| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 739800 | 182 (0.960) | 21 (0.130) | 10/134 | NT | 10.9% | intergenic (+27/+561) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 739823 | 192 (1.210) | intergenic (+50/+538) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 | |||||
Only 100 of 325 total aligned reads displayed.
TACATTACCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATTGAAGTTCAGTTTTTTATGTAAGTAGATAACATATTTTATAGAATTTACGTAGAATGACCAAGACAA > USA300TCH1516_ALE/739710‑739890 | acattacCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAg < 2:2659087/91‑1 (MQ=255) cattacCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGt < 2:1348371/91‑1 (MQ=255) cattacCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTATATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGTAAATAAAACTAAACTGAACGTCAGt > 1:3614558/1‑91 (MQ=255) attacCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATACTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTa < 2:64382/91‑1 (MQ=255) ttacCTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTAt > 1:3114921/1‑91 (MQ=255) ccTATTTCAGCATTGTTAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTTTTTTTAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATcac > 2:3463041/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |