New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 858374 = | 153 (0.800) | 14 (0.080) | 12/146 | NT | 8.9% | intergenic (+69/‑70) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
? | USA300TCH1516_ALE | 858405 = | 148 (0.850) | intergenic (+100/‑39) | gapA1/pgk | Glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase 1/Phosphoglycerate kinase |
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
TTTTATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGTTTCTGATTTAGATCTTAAAGGTAAAACAGTCCTAG > USA300TCH1516_ALE/858318‑858495 | ttttATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAtttt < 2:2834534/91‑1 (MQ=255) tttATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAttttt < 1:2210562/91‑1 (MQ=255) caatttttttagccatggtgtttcctccttgtaattaggaaattttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTAttttt > 1:28719‑M1/56‑91 (MQ=255) ttATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTta < 2:3873810/91‑1 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat > 1:1563515/1‑91 (MQ=255) tATTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtat > 1:259857/1‑91 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:934721/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 2:2586396/91‑1 (MQ=255) aTTCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtata < 1:934110/91‑1 (MQ=255) ttttttagccatggtgtttcctccttgttattaggaaagtttatataaaaaTAAGCGGGGAGCACAAACGCTGCTCCGCTTATTTTtatat > 1:1600505‑M1/52‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat < 2:203081/91‑1 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 2:349752/1‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat > 1:83745/1‑91 (MQ=255) ttCAAATACGCTAGTGCTCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTtatat < 2:727117/91‑1 (MQ=255) 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tCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACa < 2:17241/91‑1 (MQ=255) tCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACa < 1:7097/91‑1 (MQ=255) tCAGAACTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACa < 2:3542923/91‑1 (MQ=255) aaCTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAagga < 2:1877530/91‑1 (MQ=255) aCTATTTAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAaggag > 2:2116535/1‑91 (MQ=255) tttAGCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGaaa < 2:1239040/91‑1 (MQ=255) gCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAcc > 2:1107770/1‑91 (MQ=255) gCATTAATTAAAGCTTATGAGTAAGCAGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAcc > 2:2217234/1‑91 (MQ=255) 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aGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAGCGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACAGCATGGCTaaaaa > 2:3220592/1‑91 (MQ=255) aGCTTATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTaacaa > 2:3865543/1‑91 (MQ=255) aGCTTATGAGTAAGCGGGAAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACAATGAATaaaaa < 2:3323689/91‑1 (MQ=255) tataaaaataagcggagaagcgtttgtgctccccgcttaTTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTaaaaaaa > 1:1824321‑M2/40‑91 (MQ=255) ttATGAGTAAGCAGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAAt < 2:435391/91‑1 (MQ=255) tATGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAAtt > 2:1201376/1‑91 (MQ=255) tGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGt < 1:1788240/91‑1 (MQ=255) tGAGTAAGCGGGGAGCACAAACGCTTCTCCGCTTATTTTTATATAAAATTTCCTAATTACAAGGAGGAAACACCATGGCTAAAAAAATTGt < 1:2193473/91‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |