| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 799573 = | 172 (0.900) | 20 (0.130) | 7/128 | NT | 13.8% | intergenic (+5/‑235) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 799622 = | 113 (0.740) | intergenic (+54/‑186) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase | |||||
Only 100 of 259 total aligned reads displayed.
TGATGAACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAAT > USA300TCH1516_ALE/799483‑799663 | atcataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataac < 1:3383392‑M1/1‑1 (MQ=255)atcataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataac > 1:1969567‑M1/91‑91 (MQ=255) tcataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaca > 2:2819068‑M1/90‑91 (MQ=255) gatgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCa < 1:607391/91‑1 (MQ=255) gatgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCa < 2:66927/91‑1 (MQ=255) gatgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCa < 1:3860751/91‑1 (MQ=255) atgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACGGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCaa < 2:3412397/91‑1 (MQ=255) tgaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAAc < 2:645582/91‑1 (MQ=255) ataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataacaac < 1:863834‑M1/4‑1 (MQ=255) ataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataacaac > 1:3732052‑M1/88‑91 (MQ=255) ataatagcttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataacaac < 1:90747‑M1/4‑1 (MQ=255) gaACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACg > 1:1465897/1‑91 (MQ=255) aaCTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGc < 2:1395302/91‑1 (MQ=255) aCTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGcc < 2:1588689/91‑1 (MQ=255) cTATAAAGTGACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTAATTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCca < 2:2573534/91‑1 (MQ=255) taAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAATGACCAACGCCACAt < 1:2197493/91‑1 (MQ=255) taAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATGTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACAt < 1:3361366/91‑1 (MQ=255) cttacattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattatagcatgtttaaattgaacataattatcgatttaaatataaCAACGCCACAt < 2:3600757‑M1/11‑1 (MQ=255) aaGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATaa < 2:779653/91‑1 (MQ=255) aaGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACACCACATaa > 2:2806741/1‑91 (MQ=255) cattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGa > 1:3796267‑M1/77‑91 (MQ=255) cattgtgtttaacatgtcatattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGa > 1:2651817‑M1/77‑91 (MQ=255) tAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGAt < 1:1256809/91‑1 (MQ=255) aCAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGCTGCGAAAGATTATATAAAAGCAAAAGGGTGAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGc > 2:598901/1‑91 (MQ=255) cAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGTGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCg > 2:3837409/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGt > 2:2052819/1‑91 (MQ=255) aGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGt < 1:1051678/91‑1 (MQ=255) gTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTa < 1:1134337/91‑1 (MQ=255) tAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAac < 2:3130724/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAaca < 1:1094938/91‑1 (MQ=255) aaaaaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAaca < 1:405818/91‑1 (MQ=255) aaaaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAacac < 1:1409847/91‑1 (MQ=255) aaTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCa < 2:1959164/91‑1 (MQ=255) aTGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCaa > 1:2049271/1‑91 (MQ=255) gAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAAt > 2:1160490/1‑91 (MQ=255) gAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAAt > 2:3368364/1‑91 (MQ=255) aGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATta < 2:1257569/91‑1 (MQ=255) tattttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATtata > 1:3687565‑M1/58‑91 (MQ=255) cccATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 2:2309397/1‑91 (MQ=255) cccATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 2:1684719/1‑91 (MQ=255) cccATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 2:1087979/1‑91 (MQ=255) attttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatatacCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 1:3881704‑M1/57‑91 (MQ=255) attttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 1:690036‑M1/57‑91 (MQ=255) attttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTatat > 2:3085466‑M1/57‑91 (MQ=255) ttttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATc > 1:2591424‑M1/56‑91 (MQ=255) tttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCt > 2:1968966‑M1/55‑91 (MQ=255) tttttaatcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCt > 1:2429535‑M1/55‑91 (MQ=255) cATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCt < 1:192553/91‑1 (MQ=255) taCAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAtg > 2:3682499/1‑91 (MQ=255) aCAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAtgt < 2:3514833/91‑1 (MQ=255) tcattattgcatgtttaaattgaacataattatagatttaaatataaCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTgg > 2:242353‑M1/48‑91 (MQ=255) gTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAtgt > 2:492857/1‑88 (MQ=255) gTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTAtgt < 1:492857/88‑1 (MQ=255) tGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCgt > 1:164386/1‑91 (MQ=255) tGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCgt > 2:1909764/1‑91 (MQ=255) gCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCgtt < 2:3585236/91‑1 (MQ=255) cGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCgttg > 1:3511114/1‑91 (MQ=255) aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta < 1:730129/91‑1 (MQ=255) aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta > 2:886156/1‑91 (MQ=255) aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta < 1:2425157/91‑1 (MQ=255) aGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAAGAACGACCAACGCGACATAAGACGCGGAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTtat < 1:3100912/91‑1 (MQ=255) taaattTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTatat > 1:1284670/4‑91 (MQ=255) attattTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTatat < 2:2602497/91‑1 (MQ=255) ttattTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATAtt < 1:3294493/91‑1 (MQ=255) tattTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATAttt > 1:3466804/1‑91 (MQ=255) attTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTa > 1:3171968/1‑91 (MQ=255) attTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTa > 2:326903/1‑91 (MQ=255) tttAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTaa < 1:1736421/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCCACGCCACATACGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTaaa > 1:237204/1‑91 (MQ=255) ttAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTaaa < 1:3154616/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAAt > 1:1885801/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATc < 2:1716872/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATc < 2:524107/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCt < 1:3031409/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCt > 1:2926773/1‑91 (MQ=255) aaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCta > 1:2111152/1‑91 (MQ=255) gCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCtata < 2:2178199/91‑1 (MQ=255) aaaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGCTGCGTAACACCAACTTATATCTTATGTCGCGTTGTTATATTTAAATCCATAAt > 1:3609239/1‑91 (MQ=255) aaaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGCTGCGTAACACCAACTTATATCTTATGTAGCGTTGTTATATTTAAATCGATAAt > 1:3609440/1‑91 (MQ=255) aaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAtt < 2:1789954/91‑1 (MQ=255) aaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTa < 2:3431730/91‑1 (MQ=255) aGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTAt < 2:3011593/91‑1 (MQ=255) aGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTAt > 2:691585/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGtt > 1:1382108/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGtt < 1:548771/91‑1 (MQ=255) ttAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTc < 1:1705908/91‑1 (MQ=255) aaTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCaa > 1:1297723/1‑91 (MQ=255) aTCAAATAACGACCATCGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAt < 1:2806741/91‑1 (MQ=255) aTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAt > 2:2762049/1‑91 (MQ=255) aTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACAAAAAAAGATCTTGTGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAt < 2:1021171/91‑1 (MQ=255) tCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAtt < 1:3244157/91‑1 (MQ=255) tCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAtt < 1:118189/91‑1 (MQ=255) tAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAAc < 1:1337479/91‑1 (MQ=255) aCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACAt < 1:3833471/91‑1 (MQ=255) aCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACAt > 1:1358498/1‑91 (MQ=255) aCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACAt > 2:1364063/1‑91 (MQ=255) cGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATg > 2:2098583/1‑91 (MQ=255) aCCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCa > 1:1548741/1‑91 (MQ=255) aCCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCa < 1:3501046/91‑1 (MQ=255) CAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaat < 1:1509358‑M1/91‑1 (MQ=255) | TGATGAACTATAAAGTAACAGTTAAAAATGAAGACCCATATACAGTTGCGAAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAAT > USA300TCH1516_ALE/799483‑799663 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |