| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 422512 | 181 (0.950) | 21 (0.130) | 8/136 | NT | 11.4% | coding (581/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 422533 | 174 (1.080) | coding (602/612 nt) | USA300HOU_RS01965 | hypothetical protein | |||||
Only 100 of 302 total aligned reads displayed.
ATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTATC > USA300TCH1516_ALE/422422‑422602 | ataCATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGT < 1:1910159‑M1/91‑1 (MQ=255) taCATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTtgtg > 1:1321143/1‑91 (MQ=255) aTTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGaaa > 1:3519816/1‑91 (MQ=255) agagTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAgt > 1:412103/1‑91 (MQ=255) agTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAgtgt > 2:1505762/1‑91 (MQ=255) gTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGtt < 1:3452717/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaGAGAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTtcaatgtcattaacacttttcacaagt < 1:1946191‑M1/91‑28 (MQ=255) aaaaGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTtcaatgtcattaacacttttcacaagtt < 2:121892‑M1/91‑29 (MQ=255) aaaGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAacaagttt < 1:3747776‑M2/91‑9 (MQ=255) aaaGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAacaagttt < 2:1331961‑M2/91‑9 (MQ=255) aGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGTCATTGAacaagtttga < 2:3711934‑M2/91‑11 (MQ=255) aGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAacaagtttga > 2:1659684‑M2/1‑81 (MQ=255) aGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAac > 2:155390‑M2/1‑77 (MQ=255) aGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAAtt < 2:685109/91‑1 (MQ=255) 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tgtgAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTa < 2:2673059/91‑1 (MQ=255) gtgAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTAt < 1:3028849/91‑1 (MQ=255) ttcaatgtcattaacacttttcacaagtttgaaagttacattttttatatcggctgtattaatttttacattttccctatctttttgtagc < 1:2159589‑M1/91‑91 (MQ=255) tgAAAAGTGTTAATGACATTGAacaagtttgaaagttacattttttatatcggctgtattaatttttacattttccctatctttttgtagc < 2:720225‑M2/91‑70 (MQ=255) tgAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTATc < 1:1757507/91‑1 (MQ=255) | ATACATTAGAGTCGCATAAAGAGCTACAAAAAGATAGGGAAAATGTAAAAATTAATACAGCCGATATAAAAAATGTAACTTTCAAACTTGTGAAAAGTGTTAATGACATTGAACAAGTTTGAAATTAAGCTAAATTAGTATATATAGTGTTTTATCGCTAATACTTTGAAAGTTAGGTATC > USA300TCH1516_ALE/422422‑422602 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |