New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 511978 | 156 (0.820) | 19 (0.110) | 13/150 | NT | 11.4% | intergenic (+46/‑6717) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
? | USA300TCH1516_ALE | = 511998 | 150 (0.840) | intergenic (+66/‑6697) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
Only 100 of 209 total aligned reads displayed.
AATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTT > USA300TCH1516_ALE/511908‑512088 | aaTCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTgg < 2:2524640/91‑1 (MQ=255) cGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctt < 1:3124420‑M2/91‑4 (MQ=255) gCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttt < 1:2610061‑M2/91‑5 (MQ=255) gCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttt < 1:842537‑M2/91‑5 (MQ=255) cAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctttt > 2:3347029‑M2/1‑86 (MQ=255) cAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctttt < 2:3314480‑M2/91‑6 (MQ=255) cAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctttt < 2:286167‑M2/91‑6 (MQ=255) cAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGctttt < 1:779068‑M2/91‑6 (MQ=255) gTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttttttt > 1:3468583/1‑91 (MQ=255) gTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCttttttt < 2:1378484/91‑1 (MQ=255) tAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTa < 2:1689821/91‑1 (MQ=255) aaCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtgg < 2:2363223/91‑1 (MQ=255) aCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggt > 2:1175595/1‑91 (MQ=255) aCAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggt < 1:2311180/91‑1 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgt < 1:2984991/91‑1 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgt < 2:1015127/91‑1 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgt > 2:3524541/1‑91 (MQ=255) aGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgt < 2:809679/91‑1 (MQ=255) gAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtg < 1:7080/91‑1 (MQ=255) gAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtg < 2:1641718/91‑1 (MQ=255) aaaTGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtgg < 1:1064001/91‑1 (MQ=255) aaaTGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtgg > 1:202607/1‑91 (MQ=255) aatgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt < 1:2185937/91‑1 (MQ=255) tgtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATggtgtggtgt < 2:3111668/91‑1 (MQ=255) gtaatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAATGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGgtgtggtgtg < 2:3386692/91‑1 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGa > 1:2841867/1‑91 (MQ=255) taatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTATGa < 2:3673368/91‑1 (MQ=255) aatgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGAt < 2:1454766/91‑1 (MQ=255) atgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAACAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcgtttcttactatagtattaaaat < 2:2948402‑M2/91‑25 (MQ=255) tgtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGt < 2:2610061/91‑1 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt > 2:2069114/1‑83 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTAtggtgtggt < 1:2069114/83‑1 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGta < 2:3839215/91‑1 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGta < 1:3634181/91‑1 (MQ=255) gtCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGta > 1:368434/1‑91 (MQ=255) cttctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtact > 1:3215211/1‑91 (MQ=255) ttctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtacta < 1:144149/91‑1 (MQ=255) tctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGtactac < 2:1368191/91‑1 (MQ=255) ctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 2:2706467/91‑1 (MQ=255) ctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 1:1619674/91‑1 (MQ=255) ctATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTactact < 2:1281587/91‑1 (MQ=255) ttAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTa > 2:1478369/1‑91 (MQ=255) tAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTAt < 2:2299415/91‑1 (MQ=255) tAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTAt < 2:3062592/91‑1 (MQ=255) cATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGc < 2:2547742/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCg < 2:733133/91‑1 (MQ=255) aTTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATCGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCg > 1:3088056/1‑91 (MQ=255) tttttGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCgg < 1:455949/91‑1 (MQ=255) tttttGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCgg > 2:835338/1‑91 (MQ=255) ttttGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGgt < 1:3164115/91‑1 (MQ=255) tttGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGgtg > 2:2982778/1‑91 (MQ=255) tGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGtgtg < 1:3763051/91‑1 (MQ=255) gATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTgg > 1:1379583/1‑91 (MQ=255) aTTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGc < 2:1834822/91‑1 (MQ=255) aTTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGc < 2:2889613/91‑1 (MQ=255) tttAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCgg > 1:3020110/1‑91 (MQ=255) aaTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtgg > 1:2660677/1‑91 (MQ=255) aaTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtgg < 1:2682695/91‑1 (MQ=255) aTACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCggtggt < 1:3285612/91‑1 (MQ=255) tACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTa < 2:3124420/91‑1 (MQ=255) tACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTa < 1:3419680/91‑1 (MQ=255) tACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTa < 1:511380/91‑1 (MQ=255) aCTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttc < 1:165036‑M2/91‑56 (MQ=255) cTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagactttacatttct < 2:357137‑M2/91‑57 (MQ=255) cTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATg < 2:3280913/91‑1 (MQ=255) ataGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGcttttcttactatagtattaaaatcaaaaatgtttaatagaagacattacatttctgt < 1:3855014‑M2/91‑59 (MQ=255) ataGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGt < 2:262609/91‑1 (MQ=255) taGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGtt < 1:2224282/91‑1 (MQ=255) gTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTa > 1:3758742/1‑91 (MQ=255) tAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTAc > 1:1184440/1‑91 (MQ=255) 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tgtgGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTaa > 1:3806890/1‑91 (MQ=255) gtgGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAAt < 2:1862683/91‑1 (MQ=255) tgGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATc > 1:2497906/1‑91 (MQ=255) tgGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATc > 1:2498115/1‑91 (MQ=255) ggCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCt > 2:1493646/1‑91 (MQ=255) gCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCtt > 2:421662/1‑91 (MQ=255) | AATCGCAGGTAGAACAGAAATGTAATGTCTTCTATTAAACATTTTTGATTTTAATACTATAGTAAGAAAAGTCACAGTGTAATCATTGTGGCTTTTTTTATGGTGTGGTGTGATGTACTACTTTATTTGCGGTGTGGCGGTGGTATGGTTTACCTAGTTTTACTGAGGGATGGGTAATCTT > USA300TCH1516_ALE/511908‑512088 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |