| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 7672 | 441 (0.790) | 65 (0.140) | 19/138 | NT | 14.1% | intergenic (+282/+244) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | = 7688 | 413 (0.860) | intergenic (+298/+228) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 948 total aligned reads displayed.
ATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAT > CP000731/7582‑7762 | aTCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACG > 2:2600377‑M1/1‑91 (MQ=255) tCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGc < 2:3560106/91‑1 (MQ=255) gAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCAc < 1:1669483/91‑1 (MQ=255) aaCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACt < 1:3476561/91‑1 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 2:2769077/1‑91 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 1:1264438/1‑91 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 1:2608562/1‑91 (MQ=255) aCAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACtt > 1:727470/1‑91 (MQ=255) aTAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTaa < 2:3424033/91‑1 (MQ=255) aTAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTaa > 2:3280297/1‑91 (MQ=255) ctagaaatattgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTaaa > 1:211984‑M1/72‑91 (MQ=255) aacgaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTACATTTGAAATATGAGAATTATTTAACTACATAAATGAGAAAAAAGCAAAGCACTTTAAAt > 2:1122495/5‑91 (MQ=255) aaaaaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAAt > 1:2438869/1‑91 (MQ=255) aaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAg > 1:1556306/1‑91 (MQ=255) aaaTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAg > 2:2539083/1‑91 (MQ=255) aTACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGAt < 1:2175706/91‑1 (MQ=255) tACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtg < 2:3113653‑M1/91‑17 (MQ=255) attgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAc > 1:3798660‑M1/64‑91 (MQ=255) attgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAc > 1:277889‑M1/64‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:3042193‑M1/63‑91 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg < 1:479323‑M2/91‑3 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg > 1:2373336‑M2/1‑89 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgt < 1:3284462‑M1/91‑20 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt > 2:505972‑M2/1‑88 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgtt < 1:932584‑M1/91‑21 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgtt < 1:2711460‑M2/91‑5 (MQ=255) tGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgtt < 2:1729737‑M2/91‑5 (MQ=255) gTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttg < 1:1163067‑M1/91‑22 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGCGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc < 2:2392421‑M2/91‑7 (MQ=255) tAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgc > 1:3647040‑M2/1‑85 (MQ=255) 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ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 2:3520047/91‑1 (MQ=255) tGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtg > 2:1398489/1‑91 (MQ=255) gTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatt < 1:2306763‑M1/91‑35 (MQ=255) tCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgat > 1:3341329/1‑91 (MQ=255) tCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgat > 1:1882249/1‑91 (MQ=255) tCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgat > 2:719266/1‑91 (MQ=255) cACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgatg > 1:3205924/1‑91 (MQ=255) cACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgatg < 1:623949/91‑1 (MQ=255) aCTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtgatga > 2:1563430/1‑91 (MQ=255) gCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTGCGATTGATGAACAcc > 2:3370783/1‑91 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCGACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 1:3075290/91‑1 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt > 1:2899790/1‑91 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 2:2080397/91‑1 (MQ=255) cTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCt < 2:650646/91‑1 (MQ=255) tatatGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAAt < 1:814633/91‑1 (MQ=255) gaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAAtt > 1:3386903‑M1/32‑91 (MQ=255) 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aaaaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcat > 2:1212094‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcat > 1:2739414‑M1/1‑10 (MQ=255) aaaaGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttagaaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcat > 2:3484698‑M1/1‑10 (MQ=255) AAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGta < 2:861830‑M1/91‑1 (MQ=255) aaGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattt < 1:2248638‑M2/91‑68 (MQ=255) AAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGtat > 2:1037402‑M1/1‑91 (MQ=255) aGCAACGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcatttt > 1:312537‑M1/1‑7 (MQ=255) aGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcatttt < 1:976495‑M2/91‑69 (MQ=255) 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aCGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaa < 1:2649630‑M1/91‑89 (MQ=255) aCGCACTTTAAATAAGATAcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaa < 2:2682881‑M2/91‑73 (MQ=255) ACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACa < 1:343039‑M1/91‑1 (MQ=255) cGtatcttatttaaagtgcgttgcttttttctcatttataaggttaaataattctcatatatcaagcaaagtgacaatagcattttacaag < 2:180643‑M1/91‑90 (MQ=255) GCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAt < 1:3733187‑M1/91‑1 (MQ=255) GCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAt < 1:1373281‑M1/91‑1 (MQ=255) | ATCGAACAATAAAAAATACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAAT > CP000731/7582‑7762 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |