| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 3772 = | 382 (0.690) | 48 (0.100) | 17/140 | NT | 12.3% | intergenic (+388/‑96) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | CP000731 | 3805 = | 353 (0.730) | intergenic (+421/‑63) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0005/USA300HOU_pUSA300HOUMR0006 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 877 total aligned reads displayed.
GCATATATAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGTCTATTTATTTTTCTTTCGACGCCGTATCGTCGATGTAATTCAAAA > CP000731/3682‑3862 | aaaagtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaaa < 1:2104914‑M1/2‑1 (MQ=255) atatatAAGTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAA > 2:2906945‑M1/1‑91 (MQ=255) atataAGTCTTAGATCTAAAACTATCGGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAG < 2:3367340‑M1/91‑1 (MQ=255) agtgatgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAg < 2:1492578‑M1/5‑1 (MQ=255) atgtagatttatagcccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTAc < 1:2776769‑M1/9‑1 (MQ=255) gTTTTAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTAccc > 1:497685/1‑91 (MQ=255) tAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGa < 1:1752754/91‑1 (MQ=255) tAGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGa < 2:3283269/91‑1 (MQ=255) aGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGAt > 2:2457902/1‑91 (MQ=255) aGATATAAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGAt > 2:3548862/1‑91 (MQ=255) tataAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATaaa < 2:177983/91‑1 (MQ=255) taAAACTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGt > 1:3745549/1‑91 (MQ=255) cccactttatctggggtagattttattttttATGCGCTGTAAAAAATCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa > 1:3590257‑M1/32‑91 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctgg < 1:527340‑M1/91‑14 (MQ=255) aaaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGa < 1:313417/91‑1 (MQ=255) ccataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAg > 2:3337920‑M1/68‑91 (MQ=255) aaCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAg < 2:2862986‑M2/91‑2 (MQ=255) cataacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 2:1376209‑M1/67‑91 (MQ=255) cataactgttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 2:91463‑M1/67‑91 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg > 1:3509582‑M2/1‑89 (MQ=255) aCTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAgg < 1:1238456‑M2/91‑3 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggt < 1:3810178‑M1/91‑17 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggt > 1:1083068‑M2/1‑88 (MQ=255) cTATATGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATCCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggt < 2:270750‑M2/91‑4 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggta < 1:1599810‑M1/91‑18 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta < 2:3418328‑M2/91‑5 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta > 1:2175630‑M2/1‑87 (MQ=255) tataTGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGAATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggta < 2:3199593‑M1/91‑18 (MQ=255) taacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTa > 2:2385805‑M1/65‑91 (MQ=255) aacttttttgaattacatcgacgatacggcgtcgaaagaaaaataaatagaccgtatgaaagaAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAg > 1:1687297‑M1/64‑91 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc < 1:778079‑M2/91‑7 (MQ=255) tatGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagc < 2:1221256‑M2/91‑7 (MQ=255) atGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta > 2:2305128‑M2/1‑84 (MQ=255) tGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagctt < 2:2149382‑M1/91‑22 (MQ=255) tGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagctt < 2:2647998‑M2/91‑9 (MQ=255) tGAATCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggtagctt < 1:2265938‑M2/91‑9 (MQ=255) aaTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagctttt < 1:585729‑M1/91‑24 (MQ=255) aaTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagctttt < 2:3076124‑M1/91‑24 (MQ=255) aaTCACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCtcactttatctggggtagctttt < 2:2598856‑M1/91‑24 (MQ=255) cACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAggta < 1:2378276‑M2/82‑5 (MQ=255) cACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttct < 2:3118958/91‑1 (MQ=255) cACCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttct > 1:2898157/1‑91 (MQ=255) aCCCCTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttctt > 1:1802619/1‑91 (MQ=255) ccccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAGGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttcttt > 2:3619639/1‑91 (MQ=255) ccccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTtttcttt > 2:1909153/1‑91 (MQ=255) ccTAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCa < 2:2507337/91‑1 (MQ=255) tAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATa > 2:2809678/1‑91 (MQ=255) tAAATCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATa > 2:686953/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATAc > 1:2635954/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATAc < 1:2847595/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACg < 2:609889/91‑1 (MQ=255) aTCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACgg < 1:2688877/91‑1 (MQ=255) tCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGt > 1:2540621/1‑91 (MQ=255) tCTTTAAAATGCCCTCTTAAAATTCAAAATAAGGGCATAAAAAATAAAAGCTACCCCAGATAAAGTGAGGTAGCTTTTTCTTTCATACGGt > 1:1318177/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |