| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | 7662 = | 457 (0.820) | 55 (0.110) | 14/138 | NT | 12.0% | intergenic (+272/+254) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | 7700 = | 413 (0.860) | intergenic (+310/+216) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 863 total aligned reads displayed.
GTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTG > CP000731/7572‑7752 | gTTTACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAA < 1:35785‑M1/91‑1 (MQ=255)cttaattctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcga > 2:1539436‑M1/91‑91 (MQ=255) ttACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAA < 1:274078‑M1/91‑1 (MQ=255) taattctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgaaa > 1:2483339‑M1/89‑91 (MQ=255) taattctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgaaa < 1:1214630‑M1/3‑1 (MQ=255) tACCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAA > 2:1918608‑M1/1‑91 (MQ=255) attctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgaaaaa < 2:2182733‑M1/5‑1 (MQ=255) aCCCTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAA > 2:686658‑M1/1‑91 (MQ=255) ttctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAg > 1:648941‑M1/86‑91 (MQ=255) tctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGc > 1:2568951‑M1/85‑91 (MQ=255) ccTAATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGC < 1:1857536‑M1/91‑1 (MQ=255) ctctttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCa < 2:3682425‑M1/8‑1 (MQ=255) tttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACg > 1:527171‑M1/81‑91 (MQ=255) tttaacaaactagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcaacaatcgAAAAAGCAACg > 1:2394793‑M1/81‑91 (MQ=255) aTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACG > 1:1330216‑M1/1‑91 (MQ=255) aTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAA < 2:1289707‑M1/84‑1 (MQ=255) tCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGc < 2:189024/91‑1 (MQ=255) gAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCAc < 1:2903255/91‑1 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 1:1264438/1‑91 (MQ=255) aaTAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTa < 1:3494693/91‑1 (MQ=255) tAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTaaa < 2:2488074/91‑1 (MQ=255) tAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTaaa > 1:2172945/1‑91 (MQ=255) 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cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 2:180643‑M2/91‑3 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 1:2027966‑M2/91‑3 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 1:869489‑M2/91‑3 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgt < 2:752555‑M1/91‑20 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgt < 2:2682881‑M1/91‑20 (MQ=255) tgtatatacaaaatatcataaataatagatgaatagtttaattgtaggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGt > 1:3875337‑M1/62‑91 (MQ=255) tgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGt > 2:2253158‑M1/62‑91 (MQ=255) tgtgaaatgctATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:1611867‑M1/87‑21 (MQ=255) 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aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 2:2580302‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgct > 1:312537‑M2/1‑84 (MQ=255) aaaTGCTCTTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctt > 2:3778841‑M2/1‑83 (MQ=255) aaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgctt < 1:2248552‑M1/91‑25 (MQ=255) aaaTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctt > 2:3419225‑M2/1‑83 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:3484638‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:2095152‑M2/1‑81 (MQ=255) aTGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgctttt > 2:3259155‑M2/1‑81 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |