New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
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?USA300TCH1516_ALE = 769799 165 (0.950)coding (106/465 nt) USA300HOU_RS03760 hypothetical protein

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                                                                                  tatTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaa          >  2:1010601/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  tatTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaa          >  1:3101279/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   atTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaaa         >  1:3530707/1‑91 (MQ=255)
                                                                                    ttAGCAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaatttt        >  1:1548623‑M1/1‑7 (MQ=255)
                                                                                    ttAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaaaa        >  1:1229509/1‑91 (MQ=255)
                                                                                      aGCAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaatttttt      >  2:973670‑M1/1‑5 (MQ=255)
                                                                                       gCAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaatttttta     >  2:550626‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                                                                       gCAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaatttttta     >  1:77036‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                                                                       gCAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaatttttta     >  2:2888701‑M1/1‑4 (MQ=255)
                                                                                        caacaaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGaa    >  2:3755346/1‑91 (MQ=255)
                                                                                        cAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttac    >  1:2343886‑M1/1‑3 (MQ=255)
                                                                                         aagcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttact   <  2:432064‑M1/91‑90 (MQ=255)
                                                                                         aacaaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGaaa   <  2:3392862/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          agcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttactg  >  1:2738542‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                                                                          agcgcatcttcacttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttactg  >  1:2974722‑M1/1‑1 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
GTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAA  >  USA300TCH1516_ALE/769694‑769874

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.