| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 29630 | 182 (0.960) | 22 (0.130) | 13/142 | NT | 11.4% | intergenic (+22/‑368) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 29658 | 182 (1.080) | intergenic (+50/‑340) | yycI/yycJ | Two‑component system WalR/WalK regulatory protein YycI/Putative metallo‑hydrolase YycJ | |||||
Only 100 of 260 total aligned reads displayed.
TCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAT > USA300TCH1516_ALE/29568‑29748 | tCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCgg > 2:565814/1‑91 (MQ=255) gAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtg > 1:128079‑M2/1‑89 (MQ=255) aaGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgc > 1:2116612‑M2/1‑88 (MQ=255) aaGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgc > 1:1386724‑M2/1‑88 (MQ=255) aaGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgc < 2:1996106‑M2/91‑4 (MQ=255) gCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgcta < 2:2545724‑M2/91‑6 (MQ=255) cGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctag > 1:3849995‑M2/1‑85 (MQ=255) cGACAAATAATAACCCGAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctag > 2:3708271‑M2/1‑85 (MQ=255) gACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagc < 2:1220657‑M2/91‑8 (MQ=255) gACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagc < 1:1789374‑M2/91‑8 (MQ=255) gACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCAGTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagc < 2:2689371‑M2/91‑8 (MQ=255) aCAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagct < 2:3311564‑M2/91‑9 (MQ=255) aCAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagct > 2:465387‑M2/1‑83 (MQ=255) ataataACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCttttt > 1:1038391/1‑91 (MQ=255) ataataACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCttttt < 2:84806/91‑1 (MQ=255) aataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTg < 2:1456227/91‑1 (MQ=255) aataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTg > 1:2843086/1‑91 (MQ=255) ataaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGc < 2:23055/91‑1 (MQ=255) taaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCt < 2:140694/91‑1 (MQ=255) aaCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTg > 2:2203526/1‑91 (MQ=255) aCCGTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTgg < 1:3009270/91‑1 (MQ=255) aCCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTgg < 1:3404677/91‑1 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagcttattacgattc < 1:903534‑M2/91‑20 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt > 2:819179/1‑91 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt > 1:535028/1‑91 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt < 2:373920/91‑1 (MQ=255) cccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt < 2:434687/91‑1 (MQ=255) ccTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTa < 1:1615127/91‑1 (MQ=255) cTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGtgctagcttattacgattcat < 1:3747445‑M2/91‑22 (MQ=255) aaTTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGt > 1:56873/1‑90 (MQ=255) attattAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCACATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGttt > 1:3548353/1‑91 (MQ=255) ttattaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTtta < 1:2633873/91‑1 (MQ=255) ttattaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTtta < 2:1187136/91‑1 (MQ=255) attaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatt < 2:1523368/91‑1 (MQ=255) attaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatt > 1:353391/1‑91 (MQ=255) attaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatt < 1:1208568/91‑1 (MQ=255) ttaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatta > 1:3012065/1‑91 (MQ=255) ttaATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTttatta > 1:1809455/1‑91 (MQ=255) taATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTtattat > 1:149214/1‑91 (MQ=255) aaTCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAGGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATg < 2:3833436/91‑1 (MQ=255) aaTCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATg > 1:2239834/1‑91 (MQ=255) aTCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATCATgg > 1:3231568/1‑91 (MQ=255) cATTAATATGAATCGTAATAAGATAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCt < 2:2945805/91‑1 (MQ=255) ttAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCGTATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGa < 2:19844/91‑1 (MQ=255) ttAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGa < 2:702124/91‑1 (MQ=255) ttAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGa < 1:1960726/91‑1 (MQ=255) atatGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGt < 2:1413405/91‑1 (MQ=255) tatGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGGTTATTATGGCTGATGtt > 1:3585708/1‑91 (MQ=255) atGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGttt < 2:1632898/91‑1 (MQ=255) gAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCtttt < 2:3040618/58‑1 (MQ=255) gAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGttttt > 1:940625/1‑91 (MQ=255) aaTCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt < 2:2432146/65‑1 (MQ=255) aaTCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGt > 1:2432146/1‑65 (MQ=255) aTCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGc < 2:2381000/91‑1 (MQ=255) aTCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGc < 2:3426488/91‑1 (MQ=255) 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atcatATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCatat < 1:3386798/91‑1 (MQ=255) tcatATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATAtt > 1:348405/1‑91 (MQ=255) catATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATAttt < 1:2544174/91‑1 (MQ=255) catATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATAttt > 1:227198/1‑91 (MQ=255) atatGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGTTGGTATGGTTTATTATGGCTGATGTTCTTGCGTCTCCAACGTGCGCCTTTATTCATCtttt > 2:1807149/1‑91 (MQ=255) tgtgAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAg < 2:2851782/91‑1 (MQ=255) tgtgAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAg < 1:2378538/91‑1 (MQ=255) gtgAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGt < 2:2358850/91‑1 (MQ=255) gagaAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAg > 2:884550/1‑91 (MQ=255) gCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCg > 2:1920531/1‑91 (MQ=255) cGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGc > 1:692737/1‑91 (MQ=255) cGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTACTCATATTTTAAGTAGAACCGc > 2:2849795/1‑91 (MQ=255) ggTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCa < 2:2080892/91‑1 (MQ=255) | TCGAAGCGACAAATAATAACCCTAAAATTATTAATCATTAATATGAATCGTAATAAGCTAGCATTGCAAGCTCATCATATGTGAGAAGCGGTGCTAGCTTTTTTGCTGGTACGGTTTATTATGGCTGATGTTTTTGCGTCTCCAACGTGCGCATTTATTCATATTTTAAGTAGAACCGCAT > USA300TCH1516_ALE/29568‑29748 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |