| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 511978 | 156 (0.820) | 19 (0.110) | 13/150 | NT | 11.4% | intergenic (+46/‑6717) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 511998 | 150 (0.840) | intergenic (+66/‑6697) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
GAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTT > USA300TCH1516_ALE/511888‑512068 | gAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAG < 1:1927681‑M1/91‑1 (MQ=255) tAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTcac < 2:1066444/91‑1 (MQ=255) aCATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAg > 2:3736027/1‑91 (MQ=255) aTTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAgtg > 2:2002702/1‑91 (MQ=255) tATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTa > 1:208517/1‑91 (MQ=255) tATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTa > 2:3440034/1‑91 (MQ=255) aTCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATATCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTaa > 1:1281587/1‑91 (MQ=255) tCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAAt > 2:1534618/1‑91 (MQ=255) aaGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGccacaatgattacact < 2:2147027‑M1/91‑17 (MQ=255) aaGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCAtt > 1:2012699/1‑91 (MQ=255) aGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGccacaatgattacactg < 1:1012451‑M1/91‑18 (MQ=255) aGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATtg > 2:2390640/1‑91 (MQ=255) aGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATtg < 2:1745284/91‑1 (MQ=255) gCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGccacaatgattacactgt < 2:3527546‑M1/91‑19 (MQ=255) gCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATtgt > 2:2266188/1‑91 (MQ=255) aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTgg < 2:3382428/91‑1 (MQ=255) aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTgg < 2:2524640/91‑1 (MQ=255) aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACAGTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGccacaatgattacactgtga < 1:790652‑M1/91‑21 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAGGAAAAGccacaatgattacactgtgac < 2:40043‑M1/91‑22 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGccacattgattacactgtgac < 1:1554923‑M1/91‑22 (MQ=255) aTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGc < 2:138759‑M2/91‑2 (MQ=255) cGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctt > 2:94835‑M2/1‑88 (MQ=255) cGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctt > 1:1776030‑M2/1‑88 (MQ=255) gCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttt < 1:2610061‑M2/91‑5 (MQ=255) catgtagAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGccacaatgattacactgtgactttt < 2:222786‑M1/88‑26 (MQ=255) ggTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttttaa > 1:425674‑M2/1‑84 (MQ=255) gTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttttttt < 2:1378484/91‑1 (MQ=255) gTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttttttt > 1:3468583/1‑91 (MQ=255) gTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttttttt > 1:3085903/1‑91 (MQ=255) tAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAAAAAAGccacaatgattacactgtgacttttctta < 1:1571676‑M1/91‑30 (MQ=255) aaCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtgg < 2:2363223/91‑1 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtg > 2:511380/1‑91 (MQ=255) cAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtg < 2:3797195/91‑1 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgt < 2:2911289/91‑1 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgt < 1:1385969/91‑1 (MQ=255) gAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtg < 2:1641718/91‑1 (MQ=255) gAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtg < 1:7080/91‑1 (MQ=255) aaaTGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtgg < 1:1064001/91‑1 (MQ=255) aaaTGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtgg > 1:1226372/1‑91 (MQ=255) aatgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt < 1:2185937/91‑1 (MQ=255) tgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATggtgtggtgt < 2:3111668/91‑1 (MQ=255) tgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGAATTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATggtgtggtgt > 1:977550/1‑91 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGgtgtggtgtgt > 1:3657693/1‑90 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGa > 1:2841867/1‑91 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTATGa < 2:3673104/91‑1 (MQ=255) aatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGAt < 2:2844161/91‑1 (MQ=255) aatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAAAAAAGccacaatgattacactgtgacttttcttactatagtattaaaa < 2:814552‑M1/91‑44 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATg > 1:1645674/1‑91 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATg > 2:16356/1‑91 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATg > 2:910527/1‑91 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAACAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcgtttcttactatagtattaaaat < 2:2948402‑M2/91‑25 (MQ=255) tgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGt < 2:2610061/91‑1 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt > 2:2069114/1‑83 (MQ=255) tcttctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTGATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtac > 1:2973792/1‑91 (MQ=255) ttctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtacta > 1:2368177/1‑91 (MQ=255) tctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtactac < 2:1368191/91‑1 (MQ=255) ctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 2:2706467/91‑1 (MQ=255) ctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 2:1281587/91‑1 (MQ=255) ctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 1:2674940/91‑1 (MQ=255) tAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTAt < 2:2300066/91‑1 (MQ=255) tAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTAt < 2:3062592/91‑1 (MQ=255) cATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGc < 2:2547655/91‑1 (MQ=255) 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aTTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGc < 2:1834822/91‑1 (MQ=255) tttAATACTATAGTAAGAAGAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCgg < 1:203492/91‑1 (MQ=255) tttAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCgg > 2:1489561/1‑91 (MQ=255) tttAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCgg > 1:3020110/1‑91 (MQ=255) aaTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtgg > 1:2660677/1‑91 (MQ=255) aTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtggt > 1:1413395/1‑91 (MQ=255) tACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTa < 2:3124799/91‑1 (MQ=255) tACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTa < 1:511380/91‑1 (MQ=255) 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aaGccacaatgattacactgtgacttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcg < 2:2674940‑M1/91‑89 (MQ=255) aaGccacaatgattacactgtgacttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcg < 1:3124799‑M1/91‑89 (MQ=255) aaGccacaatgattacactgtgacttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcg < 1:3124420‑M1/91‑89 (MQ=255) aGccacaatgattacactgtgacttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcga > 1:3782227‑M1/1‑2 (MQ=255) gTCACAGTGTAATCATTGTGGcttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgttctacctgcgat < 2:3633268‑M2/91‑71 (MQ=255) gTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGACGGTGGTATGGTTTACCTAGtttt > 2:3606046/1‑91 (MQ=255) | GAAGTAACATTATCTAAAGCAATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTT > USA300TCH1516_ALE/511888‑512068 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |