| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 478764 | 134 (0.700) | 7 (0.040) | 6/140 | NT | 5.3% | coding (1288/1485 nt) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 478800 | 132 (0.790) | coding (1324/1485 nt) | nuoL | NADH‑quinone oxidoreductase subunit L | |||||
Only 100 of 182 total aligned reads displayed.
GTTGGTATGATTTTGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAGTTTATTAAGTATTTGGGTGGCGCGGCAT > USA300TCH1516_ALE/478677‑478853 | gttgGTATGATTTTGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATg > 1:3157191/1‑91 (MQ=255)gttgGTATGATTTTGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATg > 2:648512/1‑91 (MQ=255) ggTATGATTTTGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGa > 2:273552/1‑91 (MQ=255) ttttGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAAcgcc < 1:2628011/91‑1 (MQ=255) ttGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAAcgccgc < 2:2594172/91‑1 (MQ=255) ttGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAAcgccgc < 2:2584860/91‑1 (MQ=255) tGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACgccgcc > 1:381977/1‑91 (MQ=255) tGATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACgccgcc > 2:550263/1‑91 (MQ=255) gATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTGCAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCt < 2:3255370/91‑1 (MQ=255) gATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCt < 1:388758/91‑1 (MQ=255) gATTGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCt < 1:3669539/91‑1 (MQ=255) ttGCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTAc < 1:2585123/91‑1 (MQ=255) gCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTTTTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACag > 1:3286197/1‑91 (MQ=255) gCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACag > 1:3454890/1‑91 (MQ=255) gCAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACag > 1:1176295/1‑91 (MQ=255) cAATCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACagt < 1:2857333/91‑1 (MQ=255) aaTTGTGACATTTATCTACGTCATCACACACAATTATTTTTACGATGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACACCGCCTACagtg < 2:475373/91‑1 (MQ=255) aaTCGTGTCATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAGAATATAACACCACATGCGACAACGCCGCCTACagtg < 2:882227/91‑1 (MQ=255) tCGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACagtgag < 1:1652114/91‑1 (MQ=255) cGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACagtgagt > 2:2293006/1‑91 (MQ=255) cGTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACagtgagt < 1:3079584/91‑1 (MQ=255) gTGACATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACagtgagtg < 2:2481197/91‑1 (MQ=255) aCATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGtca > 2:3572341/1‑91 (MQ=255) aCATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGtca < 1:1319582/91‑1 (MQ=255) cATTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGtcat > 1:871750/1‑91 (MQ=255) aTTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTa > 1:969901/1‑77 (MQ=255) aTTTATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGtcatc > 2:1666745/1‑91 (MQ=255) ttATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTcatcat < 2:2478923/91‑1 (MQ=255) ttATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTcatcat > 1:3758241/1‑91 (MQ=255) tATCTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCAtt > 1:729614/1‑91 (MQ=255) cTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAgt < 1:31000‑M2/91‑3 (MQ=255) cTACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAgt < 2:71025‑M2/91‑3 (MQ=255) tACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAgtg > 2:2383897‑M2/1‑88 (MQ=255) tACGTCATCACACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAgtg > 1:1692598‑M2/1‑88 (MQ=255) tcatcaCACTTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAgtgttgt > 1:42696‑M2/1‑84 (MQ=255) tcatcaCACATAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACtaatgatgacactcactgtaggcggcgttgtcgcatgtgttgt < 1:3792772‑M1/91‑44 (MQ=255) cacacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAtt < 2:1176295/91‑1 (MQ=255) cacacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAtt < 2:3829664/91‑1 (MQ=255) acacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAttt < 2:3215428/91‑1 (MQ=255) acacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAttt < 1:255811/91‑1 (MQ=255) acacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAttt < 2:350611/91‑1 (MQ=255) cacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAtttt < 2:232366/91‑1 (MQ=255) cacaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAtttt > 2:1757192/1‑91 (MQ=255) acaTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTa < 1:331464/91‑1 (MQ=255) caTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTaa > 2:2781001/1‑91 (MQ=255) caTAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTaa < 2:2168253/91‑1 (MQ=255) tAATTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATc > 1:1982110/1‑91 (MQ=255) aaTTATTTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCt < 1:1537156/91‑1 (MQ=255) tattTTTACGCTGTATTACAAAATATAGCAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTg < 2:1514337/91‑1 (MQ=255) tattTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATGAGTGTTGTTAtt < 1:2998220/81‑1 (MQ=255) tattTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAAAGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTAtt > 2:2997506/1‑81 (MQ=255) attTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTgg > 2:1371400/1‑91 (MQ=255) attTTTACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTgg < 1:328766/91‑1 (MQ=255) tttttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTATTGTTGTTATTTTAATCTTTGGc < 1:1462756/91‑1 (MQ=255) tttttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGc > 2:1096602/1‑91 (MQ=255) ttttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCa < 1:1397707/91‑1 (MQ=255) tttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAg < 2:3093220/91‑1 (MQ=255) tttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAg > 2:3010538/1‑91 (MQ=255) tttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAg > 2:2621418/1‑91 (MQ=255) ttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAGt < 1:2552255/91‑1 (MQ=255) ttACGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAGt > 2:3645644/1‑91 (MQ=255) aCGCTGTATTACAAAATATAACAACACATGCGACAACGCCGCCTACAGTGAGTGTCATCATTAGTGTTGTTATTTTAATCTTTGGCAGttt > 1:773184/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |