| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850830 | 117 (0.610) | 16 (0.100) | 10/132 | NT | 13.0% | intergenic (+29/+90) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2850851 | 118 (0.750) | intergenic (+50/+69) | pcp/USA300HOU_RS14605 | Pyrrolidone‑carboxylate peptidase/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 253 total aligned reads displayed.
ATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTC > USA300TCH1516_ALE/2850761‑2850941 | caatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTa > 1:1185538‑M1/54‑91 (MQ=255) caatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTa > 2:2382780‑M1/54‑91 (MQ=255) atgaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTtta < 2:598040‑M2/91‑4 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 2:2302316‑M1/53‑91 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 2:2371319‑M1/53‑91 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 1:1569831‑M1/53‑91 (MQ=255) aatgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAg > 1:1512336‑M1/53‑91 (MQ=255) gaGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagg > 1:378183‑M2/1‑86 (MQ=255) tgttgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 1:3487803‑M1/51‑91 (MQ=255) tgtcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAggg > 1:2575876‑M1/51‑91 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg < 1:1432027‑M2/91‑7 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:2773931‑M2/1‑85 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg < 1:3297390‑M2/91‑7 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 2:1272876‑M2/1‑85 (MQ=255) aGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttaggg > 1:2191811‑M2/1‑85 (MQ=255) ggATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggt > 1:445122‑M2/1‑84 (MQ=255) tcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTg > 1:1451139‑M1/49‑91 (MQ=255) tcgtttagctaaaatacatcattatagtaaaactgtataccaatcatcCAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTg > 1:2759724‑M1/49‑91 (MQ=255) aTTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgc < 1:1369832‑M2/91‑10 (MQ=255) ttACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgctt < 2:1025546‑M2/91‑12 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg > 1:3846733‑M2/1‑77 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 2:2819347‑M2/91‑15 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg > 2:3648025‑M2/1‑77 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg < 1:1263245‑M2/91‑15 (MQ=255) cacCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTttagggtgcttttg > 2:1295675‑M2/1‑77 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTATGGTGCTTTTgg > 1:3525223/1‑91 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg < 1:3139886/91‑1 (MQ=255) acCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTgg > 1:2422422/1‑91 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg < 1:2945584/91‑1 (MQ=255) tAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatg < 1:1992410/91‑1 (MQ=255) aGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGgatga < 1:2269769/91‑1 (MQ=255) ccTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTg > 1:88737/1‑91 (MQ=255) tGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGt < 2:2432357/91‑1 (MQ=255) tGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGt > 2:2319121/1‑91 (MQ=255) tGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGt > 1:2367925/1‑91 (MQ=255) tGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGt < 2:1126138/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 1:3594148/91‑1 (MQ=255) ggCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtat < 1:1625259/91‑1 (MQ=255) gCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata > 1:3212174/1‑91 (MQ=255) gCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata < 2:3120096/91‑1 (MQ=255) gCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGtata < 2:1048506/91‑1 (MQ=255) acaACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTTGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACa < 2:2993351/91‑1 (MQ=255) caACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTAGGATGATTGGTATACAg > 1:1872554/1‑91 (MQ=255) aCGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATGCAGtt < 2:337525/91‑1 (MQ=255) ggAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtttt < 1:2895147/91‑1 (MQ=255) ggAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGtttt < 2:2227356/91‑1 (MQ=255) gAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTa > 2:1460191/1‑91 (MQ=255) gAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTa > 1:117495/1‑91 (MQ=255) aaTAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTAc < 1:2825814/91‑1 (MQ=255) gTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata > 1:2405428/1‑91 (MQ=255) gTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata > 1:2067113/1‑91 (MQ=255) gTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACtata > 1:1128163/1‑91 (MQ=255) ataAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatg < 2:1703918/91‑1 (MQ=255) taAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatga > 2:2004710/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat < 1:3272677/91‑1 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat > 2:3427675/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat > 2:3620543/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat > 2:3620556/1‑91 (MQ=255) aaGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgat > 2:800158/1‑91 (MQ=255) aGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAatgatg < 2:2179229/91‑1 (MQ=255) gTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGt < 2:898018/91‑1 (MQ=255) caaacaaaAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTAtttt > 1:3672173/1‑91 (MQ=255) 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aaGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCtttt < 1:643954/91‑1 (MQ=255) aGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCttttt > 1:1345736/1‑91 (MQ=255) tAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTaa < 1:800158/91‑1 (MQ=255) aCTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACt > 1:1252329/1‑91 (MQ=255) aCTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACt > 1:221207/1‑91 (MQ=255) cTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACtt < 2:612407/91‑1 (MQ=255) | ATGATGAGGATTTACACCTAGCCCTGGGCACAACGGAATAGTTATAAGTGCACAAACAAAAGCACCCTAATTTGTTAGTTTAAGTCTAACTTTAGGGTGCTTTTGGATGATTGGTATACAGTTTTACTATAATGATGTATTTTAGCTAAACGACATTGTTTAGTCTTCTTTTTTTAACTTC > USA300TCH1516_ALE/2850761‑2850941 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |