:1319358/91‑1 AAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA < 1:3395024/91‑1 AAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA < 1:3395172/91‑1 GCAGGTTTGACTGCAGCCATTGAAGCTATTTCTAATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > USA300TCH1516_ALE/2850727‑2850830‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑caaaagcaccctaaAGTTAGACTTAAACTAACAAATTAGGGTGCTTTTGTTTGTGCACTTATAACTATTCCGTTGTGCCCAGGGCTAGGTGTAAATCCTCATCA < USA300TCH1516_ALE/2850851‑2850762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |