| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 435390 = | 184 (0.970) | 18 (0.110) | 12/144 | NT | 10.9% | intergenic (‑86/+57) | USA300HOU_RS02045/USA300HOU_RS02050 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 435420 = | 130 (0.760) | intergenic (‑116/+27) | USA300HOU_RS02045/USA300HOU_RS02050 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TATTATAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCAGCAAAATGTGTAATATCAATCTCTTCATAAGCTGAA > USA300TCH1516_ALE/435330‑435510 | tattatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GAcagtacagta < 1:544307/91‑1 (MQ=255)tattatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GAcagtacagta < 2:1545961/91‑1 (MQ=255)tattatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GAcagtacagta > 1:105709/1‑91 (MQ=255) tttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttatttatcacactgaattcaaaatgagattactgtactatcttaaattagacagtacagta < 2:2675874‑M2/1‑1 (MQ=255) tttgctgaagcatctaaaggtcccaaagcttagttatcacactgaattcaaaatgagattactgtactatcttaaattagacagtacagta < 2:2677297‑M2/1‑1 (MQ=255) attatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTaa < 2:2346412/91‑1 (MQ=255) attatAGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTaa < 2:2183680/91‑1 (MQ=255) ttatAGCATAATCGCCTGTTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTATAGTAAt < 1:927866/91‑1 (MQ=255) tataGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAAtc < 1:1207612/91‑1 (MQ=255) ataGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAAtct > 2:1312929/1‑91 (MQ=255) aGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCa > 2:912562/1‑91 (MQ=255) aGCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCa < 2:2684508/91‑1 (MQ=255) gCATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCAt > 1:595946/1‑91 (MQ=255) cATAATCGCCTGCTGTAAAAGACTGTTCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCAtt > 1:2564302/1‑91 (MQ=255) 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ttCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCt > 1:1775044/1‑91 (MQ=255) tCATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCtt < 2:972575/91‑1 (MQ=255) cATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCttt < 1:1737527/91‑1 (MQ=255) cATAAACTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCttt < 2:1062869/91‑1 (MQ=255) aaaCTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTggg < 1:880088/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGAc < 2:1460104/91‑1 (MQ=255) aCTTTTAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGAc > 1:2693445/1‑91 (MQ=255) tttAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCtt < 1:2442850/91‑1 (MQ=255) tAAATGGTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTa < 2:1187476/91‑1 (MQ=255) attcaaaatgagattACTGTACTGTCT‑AATTTAAGATAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTa < 1:1184772‑M1/76‑1 (MQ=255) aaatgagattACTGTACTGTCT‑AATTTAAGATAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGc < 1:1488929‑M1/81‑1 (MQ=255) gTATAAAAATCTGTACTATCTTAAATTA‑TACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTCGATGCt < 2:1405849/91‑1 (MQ=255) gTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCt > 1:3621216/1‑91 (MQ=255) gTATAAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCt < 1:2765089/91‑1 (MQ=255) taAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCa < 1:3540903/91‑1 (MQ=255) taAAAAACTGTACTATCTTAAATTA‑GACAGTACAGTAATCTCATTTTGAATTCAGTGTGATAACTAAGCTTTGGGACCTTTAGATGCTTCa < 2:778969/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |