| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 7672 | 441 (0.790) | 65 (0.140) | 19/138 | NT | 14.1% | intergenic (+282/+244) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase |
| ? | CP000731 | = 7688 | 413 (0.860) | intergenic (+298/+228) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0010/blaZ | MarR family transcriptional regulator/beta‑lactamase | |||||
Only 100 of 782 total aligned reads displayed.
TACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGATTTTTTGTATATACAATATTTCTAGTTTGTTAA > CP000731/7598‑7778 | tACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATa > 1:2920988/1‑91 (MQ=255)tACTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATa > 1:1882621/1‑91 (MQ=255) attgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAc > 1:277889‑M1/64‑91 (MQ=255) attgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAc > 1:3798572‑M1/64‑91 (MQ=255) aCTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAGCGCACTTTAAATAAGATAc > 2:3392337‑M2/1‑90 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaattatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:3596470‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 2:768536‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 1:3458654‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 1:3629052‑M1/63‑91 (MQ=255) ttgtatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACg > 1:959002‑M1/63‑91 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg > 2:141926‑M2/1‑89 (MQ=255) cTTGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcg > 2:69907‑M2/1‑89 (MQ=255) ttGTAAAATGCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATAcgt < 2:2373095‑M2/91‑4 (MQ=255) tatatacaaaaaatcataaataatagatgaatagtttaattataggtgttcatcaatcgAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTg > 2:1143277‑M1/60‑91 (MQ=255) 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gCTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTc > 1:862749/1‑91 (MQ=255) cTATTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCg > 1:2635592/1‑91 (MQ=255) aTTGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAt > 2:839441/1‑91 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 2:1911512/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt > 2:2267958/1‑91 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 2:3520047/91‑1 (MQ=255) ttGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGAtt < 2:54968/91‑1 (MQ=255) tGTCACTTTGCTTGATATATGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATtg > 2:2232716/1‑91 (MQ=255) 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atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa > 1:601755/1‑91 (MQ=255) atGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaa < 2:1775760/91‑1 (MQ=255) tGAGAATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTaaa < 1:2706097/91‑1 (MQ=255) gagaATTCTTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTCTAATTAAAc < 1:1946768/91‑1 (MQ=255) gaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTa > 2:2628003/1‑91 (MQ=255) gaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTa < 2:638026/91‑1 (MQ=255) gaATTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTa > 2:1854385/1‑91 (MQ=255) aaTTATTTAACCTTATAAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTAt < 1:2055667/91‑1 (MQ=255) 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ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 2:2857100/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta < 1:670489/91‑1 (MQ=255) ataAATGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTAttattta > 1:729381/1‑91 (MQ=255) aaaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATg < 2:3319105/91‑1 (MQ=255) aaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGa < 2:3107907/91‑1 (MQ=255) aaTGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGa > 1:3854894/1‑91 (MQ=255) tGAGAAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAtt < 1:648658/91‑1 (MQ=255) gaAAAAAGCAACGCACTTTAAATAAGATACGTTGCTTTTTCGATTGATGAACACCTATAATTAAACTATTCATCTATTATTTATGAttttt < 1:786077/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |