BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
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*	?	USA300TCH1516_ALE	= 2172	214 (1.180)	23 (0.130)	14/152	NT	10.3%	intergenic (+267/‑11)	dnaA/dnaN	Chromosomal replication initiator protein DnaA/DNA polymerase III subunit beta

Only 100 of 276 total aligned reads displayed.

TGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAAC  >  USA300TCH1516_ALE/2082‑2262

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  tttttAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAgt                                                                                          >  1:1287535‑M2/1‑89 (MQ=255)

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             tATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAATAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatg                                                                               <  2:3062354/91‑1 (MQ=255)

              aTCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAatga                                                                              >  1:3516256/1‑91 (MQ=255)

                 caccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATgg                                                                           >  1:1075863/1‑91 (MQ=255)

                   ccaATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGaa                                                                         >  2:1139346/1‑91 (MQ=255)

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                                                                                 aCTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCAcc           <  2:2733774/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  cTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACATAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCa          >  1:3298155/1‑91 (MQ=255)

                                                                                  cTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCa          <  2:2204555/91‑1 (MQ=255)

                                                                                  cTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCa          >  1:2060564/1‑91 (MQ=255)

                                                                                   tGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCaa         >  1:629998/1‑91 (MQ=255)

                                                                                    ggAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAg        <  2:2838805/91‑1 (MQ=255)

                                                                                      aaGGAgtttatatataattatataggttttaagttcttagtaatagtagtaggtgctgtggattggtggataagtcttaaaaacatagatt      <  2:926875‑M2/91‑87 (MQ=255)

                                                                                       aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac     >  1:2386640/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac     >  2:3673333/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac     >  2:2264505/1‑91 (MQ=255)

                                                                                       aGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaac     <  1:1774668/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        ggAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaaca    <  1:2469478/91‑1 (MQ=255)

                                                                                        ggAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaaca    >  1:1644961/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         gAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaacaa   >  2:2960640/1‑91 (MQ=255)

                                                                                         gAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaacaa   <  2:38883/91‑1 (MQ=255)

                                                                                         gAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGaacaa   <  2:1434414/91‑1 (MQ=255)

TGTTTTTAAGACTTATCCACCAATCCACAGCACCTACTACTATTACTAAGAACTTAAAACCTATATAATTATATATAAACGACTGGAAGGAGTTTTAATTAATGATGGAATTCACTATTAAAAGAGATTATTTTATTACACAATTAAATGACACATTAAAAGCTATTTCACCAAGAACAAC  >  USA300TCH1516_ALE/2082‑2262

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 27 ≤` `ATCG/ATCG` `< 37 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.