| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 720538 = | 154 (0.810) | 18 (0.100) | 12/148 | NT | 11.1% | intergenic (+148/‑377) | nupG/USA300HOU_RS03495 | Purine nucleoside transport protein NupG/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 720578 = | 147 (0.830) | intergenic (+188/‑337) | nupG/USA300HOU_RS03495 | Purine nucleoside transport protein NupG/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CGTCTATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATGGGAAATGAATATTATTGTACATATGACAGTAAGGACTAGGTACAGTCATA > USA300TCH1516_ALE/720448‑720628 | cgtcTATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTTTTTATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATta > 2:1569768/1‑91 (MQ=255)cgtcTATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATta > 2:3219044/1‑91 (MQ=255)cgtcTATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATta > 2:3308630/1‑91 (MQ=255)cgtcTATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATta < 1:2525236/91‑1 (MQ=255) gttgtttataataacaaaacaaattttgctcgaagtactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccAt > 2:31509‑M1/90‑91 (MQ=255) gttgtttataataacaaaacaaattttgctcgaagtactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccAt > 1:829936‑M1/90‑91 (MQ=255) tgtttataataacaaaacaaattttgctcgaagtactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccATaa < 2:2858023‑M1/4‑1 (MQ=255) cTATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATaa > 2:2482990/1‑91 (MQ=255) tATTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATaaa > 2:2521591/1‑91 (MQ=255) gtttataataacaaaacaaattttgctcgaagtactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcgtttcccATaaa < 2:3799763‑M1/5‑1 (MQ=255) gtttataataacaaaacaaattttgctcgaagtactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccATaaa < 2:3679068‑M1/5‑1 (MQ=255) aTTGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATaaaa > 2:3436085/1‑91 (MQ=255) ttGATATAGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATaaaaa > 1:3634055/1‑91 (MQ=255) tataGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCaa < 2:507168/91‑1 (MQ=255) ataGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAg < 1:2838525/91‑1 (MQ=255) aGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTg < 2:3007285/91‑1 (MQ=255) aGGTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTg < 2:1870869/91‑1 (MQ=255) ggTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGc > 1:1511341/1‑91 (MQ=255) gTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGca < 1:1217373/91‑1 (MQ=255) gTGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGca > 1:478475/1‑91 (MQ=255) tGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGcac > 2:1272254/1‑91 (MQ=255) tGAGATGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGcac < 2:2748925/91‑1 (MQ=255) gagaTGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGcaca > 2:954277/1‑91 (MQ=255) agaTGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACAt < 2:3872036/91‑1 (MQ=255) aTGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATgg < 2:593821/91‑1 (MQ=255) tGCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGt > 1:978637/1‑91 (MQ=255) gCTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTa > 1:692644/1‑91 (MQ=255) cTTGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTaa < 2:3617295/91‑1 (MQ=255) attttgctcgaagtactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccATAAAAACCAAGTGCACATGGTaa > 2:2906232‑M1/68‑91 (MQ=255) ttGGACTTTTTTATTATTGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAAt > 2:789166/1‑91 (MQ=255) 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tactatgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt > 1:3026969‑M1/55‑91 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt > 2:3548177/1‑91 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt < 1:1040257/91‑1 (MQ=255) attattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCttt < 2:13880/91‑1 (MQ=255) ttattGGTATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAGATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCtttt < 2:2071824/91‑1 (MQ=255) tattGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAGGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTa > 2:2040196/1‑91 (MQ=255) ttGATATAAAGGTATTTAAATATTTTTAAAGTTACCGAAATTGAAGCATTATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTGGCTTTTATg > 1:564329/1‑91 (MQ=255) tgactgtacctagtccttactgtcatatgtacaataatattcatttcccATAAAAACCAAGTGCACATGGTAATACACTTg < 2:198503‑M1/32‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |