| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 869579 = | 220 (1.150) | 25 (0.150) | 16/140 | NT | 12.4% | intergenic (+1262/+60) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 869621 = | 162 (0.970) | intergenic (+1304/+18) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TAAAAGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACA > USA300TCH1516_ALE/869489‑869669 | tAAAAGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAAt > 1:3639413/1‑91 (MQ=255)tAAAAGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAAt < 1:2143825/91‑1 (MQ=255)gttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatt > 1:963410‑M1/91‑91 (MQ=255)gttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatt > 2:2333006‑M1/91‑91 (MQ=255)gttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatt > 2:1570350‑M1/91‑91 (MQ=255) ttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTa < 1:3523904‑M1/2‑1 (MQ=255) ttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTa > 2:1199589‑M1/90‑91 (MQ=255) ttaatgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTa < 2:424753‑M1/2‑1 (MQ=255) aaaGGCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAg < 2:244816/91‑1 (MQ=255) tgatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCTa < 1:1350617‑M1/6‑1 (MQ=255) gatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCTAt < 2:1230589‑M1/7‑1 (MQ=255) gatatattagaaggttataaaaatagtgagttatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCTAt > 2:849790‑M1/85‑91 (MQ=255) gCGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTAt > 1:470818/1‑91 (MQ=255) cGAGAGTAAAGCTTACTTGTTTATTATACATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATg < 1:2259869/91‑1 (MQ=255) 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cATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCa < 2:1098633/91‑1 (MQ=255) cATATTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTACGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCa > 1:3117296/1‑91 (MQ=255) atatTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCAt < 2:2673970/91‑1 (MQ=255) tatatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATa > 1:2681465‑M1/54‑91 (MQ=255) tatTTAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATa < 2:2182207/91‑1 (MQ=255) atatgttgagttgataaatagcatcctaaaataaaaataaacatactaagatTAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATAg > 1:1960601‑M1/53‑91 (MQ=255) tttAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATAGc < 2:827542/91‑1 (MQ=255) ttAAAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTC‑ATAGATTCCTTCATAGCt < 2:3470072/91‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |