| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 435390 = | 184 (0.970) | 18 (0.110) | 12/144 | NT | 10.9% | intergenic (‑86/+57) | USA300HOU_RS02045/USA300HOU_RS02050 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 435420 = | 130 (0.760) | intergenic (‑116/+27) | USA300HOU_RS02045/USA300HOU_RS02050 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 243 total aligned reads displayed.
TCCATAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAGCAAAA > USA300TCH1516_ALE/435300‑435480 | tcagcttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagatta > 2:2756546‑M1/91‑91 (MQ=255)tcagcttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagatta > 2:1682343‑M1/91‑91 (MQ=255) ccATAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAAc > 1:1722905/1‑91 (MQ=255) ccATAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTAATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAAc < 2:2208352/91‑1 (MQ=255) cagcttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattAc < 2:2752743‑M1/2‑1 (MQ=255) cATAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACt > 1:2562414/1‑91 (MQ=255) aaTAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACt < 2:3854659/90‑1 (MQ=255) gcttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTg > 2:2107624‑M1/88‑91 (MQ=255) gcttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTg < 1:495948‑M1/4‑1 (MQ=255) gcttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTg > 1:3556576‑M1/88‑91 (MQ=255) aTAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTg > 1:3210598/1‑91 (MQ=255) tAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGt < 2:160524/91‑1 (MQ=255) cttatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGt > 2:249470‑M1/87‑91 (MQ=255) tatgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTAc < 1:2570809‑M1/7‑1 (MQ=255) aGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTAc > 1:59892/1‑91 (MQ=255) aGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTAc < 1:3072398/91‑1 (MQ=255) aGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTAc < 1:3200925/91‑1 (MQ=255) aGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTAc > 2:757072/1‑91 (MQ=255) gAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACt < 1:916662/91‑1 (MQ=255) atgaagagattgatattacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACt > 1:2723292‑M1/84‑91 (MQ=255) aaCACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTa < 1:2224193/91‑1 (MQ=255) aaCACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTa > 1:275290/1‑91 (MQ=255) acCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCt < 1:287199/91‑1 (MQ=255) acCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCt < 1:2513599/91‑1 (MQ=255) ccTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCtt < 2:949883/91‑1 (MQ=255) tCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTaa < 2:1206835/91‑1 (MQ=255) tCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTaa > 1:3683080/1‑91 (MQ=255) cccAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAt < 2:3009005/91‑1 (MQ=255) cccAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAt < 2:1824543/91‑1 (MQ=255) cccAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAt > 2:1514020/1‑91 (MQ=255) cccAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAt < 1:1769611/91‑1 (MQ=255) cccAATTTAAATAATATTATAGCATAATCACCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAt > 2:3385869/1‑91 (MQ=255) ccAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAtt > 2:3046333/1‑91 (MQ=255) ccAATTTAAATAATATTATAGCATAACCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAAtt > 2:2218745/1‑91 (MQ=255) attacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gac > 1:1688070‑M1/70‑91 (MQ=255) tacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattccaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacag > 2:1752940‑M1/68‑91 (MQ=255) tacacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcgtagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacag > 1:3298423‑M1/68‑91 (MQ=255) tAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATTGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacag < 1:1182411/91‑1 (MQ=255) cacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagta > 1:2440521‑M1/66‑91 (MQ=255) cacattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagta > 1:727540‑M1/66‑91 (MQ=255) aataatATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagta > 2:579184/1‑91 (MQ=255) aataatATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagta > 2:376106/1‑91 (MQ=255) aataatATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagta < 2:3548663/91‑1 (MQ=255) acattttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagtac > 1:1044782‑M1/65‑91 (MQ=255) attttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagtacag > 1:1446602‑M1/63‑91 (MQ=255) aataTTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagtacag > 2:3146812/1‑91 (MQ=255) aataTTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagtacag > 2:3146886/1‑91 (MQ=255) aataTTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagtacag > 1:1961999/1‑91 (MQ=255) aataTTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑Gacagtacag > 2:3411450/1‑91 (MQ=255) tattatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GAcagtacagta < 1:544307/91‑1 (MQ=255) tattatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GAcagtacagta > 1:105709/1‑91 (MQ=255) ttatAGCATAATCGCCTGTTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTATAGTAAt < 1:927866/91‑1 (MQ=255) ttatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAAt > 1:1900655/1‑91 (MQ=255) ataGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAAtct > 2:1312929/1‑91 (MQ=255) aGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCa > 2:912562/1‑91 (MQ=255) aGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCa > 2:1989825/1‑91 (MQ=255) cATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCAtt < 2:64193/91‑1 (MQ=255) tAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCAtttt < 1:2072449/91‑1 (MQ=255) aaTCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAACTAGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTg < 2:2370394/91‑1 (MQ=255) cGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAAt > 2:2401727/1‑91 (MQ=255) ctgctgTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCa > 2:2346831/1‑91 (MQ=255) tgctgTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAg > 1:158300/1‑91 (MQ=255) 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taAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCa < 2:778969/91‑1 (MQ=255) taAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCa > 1:1149742/1‑91 (MQ=255) aaaaaaCTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAg > 1:341648/1‑91 (MQ=255) tACTGTACTGTCT‑AATTTAAGATAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAGCaaa < 2:2677297‑M1/90‑1 (MQ=255) aaCTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAGCaaa > 1:1516538/1‑91 (MQ=255) aaCTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAGCaaa > 1:33632/1‑91 (MQ=255) | TCCATAAGAACACCTCCCCAATTTAAATAATATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAGCAAAA > USA300TCH1516_ALE/435300‑435480 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |