| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 858374 = | 153 (0.800) | 14 (0.080) | 12/146 | NT | 8.9% | intergenic (+69/‑70) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 858405 = | 148 (0.850) | intergenic (+100/‑39) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase | |||||
Only 100 of 206 total aligned reads displayed.
CTTAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGTTTCT > USA300TCH1516_ALE/858284‑858464 | taggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaat < 1:2570852‑M1/1‑1 (MQ=255) ttAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTa > 1:2242470/1‑91 (MQ=255) aggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTa < 1:1456059‑M1/2‑1 (MQ=255) aggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTa > 2:1246079‑M1/90‑91 (MQ=255) tAGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTaa > 1:57398/1‑91 (MQ=255) ggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTaa > 2:2443043‑M1/89‑91 (MQ=255) ggactgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTaa > 2:2660667‑M1/89‑91 (MQ=255) aGCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAg > 1:3535903/1‑91 (MQ=255) gCTGACCTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGc < 2:3572271/91‑1 (MQ=255) gCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGc > 2:876775/1‑91 (MQ=255) gCTGAACTTTCTAAATAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGc < 2:521696/91‑1 (MQ=255) actgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGc > 2:2232466‑M1/87‑91 (MQ=255) ctgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCg > 2:2540708‑M1/86‑91 (MQ=255) ctgttttacctttaagatctaaatcagaaacaatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCg < 2:1788491‑M1/6‑1 (MQ=255) 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aaaTAATTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACaaa > 1:2895279/1‑91 (MQ=255) aataatTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAAc > 1:339559/1‑91 (MQ=255) taatTATAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGc < 1:1398399/91‑1 (MQ=255) atTTTAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCtt > 1:2414517/1‑91 (MQ=255) tttAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTtct > 2:1154074/1‑91 (MQ=255) ttAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTtctc > 2:1320385/1‑91 (MQ=255) ttAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTtctc < 2:31704/91‑1 (MQ=255) tAGTATAGTTTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTcc < 2:1996976/91‑1 (MQ=255) 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aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:934110/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:934721/91‑1 (MQ=255) ttttttagccatggtgtttcctccttgttattaggaaagtttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTGCTCCGCTTATTTTtatat > 1:1600505‑M1/52‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 2:349752/1‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 1:83745/1‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 2:1438835/1‑91 (MQ=255) tttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata > 2:1804453‑M1/51‑91 (MQ=255) tCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTCATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatata < 1:3072354/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |