New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 799573 = | 172 (0.900) | 20 (0.130) | 7/128 | NT | 13.8% | intergenic (+5/‑235) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 799622 = | 113 (0.740) | intergenic (+54/‑186) | opuBB/hisC_1 | Choline transport system permease protein OpuBB/Histidinol‑phosphate aminotransferase |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
AAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGATG > USA300TCH1516_ALE/799533‑799712 | aaGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTta < 1:730129/91‑1 (MQ=255) aGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTtat > 1:3595053/1‑91 (MQ=255) aGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAAGAACGACCAACGCGACATAAGACGCGGAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTtat < 1:3100912/91‑1 (MQ=255) ttattTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATAtt < 1:3294493/91‑1 (MQ=255) tattTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATAttt > 1:149330/1‑91 (MQ=255) attTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTa > 2:326903/1‑91 (MQ=255) attTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTa < 1:2802933/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTaaa < 1:3154616/91‑1 (MQ=255) ttAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTaaa < 1:3368364/91‑1 (MQ=255) tAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAAt > 1:2329648/1‑91 (MQ=255) aaaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATc < 2:524107/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATc < 2:3624197/91‑1 (MQ=255) aaaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATc > 1:3671089/1‑91 (MQ=255) aaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCt < 1:3031409/91‑1 (MQ=255) aaaGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCt > 1:2926790/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATaa > 1:3197737/1‑91 (MQ=255) cAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATaa < 1:3817019/91‑1 (MQ=255) aaaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGCTGCGTAACACCAACTTATATCTTATGTAGCGTTGTTATATTTAAATCCATAAt > 1:3609350/1‑91 (MQ=255) aaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAtt > 1:3472092/1‑91 (MQ=255) aaaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAAtt < 1:1775911/91‑1 (MQ=255) aaGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCAATAATTa > 1:1930228/1‑91 (MQ=255) aGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTAt < 2:3011593/91‑1 (MQ=255) ggTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGt > 2:583478/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGtt > 2:2219448/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGtt > 2:1806148/1‑91 (MQ=255) gTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGtt < 1:548771/91‑1 (MQ=255) ttAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTc < 1:787224/91‑1 (MQ=255) aaTCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCaa > 1:1297723/1‑91 (MQ=255) tCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAAtt < 2:671732/91‑1 (MQ=255) aaTAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTaa > 1:546200/1‑91 (MQ=255) tAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAAc < 1:1337479/91‑1 (MQ=255) aaCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACa < 1:3170384/91‑1 (MQ=255) aCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACAt > 2:1364063/1‑91 (MQ=255) aCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACAt > 1:1359685/1‑91 (MQ=255) aCGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACAt < 1:1291742/91‑1 (MQ=255) cGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATg > 2:2098583/1‑91 (MQ=255) cGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATg < 1:1711982/91‑1 (MQ=255) gACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGc > 2:877015/1‑91 (MQ=255) aCCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCa < 1:3501046/91‑1 (MQ=255) ccAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTACGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaa > 2:1479560/1‑91 (MQ=255) acaacgccacataagatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaa > 2:2814087‑M2/51‑91 (MQ=255) AACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaata < 2:1614447‑M1/91‑1 (MQ=255) ACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCaataa < 1:1219126‑M1/91‑1 (MQ=255) GCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATg > 1:655151‑M1/1‑91 (MQ=255) ccacataagatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGa > 2:2174231‑M2/45‑91 (MQ=255) ccacataagatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGa > 2:242353‑M2/45‑91 (MQ=255) CCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGa < 1:1122141‑M1/91‑1 (MQ=255) CCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGa > 1:3773181‑M1/1‑91 (MQ=255) CACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGAt > 1:3436724‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGAtt > 2:2553471‑M1/1‑91 (MQ=255) ACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGAtt < 2:600674‑M1/91‑1 (MQ=255) CATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTa < 2:2780343‑M1/91‑1 (MQ=255) CATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTa < 1:1652004‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaa > 2:981915‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaa < 2:111697‑M1/91‑1 (MQ=255) AAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaa < 1:801388‑M1/91‑1 (MQ=255) agatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaaa > 2:1968966‑M2/38‑91 (MQ=255) agatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaaa > 1:2429492‑M2/38‑91 (MQ=255) AGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaaa > 2:2639125‑M1/1‑91 (MQ=255) gatataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTaaaaaa > 2:985799‑M2/37‑91 (MQ=255) atataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAat > 2:3085466‑M2/36‑91 (MQ=255) atataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAat > 2:3588307‑M2/36‑91 (MQ=255) atataatttggtgttacgcatcttatgtggcgttgGTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAat > 1:3881704‑M2/36‑91 (MQ=255) TGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAata > 2:274176‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAata > 1:1241083‑M1/1‑91 (MQ=255) TGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAata > 2:2163656‑M1/1‑91 (MQ=255) gCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAatat > 2:3052498/1‑91 (MQ=255) gTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGa > 1:1848196/1‑91 (MQ=255) gTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGa > 1:1964495/1‑91 (MQ=255) gTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGa < 1:901622/91‑1 (MQ=255) gTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGa < 1:2500991/91‑1 (MQ=255) tAACACCAAATTATATCTTATGTGGTGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGAc < 1:3620946/91‑1 (MQ=255) acacCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACAt > 1:1591726/1‑91 (MQ=255) acCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGt < 1:742099/91‑1 (MQ=255) acCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATAATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGt < 2:3772231/91‑1 (MQ=255) cAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTa > 1:2031398/1‑91 (MQ=255) cAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTa > 2:2490755/1‑91 (MQ=255) cAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTa > 1:1275206/1‑91 (MQ=255) cAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTa < 2:1468910/91‑1 (MQ=255) aaaTTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTaa < 2:1102719/91‑1 (MQ=255) tacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAac < 1:2174231‑M2/70‑1 (MQ=255) tacgcatcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAac < 1:242353‑M2/70‑1 (MQ=255) aTTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAac > 2:2945627/1‑91 (MQ=255) aTTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAac > 2:3319057/1‑91 (MQ=255) atatCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAAcaca < 2:3171358/91‑1 (MQ=255) tatCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACaa < 1:1684719/91‑1 (MQ=255) tatCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACaa < 2:2911652/91‑1 (MQ=255) tatCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACaa > 1:2255531/1‑91 (MQ=255) tatCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACaa > 1:2726877/1‑91 (MQ=255) tatCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACaa > 2:195236/1‑91 (MQ=255) tcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATg > 1:2651817‑M2/16‑91 (MQ=255) tcttatgtggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATg > 1:1396382‑M2/16‑91 (MQ=255) tcttatgtcgcgttgTTATATTTAATGCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATg < 2:3367879‑M2/76‑1 (MQ=255) tggcgttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCta < 1:2780343‑M2/83‑1 (MQ=255) gttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtattat < 1:863834‑M2/87‑1 (MQ=255) gttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtattat > 1:3732052‑M2/5‑91 (MQ=255) gttgTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCtattat > 1:2859198‑M2/5‑91 (MQ=255) gTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatgat > 1:1969567‑M2/2‑91 (MQ=255) ttATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatgatg > 2:808467/1‑91 (MQ=255) ttATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTatgatg < 2:927505/91‑1 (MQ=255) | AAAGATTATTTAAAAGCAAAAGGGTTAATCAAATAACGACCAACGCCACATAAGATGCGTAACACCAAATTATATCTTATGTGGCGTTGTTATATTTAAATCTATAATTATGTTCAATTTAAACATGCAATAATGATTAAAAAATATGACATGTTAAACACAATGTAAGCTATTATGATG > USA300TCH1516_ALE/799533‑799712 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |