| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | CP000731 | = 17199 | 350 (0.630) | 20 (0.040) | 10/138 | NT | 6.1% | intergenic (‑138/+109) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein |
| ? | CP000731 | = 17213 | 319 (0.670) | intergenic (‑152/+95) | USA300HOU_pUSA300HOUMR0021/USA300HOU_pUSA300HOUMR0023 | IS431 mec transposase/bacitracin ABC ATP binding cassette transporter, membrane protein | |||||
Only 100 of 615 total aligned reads displayed.
ACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATAAAA > CP000731/17110‑17289 | aCAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATcaacaa < 1:250365/91‑1 (MQ=255)aCAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATcaacaa > 1:1556946/1‑91 (MQ=255) aGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaata < 2:2254740/91‑1 (MQ=255) gAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaataa < 1:2698529/91‑1 (MQ=255) gAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACaataa > 1:2531368/1‑91 (MQ=255) cctcctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCa > 2:3284457/1‑91 (MQ=255) ctcctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCat < 2:2822104/91‑1 (MQ=255) ctcctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCat < 1:2316417/91‑1 (MQ=255) ctcctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCat > 2:187244/1‑91 (MQ=255) cctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCatat > 2:2094433/1‑91 (MQ=255) ctAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATg < 1:1444684/91‑1 (MQ=255) tAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGa < 2:1668934/91‑1 (MQ=255) aCTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattat < 1:1209943‑M1/91‑15 (MQ=255) aCTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGAcc > 2:734560/1‑91 (MQ=255) aCTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGAcc < 2:2193107/91‑1 (MQ=255) tGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtg > 1:3578593‑M2/1‑89 (MQ=255) ttatagagcagattaaagcatttattttaggtgtagttgaagggttgacagaatttgctccagTATCATCAACAATAATCATATGACCTGt > 1:456763‑M1/64‑91 (MQ=255) gTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgt < 1:325966‑M2/91‑4 (MQ=255) gTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgt > 2:2142357‑M2/1‑88 (MQ=255) atagagcagattaaagcatttattttaggtgtagttgaagggttgacagaatttgctccagTATCATCAACAATAATCATATGACCTGTtg > 2:414397‑M1/62‑91 (MQ=255) aTTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattattgttg < 2:475918‑M1/91‑20 (MQ=255) ttACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattattgttga < 1:1871715‑M1/91‑21 (MQ=255) tagagcagattaaagcatttattttaggtgtagttgaagggttgacagaatttgctccagTATCATCAACAATAATCATATGACCTGTtga > 1:1630362‑M1/61‑91 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattattgttgat < 2:1184492‑M1/91‑22 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAggtcatatgattattgttgat < 1:1774261‑M1/91‑22 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgat < 2:2289360‑M2/91‑8 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgat > 1:2436879‑M2/1‑84 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgat > 1:1095759‑M2/1‑84 (MQ=255) tACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTAAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgat > 2:337022‑M2/1‑84 (MQ=255) agagcagattaaagcatttattttaggtgtagttgaagggttgacagaatttgctccagTATCATCAACAATAATCATATGACCTGTtgat > 1:3769819‑M1/60‑91 (MQ=255) accaccTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgatg < 2:3744799‑M2/91‑9 (MQ=255) ccaccTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCtgttgatga < 1:1707668‑M2/91‑10 (MQ=255) tAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGa > 2:2496990/1‑74 (MQ=255) aaaaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGa < 1:3841746/91‑1 (MQ=255) aaaaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTGTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGa < 2:1779197/91‑1 (MQ=255) aaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGGAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGc < 1:3176291/91‑1 (MQ=255) aaGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGc > 2:2361679/1‑91 (MQ=255) agtagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCa > 2:2563145/1‑91 (MQ=255) agtagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCa > 2:848672/1‑91 (MQ=255) agtagtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCa > 1:2105471/1‑91 (MQ=255) agtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAAt < 1:1120519/91‑1 (MQ=255) agtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAAt < 1:2727680/91‑1 (MQ=255) agtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAAt > 1:3337382/1‑91 (MQ=255) gtTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAAtt < 1:1667209/91‑1 (MQ=255) ttGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTc > 1:2892762/1‑91 (MQ=255) ttGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTc > 2:3037937/1‑91 (MQ=255) 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atcaACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggta > 2:1757520‑M1/1‑7 (MQ=255) atcaACAATAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggta < 2:1527935‑M2/91‑71 (MQ=255) atcaACAATAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggta < 2:293548‑M2/91‑71 (MQ=255) ATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGctct > 2:3656706‑M1/1‑91 (MQ=255) tcaACAggtcatatgattattgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgagtctgcaactacttttaaggtggtaa > 2:2682968‑M1/1‑6 (MQ=255) tcaACAATAATCATATGACCtgttgatgatatgtggttaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtgataa < 1:3489664‑M2/91‑72 (MQ=255) CAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCtat > 2:3740511‑M1/1‑91 (MQ=255) CAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCtat < 1:3428511‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATaa < 1:1375806‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATaa > 2:940885‑M1/1‑91 (MQ=255) aggtcatatgattattgttgatgatatgtggtaaacactgctgacgatttaggaagtgcgtctgcaactacttttaaggtggtaatacagt < 2:2895805‑M1/91‑91 (MQ=255) AATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATaaaa > 2:3494341‑M1/1‑91 (MQ=255) AATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATaaaa < 2:3828196‑M1/91‑1 (MQ=255) AATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAACAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATaaaa > 1:2265110‑M1/1‑91 (MQ=255) | ACAGAACCTCCTAACTGTATTACCACCTTAAAAGTAGTTGCAGACGCACTTCCTAAATCGTCAGCAGTGTTTAACCACATATCATCAACAATAATCATATGACCTGTTGATGATACTGGAGCAAATTCTGTCAACCCTTCAACTACACCTAAAATAAATGCTTTAATCTGCTCTATAAAA > CP000731/17110‑17289 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |