New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 768843 = | 213 (1.120) | 13 (0.070) | 8/146 | NT | 6.7% | coding (597/1167 nt) | tetA_3 | Tetracycline resistance protein, class B |
? | USA300TCH1516_ALE | 768872 = | 168 (0.970) | coding (626/1167 nt) | tetA_3 | Tetracycline resistance protein, class B |
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
TCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGAAACATTGTATTCACTATACACAGCTGACAAGGTAAATTATTCACCTAAAGA > USA300TCH1516_ALE/768783‑768962 | tCCGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtt > 1:1509711/1‑91 (MQ=255) ccGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAttt < 1:2521445/91‑1 (MQ=255) cGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtttt > 2:854401/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtttt > 2:1201311/1‑91 (MQ=255) cGAAAAAGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTAtttt > 2:854086/1‑91 (MQ=255) aaaaaGTCTACGACAAGTGGTTTCCAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTaa < 2:2560707/91‑1 (MQ=255) 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ccAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTa > 2:1344676/1‑91 (MQ=255) ccAAAAGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTa < 1:2602037/91‑1 (MQ=255) aaaaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATc > 1:1659181/1‑91 (MQ=255) aaaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCt < 1:2797613/91‑1 (MQ=255) aaaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCt > 2:1433937/1‑91 (MQ=255) aaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTg < 2:3360835/91‑1 (MQ=255) aaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTg > 1:516293/1‑91 (MQ=255) aaGTTAGAGCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTg < 1:338593/91‑1 (MQ=255) 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gagCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTg < 2:393768/91‑1 (MQ=255) gagCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGATTATCTGCATTTg > 1:3884630/1‑91 (MQ=255) agCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGa > 2:1742185/1‑91 (MQ=255) agCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGa < 2:3208350/91‑1 (MQ=255) gCCACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGaa > 1:2419614/1‑91 (MQ=255) ccACAATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGaaa > 1:53273/1‑91 (MQ=255) caATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGAAACAt > 2:3586482/1‑91 (MQ=255) caATTGCTAACGAAAATTAACTGGAAAGTGTTTATTACACCAGTTATTTTAACACTTGTATTATCGTTTGGTTTATCTGCATTTGAAACAt < 1:1009271/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |