New junction evidence | |||||||||||
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? | USA300TCH1516_ALE | = 769799 | 165 (0.950) | coding (106/465 nt) | USA300HOU_RS03760 | hypothetical protein |
Only 100 of 226 total aligned reads displayed.
GTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAA > USA300TCH1516_ALE/769694‑769874 | gtgGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAA > 1:3388999‑M1/1‑91 (MQ=255) gtgGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAA > 2:1660199‑M1/1‑91 (MQ=255) tgGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGcaac < 1:608900/91‑1 (MQ=255) tgGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGcaac > 1:2236740/1‑91 (MQ=255) tgGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGcaac > 2:2968328/1‑91 (MQ=255) ggTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGcaacaa > 1:110174/1‑91 (MQ=255) 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ttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTAc < 1:3814894/91‑1 (MQ=255) ttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTAc < 2:930426/91‑1 (MQ=255) tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa < 1:295203/91‑1 (MQ=255) atttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaat < 2:3205579‑M1/91‑30 (MQ=255) tttCGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaaa < 1:3127237/91‑1 (MQ=255) tttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaaa > 1:971741/1‑91 (MQ=255) ttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaaaa < 1:866736/91‑1 (MQ=255) tAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAAc > 1:166344/1‑91 (MQ=255) 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caacaaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGaa > 2:3755346/1‑91 (MQ=255) cAAgcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttac > 1:2343886‑M1/1‑3 (MQ=255) aagcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttact < 2:432064‑M1/91‑90 (MQ=255) aacaaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGaaa < 2:3392862/91‑1 (MQ=255) agcgcatcttcatttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttactg > 1:2738542‑M1/1‑1 (MQ=255) agcgcatcttcacttgttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaattttttactg > 1:2974722‑M1/1‑1 (MQ=255) | GTGGGTAAGGGGATGACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAA > USA300TCH1516_ALE/769694‑769874 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |