New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 769784 | 151 (0.790) | 10 (0.060) | 8/146 | NT | 6.2% | coding (91/465 nt) | USA300HOU_RS03760 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 769799 | 165 (0.950) | coding (106/465 nt) | USA300HOU_RS03760 | hypothetical protein |
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
ACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAATA > USA300TCH1516_ALE/769709‑769889 | aCAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATgcgc > 2:1058801/1‑91 (MQ=255) cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAGTGAAGATGCGCt > 1:2974722‑M2/1‑90 (MQ=255) cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCt < 1:3628546‑M2/91‑2 (MQ=255) cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCt > 1:3202348‑M2/1‑90 (MQ=255) cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCt > 1:2738542‑M2/1‑90 (MQ=255) gTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCttg > 1:3408628‑M2/1‑88 (MQ=255) aaaaaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCttgcta < 1:2632320‑M2/91‑7 (MQ=255) aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg < 1:3707605/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg < 1:3099390/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg < 2:871458/91‑1 (MQ=255) aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATNGGTTTATTAATATTAGCAANAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg > 2:1122387/1‑91 (MQ=255) atttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGt < 1:2333454/91‑1 (MQ=255) tttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTa < 2:358724/91‑1 (MQ=255) ttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTAc < 1:3049194/91‑1 (MQ=255) ttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTAc < 2:930426/91‑1 (MQ=255) tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa > 1:3133905/1‑91 (MQ=255) tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa > 1:586319/1‑91 (MQ=255) tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa > 1:2591041/1‑91 (MQ=255) atttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACAt > 1:2030677/1‑91 (MQ=255) ttttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaa > 2:2607488/1‑91 (MQ=255) ttttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACACaa > 2:202347/1‑91 (MQ=255) tttaAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaa < 1:3122616/91‑1 (MQ=255) 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cGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAAt > 2:234322/1‑91 (MQ=255) cGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAAt < 1:3288731/91‑1 (MQ=255) gtttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATg < 2:2923978/91‑1 (MQ=255) ttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTa < 1:3384207/91‑1 (MQ=255) ttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTa < 2:2265445/91‑1 (MQ=255) ttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTa < 1:2656702/91‑1 (MQ=255) tgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATgaat > 1:1189309/1‑88 (MQ=255) tttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCa > 2:916786/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |