New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 768843 = | 213 (1.120) | 13 (0.070) | 8/146 | NT | 6.7% | coding (597/1167 nt) | tetA_3 | Tetracycline resistance protein, class B |
? | USA300TCH1516_ALE | 768872 = | 168 (0.970) | coding (626/1167 nt) | tetA_3 | Tetracycline resistance protein, class B |
Only 100 of 271 total aligned reads displayed.
ATTTATAATGTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGAAACATTGTATTCACTATACACA > USA300TCH1516_ALE/768753‑768933 | aTTTATAATGTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAAtt > 1:3398714/1‑91 (MQ=255) taggtgaataatttaccttgtcagctgtgtatagtgaatacaatgtttcaaatgcagataaaccaaacgataatacaagtgttaaaaTAAc > 2:1169316‑M1/88‑91 (MQ=255) taggtgaataatttaccttgtcagctgtgtatagtgaatacaatgtttcaaatgcagataaaccaaacgataatacaagtgttaaaaTAAc < 2:3548907‑M1/4‑1 (MQ=255) taggtgaataatttaccttgtcagctgtgtatagtgaatacaatgtttcaaatgcagataaaccaaacgataatacaagtgttaaaaTAAc > 1:753574‑M1/88‑91 (MQ=255) taATGTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTg > 1:373593/1‑91 (MQ=255) aaTGTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTgg > 1:2337756/1‑91 (MQ=255) aTGTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGa > 2:271101/1‑91 (MQ=255) aTGTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGa > 2:2677674/1‑91 (MQ=255) gTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGaaa > 2:1469231/1‑91 (MQ=255) gTCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGaaa < 2:1112713/91‑1 (MQ=255) aataatttaccttgtcagctgtgtatagtgaatacaatgtttcaaatgcagataaaccaaacgataatacaagtgttaaaaTAACTGGaaa > 1:3592856‑M1/82‑91 (MQ=255) tCAATTGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAg < 1:2537377/91‑1 (MQ=255) ttGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGtt < 2:3699517/91‑1 (MQ=255) tGTATTGATTCACGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGttt < 2:281575/91‑1 (MQ=255) 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aCGATCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGt > 1:2118968/1‑91 (MQ=255) ctgtgtatagtgaatacaatgtttcaaatgcagataaaccaaacgataatacaagtgttaaaaTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGtt > 1:1165351‑M1/64‑91 (MQ=255) tCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtt < 1:1698240/91‑1 (MQ=255) tCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtt > 1:1509710/1‑91 (MQ=255) ccGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAttt < 1:2522757/91‑1 (MQ=255) ccGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAttt > 2:523436/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtttt > 2:1201453/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtttt > 2:854401/1‑91 (MQ=255) 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gACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGtatta < 2:1850771/91‑1 (MQ=255) aCAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGtattat > 1:135618/1‑91 (MQ=255) aGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGt > 1:1727936/1‑91 (MQ=255) tGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGttt > 1:631564/1‑91 (MQ=255) tGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGttt < 2:3104978/91‑1 (MQ=255) ggTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAGCGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTg < 2:2050437/91‑1 (MQ=255) ggTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTg > 2:461120/1‑91 (MQ=255) gTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTgg > 1:1039252/1‑91 (MQ=255) tCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGttt > 2:3277881/1‑91 (MQ=255) tCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGttt > 1:3147990/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTa > 2:1344676/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTa < 1:2602037/91‑1 (MQ=255) cAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTAt < 2:2544194/91‑1 (MQ=255) aaaaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATc > 1:1659181/1‑91 (MQ=255) aaaaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATc < 2:1680100/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCt < 1:2797613/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |