| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 739800 | 182 (0.960) | 21 (0.130) | 10/134 | NT | 10.9% | intergenic (+27/+561) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 739823 | 192 (1.210) | intergenic (+50/+538) | pitA_1/sle1_2 | Low‑affinity inorganic phosphate transporter 1/N‑acetylmuramoyl‑L‑alanine amidase sle1 | |||||
Only 100 of 280 total aligned reads displayed.
TAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATTGAAGTTCAGTTTTTTATGTAAGTAGATAACATATTTTATAGAATTTACGTAGAATGACCAAGACAAAGCATTTTAATTAGGAGGCTATA > USA300TCH1516_ALE/739733‑739913 | tAGCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTAt < 1:1634158/91‑1 (MQ=255) gCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtg < 1:2559845‑M2/91‑3 (MQ=255) gCAGGTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtg < 2:2329800‑M2/91‑3 (MQ=255) ggTTTACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtgaag > 2:1932437‑M2/1‑86 (MQ=255) tttACTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtgaagtt > 2:2100581‑M2/1‑84 (MQ=255) aCTATTCTATATACTTAACTTATTTTTCTAATTGAAAATAAAACTAAACTGAACTTCAGTATCACAAACATATGGTGGTATtgaagttcag < 2:3066986‑M2/91‑11 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |