| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 553211 = | 179 (0.940) | 10 (0.060) | 5/138 | NT | 6.7% | coding (182/477 nt) | folK | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 553257 = | 124 (0.760) | coding (228/477 nt) | folK | 2‑amino‑4‑hydroxy‑6‑ hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase | |||||
Only 100 of 228 total aligned reads displayed.
GTATTAACGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTACAACTGTTGGAATGTTGTTTGAAGACAGAAGAATGTTTACACCGTATTAGAAAGGAACGATGGGGTCC > USA300TCH1516_ALE/553121‑553301 | tATTAACGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAAtt > 1:2259854/1‑91 (MQ=255) aTTAACGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGCAATTc > 2:3587776/1‑91 (MQ=255) ttAACGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCa > 1:1098461/1‑91 (MQ=255) atttcttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCa < 1:311011‑M1/4‑1 (MQ=255) atttcttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCa < 1:1277071‑M1/4‑1 (MQ=255) tAACGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCaa < 2:2172876/91‑1 (MQ=255) tAACGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCaa < 1:3074905/91‑1 (MQ=255) ttcttctccatacaacaaaatatccacatctacagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCaaa < 2:3761921‑M1/6‑1 (MQ=255) ttcttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCaaa > 2:1966296‑M1/86‑91 (MQ=255) aaCGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCaaa > 2:3876119/1‑91 (MQ=255) aaCGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCaaa > 2:2474096/1‑91 (MQ=255) aCGTATCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAaac > 2:1717899/1‑91 (MQ=255) ttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCAaacaa > 2:18549‑M1/83‑91 (MQ=255) ttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCAaacaa < 2:3496056‑M1/9‑1 (MQ=255) ttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCAaacaa < 1:710443‑M1/9‑1 (MQ=255) ttctccatacaacaaaatatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtctaaacattcttctgtcTTCAaacaa < 1:3603287‑M1/9‑1 (MQ=255) ttctccatacaacaaaagatccacatctaaagttctaggaccccatcgttcctttctaatacggtgtaaacattcttctgtcTTCAaacaa > 1:3325960‑M1/83‑91 (MQ=255) aTCTGATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAacaaca < 2:2459189/91‑1 (MQ=255) aTCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAacaaca < 1:470402/91‑1 (MQ=255) aTCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAacaaca < 2:2458092/91‑1 (MQ=255) aTCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAacaaca < 1:2819894/91‑1 (MQ=255) tCTAATATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAacac < 2:2776619/91‑1 (MQ=255) aaTATTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTca > 2:483638/1‑91 (MQ=255) atatTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTcac > 1:3761921/1‑91 (MQ=255) tatTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTcaca < 1:1930695/91‑1 (MQ=255) tatTTCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTcaca > 2:2866260/1‑91 (MQ=255) tttCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGt < 1:2924588/91‑1 (MQ=255) tttCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGt < 2:3417668/91‑1 (MQ=255) ttCTCCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTa < 1:3623671/91‑1 (MQ=255) tctcCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTAt > 1:563235/1‑91 (MQ=255) ctcCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTAtt < 1:3827344/91‑1 (MQ=255) tcCGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTa < 2:1249/91‑1 (MQ=255) ccGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTAc > 1:2625066/1‑91 (MQ=255) cGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTACa > 1:19416/1‑91 (MQ=255) cGATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCAAACTCTTTAAAATTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTACa > 2:760070/1‑91 (MQ=255) gATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTACaa < 1:1217313/91‑1 (MQ=255) gATTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTACaa < 1:1217571/91‑1 (MQ=255) aTTTATGAAACAGCACCAGTTGGGTATACTGAGCAACCTAACTTTTTAAATTTGTGTGTTGAAATTCAAACAACACTCACAGTATTACAAc < 1:2801761/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |