| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 2161 | 198 (1.040) | 23 (0.130) | 14/152 | NT | 10.3% | intergenic (+256/‑22) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 2172 | 214 (1.180) | intergenic (+267/‑11) | dnaA/dnaN | Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta | |||||
Only 100 of 272 total aligned reads displayed.
CGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2071‑2251 | cGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAAC < 2:2036366‑M1/91‑1 (MQ=255) gCCAAATCTATATATTTAAGACTTATCCACCAATCCACGGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACa > 2:3822663‑M1/1‑90 (MQ=255) ccAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGa < 2:3581491/91‑1 (MQ=255) ccAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGa > 1:1434414/1‑91 (MQ=255) aaTCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTg > 1:208259/1‑91 (MQ=255) tCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGa < 2:642887/91‑1 (MQ=255) cTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttcca < 1:1987312‑M1/91‑9 (MQ=255) tATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccag < 1:923166‑M1/91‑10 (MQ=255) aTGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATGTAAACtccttccagt < 1:3304807‑M1/91‑11 (MQ=255) tGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACGTACTACTATTACTAAGAACTTAAAAGCTATATAATTATATATAAACtccttccagtc < 1:3440844‑M1/91‑12 (MQ=255) gTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcg < 2:1108543‑M1/91‑13 (MQ=255) gTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAg < 2:1966252‑M2/91‑2 (MQ=255) tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt > 2:979961‑M2/1‑89 (MQ=255) tAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTtta > 1:2951269/1‑91 (MQ=255) aGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaat > 1:2584204/1‑91 (MQ=255) gACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaatt < 1:56995/91‑1 (MQ=255) aCTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTttaatta < 1:3866705/91‑1 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATGTATAAACGACTGGAAGGAGTTttaattaa > 2:1712494/1‑91 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatata < 1:206430‑M1/91‑23 (MQ=255) cTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatata < 1:2794555‑M1/91‑23 (MQ=255) ttATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTtaattaat < 2:2703859/91‑1 (MQ=255) ttATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTtaattaat < 1:1289949/91‑1 (MQ=255) ttATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTtaattaat < 2:378255/91‑1 (MQ=255) tATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAATAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatg < 2:3062354/91‑1 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatataatt < 2:1454811‑M1/91‑26 (MQ=255) aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatataatt < 2:3394321‑M1/91‑26 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatataatta < 2:2104933‑M1/91‑27 (MQ=255) tCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACtccttccagtcgtttatatataatta < 2:2579260‑M1/91‑27 (MQ=255) caccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATgg > 1:1075863/1‑91 (MQ=255) caccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGAATGGAAGGAGTTTTAATTAATGATgg > 1:3621629/1‑91 (MQ=255) caATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAAt < 1:1574722/91‑1 (MQ=255) caATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAAt > 1:834551/1‑91 (MQ=255) aaTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAAtt < 1:3036765/91‑1 (MQ=255) aaTCCACAGCACCTACTACCATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAACCGACTGCAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAAtt > 2:1498124/1‑91 (MQ=255) aTCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTc < 2:3109789/91‑1 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa < 1:31556/91‑1 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa < 2:2916893/91‑1 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa < 2:2671406/91‑1 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa > 2:2610781/1‑91 (MQ=255) tCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCa < 1:2561150/91‑1 (MQ=255) ccACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCAc > 2:1563781/1‑91 (MQ=255) caGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTAt > 2:3855843/1‑91 (MQ=255) gCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTa > 2:2981317/1‑91 (MQ=255) aCCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaa < 1:1018937/91‑1 (MQ=255) aCCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTaaa > 1:1889678/1‑91 (MQ=255) tactactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAaga < 1:1413492/91‑1 (MQ=255) tactactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAaga < 2:320459/91‑1 (MQ=255) tactactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAaga > 2:1660394/1‑91 (MQ=255) tactactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAaga > 1:1370384/1‑91 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 1:75436/1‑91 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 1:793405/1‑91 (MQ=255) actactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 2:2367652/1‑91 (MQ=255) actactaTTAATAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAagag > 2:1049441/1‑91 (MQ=255) ctactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAgaga < 1:2700199/91‑1 (MQ=255) tactaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGat > 2:1964218/1‑91 (MQ=255) actaTTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGatt < 1:961348/91‑1 (MQ=255) aCTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttatttta > 1:728380/1‑91 (MQ=255) cTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttattttat < 1:3287660/91‑1 (MQ=255) aaGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTttatta > 1:1161994/1‑91 (MQ=255) aGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTac < 2:1889678/91‑1 (MQ=255) aGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTac > 1:2405696/1‑91 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca < 1:2309762/91‑1 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAATATTTTATTaca < 1:2981317/91‑1 (MQ=255) gAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTCAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTaca > 2:3487592/1‑91 (MQ=255) aaCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGAATGGAAGGAGATTTAATTAATGATGGAAGTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTacat > 2:2746194/1‑90 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACgactggaaggagtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgc > 2:627729‑M1/1‑29 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTCATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca < 1:3356827/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca < 1:74499/91‑1 (MQ=255) aCTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTAcaca > 1:3435616/1‑91 (MQ=255) ttAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAt < 1:905880/91‑1 (MQ=255) tAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGAttatttta < 2:335994/81‑1 (MQ=255) tAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAtt > 1:3060688/1‑91 (MQ=255) tAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAAtt < 1:3542431/91‑1 (MQ=255) aaaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaa > 1:851727/1‑91 (MQ=255) aaaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaa > 1:3312403/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 2:3653847/1‑91 (MQ=255) aaCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTaaa > 2:1319600/1‑91 (MQ=255) aCCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAAt > 1:1702666/1‑91 (MQ=255) tatataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGac < 1:3745137/91‑1 (MQ=255) tatataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGac > 2:1531031/1‑91 (MQ=255) tataATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGacac < 1:659648/91‑1 (MQ=255) taATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAt < 1:1271824/91‑1 (MQ=255) aaTTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAtt > 1:2172286/1‑91 (MQ=255) aaTTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACAtt > 1:478448/1‑91 (MQ=255) ttATATATAAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataa < 2:427738‑M2/91‑69 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagt < 1:2224034‑M2/91‑71 (MQ=255) atatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTaaaa > 1:3664423/1‑91 (MQ=255) tatataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAg < 1:2533969/91‑1 (MQ=255) atataAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGc > 1:518510/1‑91 (MQ=255) taAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAt < 2:810492/91‑1 (MQ=255) aaaCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTAtt < 2:1192038/91‑1 (MQ=255) aaCGACTG‑AAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaa < 2:3875393‑M2/91‑79 (MQ=255) aCtccttccagtcgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaa > 1:1386310‑M1/1‑2 (MQ=255) aCtccttccagtcgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaa > 2:2899001‑M1/1‑2 (MQ=255) aCtccttccagtcgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaa > 2:979497‑M1/1‑2 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTc > 2:2774071/1‑91 (MQ=255) aCGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTc > 1:1217734/1‑91 (MQ=255) cGACTGGAAGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaac < 1:2952125‑M2/91‑80 (MQ=255) cGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCa > 2:3439155/1‑91 (MQ=255) cGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCa > 2:1254922/1‑91 (MQ=255) | CGCCAAATCTATGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCA > USA300TCH1516_ALE/2071‑2251 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |