| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 29630 | 182 (0.960) | 22 (0.130) | 13/142 | NT | 11.4% | intergenic (+22/‑368) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 29658 | 182 (1.080) | intergenic (+50/‑340) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ | |||||
Only 100 of 310 total aligned reads displayed.
GGTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCAT > USA300TCH1516_ALE/29540‑29721 | ggTAAGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCA > 2:587407‑M1/1‑91 (MQ=255) aaGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTg < 2:3519888/91‑1 (MQ=255) aaGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTg < 2:2101126/91‑1 (MQ=255) aGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGc < 1:3178442/91‑1 (MQ=255) aGGATAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGc < 1:635566/91‑1 (MQ=255) tAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAGGCTAGCATTGCAAGc < 2:1678487/91‑1 (MQ=255) tAAAACGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGc > 1:3684004/1‑91 (MQ=255) aaaCGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCtc < 2:3204615/91‑1 (MQ=255) aaCGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCtca < 1:36487/91‑1 (MQ=255) aaCGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCtca < 1:545230/91‑1 (MQ=255) aCGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCtcat < 2:3344802/91‑1 (MQ=255) aCGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCtcat > 2:3752572/1‑91 (MQ=255) cGAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCtcatc < 2:552309/91‑1 (MQ=255) gAATACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATCGCAAGCtcatca < 1:2996946/91‑1 (MQ=255) aaTACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTcatcat > 1:1364810/1‑91 (MQ=255) aaTACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTcatcat > 1:2263300/1‑91 (MQ=255) aTACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCata > 1:1987344/1‑91 (MQ=255) aTACTTACTATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCata > 1:2419091/1‑91 (MQ=255) tacttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCatat > 1:2550286/1‑91 (MQ=255) cttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgt < 1:908548/91‑1 (MQ=255) ttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgtg < 1:901015/91‑1 (MQ=255) ttactATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATAtgtg < 1:43755/91‑1 (MQ=255) ctATGTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTaaga < 1:1440168/91‑1 (MQ=255) gTCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCg > 1:149618/1‑91 (MQ=255) tCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCgg > 2:3302097/1‑91 (MQ=255) cGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGt > 1:2241403‑M2/1‑90 (MQ=255) gAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtg < 2:1718411‑M2/91‑3 (MQ=255) aaGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgc > 1:2116805‑M2/1‑88 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGGATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgct < 2:1584550‑M1/91‑33 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgct < 1:3528602‑M1/91‑33 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgct > 1:2067804‑M2/1‑87 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgct > 1:3483501‑M2/1‑87 (MQ=255) aGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgct > 2:3099341‑M2/1‑87 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgcta < 2:2337895‑M1/91‑34 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgcta < 2:244534‑M2/91‑6 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAACATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgcta < 2:3062243‑M1/91‑34 (MQ=255) cGACAAATAATAACCTTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgctag < 2:2055527‑M1/91‑35 (MQ=255) cGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctag > 2:832389‑M2/1‑85 (MQ=255) 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taaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCt < 2:140694/91‑1 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 2:2512056/1‑91 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 1:356295/1‑91 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 2:2203526/1‑91 (MQ=255) aCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTgg < 1:3404677/91‑1 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt > 1:535018/1‑91 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt < 2:434687/91‑1 (MQ=255) ccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAccgcttctcacatatgatgagcttgcaatgctagcttactacgattca < 2:2231325‑M1/91‑49 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |