New junction evidence
  seq id position reads (cov) reads (cov) score skew freq annotation gene product
* ? USA300TCH1516_ALE = 769784151 (0.790)10 (0.060) 8/146 NT 6.2% coding (91/465 nt) USA300HOU_RS03760 hypothetical protein
?USA300TCH1516_ALE = 769799 165 (0.950)coding (106/465 nt) USA300HOU_RS03760 hypothetical protein

Only 100 of 217 total aligned reads displayed.

ACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAATA  >  USA300TCH1516_ALE/769709‑769889
                                                                                          |                                                                                          
aCAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATgcgc                                                                                            >  2:1058801/1‑91 (MQ=255)
 cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAGTGAAGATGCGCt                                                                                           >  1:2974722‑M2/1‑90 (MQ=255)
 cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCt                                                                                           <  1:3628546‑M2/91‑2 (MQ=255)
 cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCt                                                                                           >  1:3202348‑M2/1‑90 (MQ=255)
 cAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCt                                                                                           >  1:2738542‑M2/1‑90 (MQ=255)
   gTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCttg                                                                                         >  1:3408628‑M2/1‑88 (MQ=255)
      aaaaaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCttgcta                                                                                      <  1:2632320‑M2/91‑7 (MQ=255)
         aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg                                                                                   <  1:3707605/91‑1 (MQ=255)
         aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg                                                                                   <  1:3099390/91‑1 (MQ=255)
         aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg                                                                                   <  2:871458/91‑1 (MQ=255)
         aaTTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATNGGTTTATTAATATTAGCAANAAATGAAGATGCGCTTGCTAAgg                                                                                   >  2:1122387/1‑91 (MQ=255)
          atttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGt                                                                                  <  1:2333454/91‑1 (MQ=255)
           tttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTa                                                                                 <  2:358724/91‑1 (MQ=255)
            ttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTAc                                                                                <  1:3049194/91‑1 (MQ=255)
            ttatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTAc                                                                                <  2:930426/91‑1 (MQ=255)
             tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa                                                                               >  1:3133905/1‑91 (MQ=255)
             tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa                                                                               >  1:586319/1‑91 (MQ=255)
             tatttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACa                                                                               >  1:2591041/1‑91 (MQ=255)
              atttTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACAt                                                                              >  1:2030677/1‑91 (MQ=255)
                ttttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaa                                                                            >  2:2607488/1‑91 (MQ=255)
                ttttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACACaa                                                                            >  2:202347/1‑91 (MQ=255)
                tttaAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaa                                                                            <  1:3122616/91‑1 (MQ=255)
                  ttAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATaaaa                                                                          <  1:866736/91‑1 (MQ=255)
                   tAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAAc                                                                         >  1:166344/1‑91 (MQ=255)
                       cTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAAtt                                                                     <  2:706696/91‑1 (MQ=255)
                          tgttgCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAAt                                                                  <  2:3265240/91‑1 (MQ=255)
                          tgttgCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAAt                                                                  >  1:3593833/1‑91 (MQ=255)
                           gttgCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATa                                                                 <  1:2943266/91‑1 (MQ=255)
                            ttgCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATAc                                                                >  2:287981/1‑91 (MQ=255)
                            ttgCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATAc                                                                >  1:3744079/1‑91 (MQ=255)
                             tgCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACg                                                               >  2:558538/1‑91 (MQ=255)
                               cTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCt                                                             <  2:2388053/91‑1 (MQ=255)
                               cTGTAATAGTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCt                                                             <  1:1151552/91‑1 (MQ=255)
                                 gTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTa                                                           >  1:6124/1‑91 (MQ=255)
                                   aaTATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAAc                                                         <  1:786865/91‑1 (MQ=255)
                                   aaTATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAAc                                                         <  2:2158553/91‑1 (MQ=255)
                                     tatTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAAcgc                                                       <  2:3017498/91‑1 (MQ=255)
                                      atTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAAcgcg                                                      >  1:1559827/1‑91 (MQ=255)
                                       ttAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAACGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGa                                                     <  2:3410650/91‑1 (MQ=255)
                                         aaCCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATa                                                   >  1:700249/1‑91 (MQ=255)
                                         aaCCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATa                                                   >  1:1123339/1‑91 (MQ=255)
                                           ccGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATaaa                                                 >  2:1248885/1‑91 (MQ=255)
                                           ccGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATaaa                                                 <  1:3820629/91‑1 (MQ=255)
                                           ccGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATaaa                                                 >  1:820936/1‑91 (MQ=255)
                                           ccGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATaaa                                                 <  1:539927/91‑1 (MQ=255)
                                           ccGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATaaa                                                 <  2:3778889/91‑1 (MQ=255)
                                            cGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAAt                                                >  2:234322/1‑91 (MQ=255)
                                            cGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAAt                                                <  1:3288731/91‑1 (MQ=255)
                                             gtttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATg                                               <  2:2923978/91‑1 (MQ=255)
                                               ttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTa                                             <  1:3384207/91‑1 (MQ=255)
                                               ttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTa                                             <  2:2265445/91‑1 (MQ=255)
                                               ttgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTa                                             <  1:2656702/91‑1 (MQ=255)
                                                tgtttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATgaat                                            >  1:1189309/1‑88 (MQ=255)
                                                  tttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCa                                          >  2:916786/1‑91 (MQ=255)
                                                   ttAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCaa                                         <  1:1358652/91‑1 (MQ=255)
                                                         ggTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAg                                   >  1:367948/1‑91 (MQ=255)
                                                            ttattaATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATa                                <  1:1780365/91‑1 (MQ=255)
                                                              attaATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaat                              <  2:3205579‑M2/91‑63 (MQ=255)
                                                              attaATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACt                              >  2:1603615/1‑91 (MQ=255)
                                                              attaATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACt                              <  1:3376853/91‑1 (MQ=255)
                                                              attaATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACt                              >  2:178838/1‑91 (MQ=255)
                                                               ttaATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACtt                             >  2:3703576/1‑91 (MQ=255)
                                                                taATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTta                            >  1:2910718/1‑91 (MQ=255)
                                                                 aaTATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTtat                           <  1:987932/91‑1 (MQ=255)
                                                                 aaTATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTtat                           <  2:2811573/91‑1 (MQ=255)
                                                                 aaTATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTtat                           <  2:1530208/91‑1 (MQ=255)
                                                                  atatTAGCAACAAATGAAGATGCGCttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaat                          <  1:1513993‑M2/91‑67 (MQ=255)
                                                                  atatTAGCAACAAATGAAGATGCGCttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaat                          <  1:1965468‑M2/91‑67 (MQ=255)
                                                                  atatTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTtata                          <  2:510702/91‑1 (MQ=255)
                                                                   tatTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaa                         >  2:1901460/1‑91 (MQ=255)
                                                                     ttAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaaaa                       >  1:1229509/1‑91 (MQ=255)
                                                                     ttAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATaaaa                       <  1:2607488/91‑1 (MQ=255)
                                                                        gCAACAAATGAAGATGCGCttgctaatattaataaaccaattaaacaaacggttaatattacagcaacaaagcctaaaaataaatttttta                    <  1:499‑M2/91‑73 (MQ=255)
                                                                          aacaaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGaaa                  <  2:3392862/91‑1 (MQ=255)
                                                                            caaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAAt                <  2:2168121/91‑1 (MQ=255)
                                                                            caaATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAAt                <  1:664685/91‑1 (MQ=255)
                                                                             aaaTGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATg               >  1:1687101/1‑91 (MQ=255)
                                                                             aaaTGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATg               <  2:1785315/91‑1 (MQ=255)
                                                                             aaaTGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATg               <  2:163660/91‑1 (MQ=255)
                                                                              aaTGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATgg              >  1:2124545/1‑91 (MQ=255)
                                                                              aaTGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATgg              >  2:3660116/1‑91 (MQ=255)
                                                                               aTGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGa             <  2:971741/91‑1 (MQ=255)
                                                                                tGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGat            >  2:1386205/1‑91 (MQ=255)
                                                                                 gAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGata           <  2:1115266/91‑1 (MQ=255)
                                                                                 gAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGAata           >  1:1974736/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  aaGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGatat          >  1:3345729/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  aaGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGatat          >  1:2152088/1‑91 (MQ=255)
                                                                                  aaGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGatat          >  2:2667809/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   aGATGCGCTTGCTAAGGTACATGAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATAtt         <  2:3133905/91‑1 (MQ=255)
                                                                                   aGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATAtt         <  1:1630975/91‑1 (MQ=255)
                                                                                   aGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATAtt         >  1:2373966/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   aGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATAtt         >  2:1424830/1‑91 (MQ=255)
                                                                                   aGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATAtt         >  1:2863729/1‑91 (MQ=255)
                                                                                     aTGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATtct       >  1:2043368/1‑91 (MQ=255)
                                                                                       gcgcTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCa     <  1:1058801/91‑1 (MQ=255)
                                                                                        cgcTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCaa    <  2:2118911/91‑1 (MQ=255)
                                                                                         gcTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAat   <  1:884312/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          cTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAata  >  1:2383452/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          cTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAata  >  1:285458/1‑91 (MQ=255)
                                                                                          cTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAata  <  1:3514669/91‑1 (MQ=255)
                                                                                          |                                                                                          
ACAGTAAAAAATTTATTTTTAGGCTTTGTTGCTGTAATATTAACCGTTTGTTTAATTGGTTTATTAATATTAGCAACAAATGAAGATGCGCTTGCTAAGGTACATAAAACAATTAATACGCTTAACGCGATAAATGTATCAACTGAAGATACTTATAAAAAGAAAATGGATATTCTCAATA  >  USA300TCH1516_ALE/769709‑769889

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap:     Deleted base: 
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.