| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 869579 = | 220 (1.150) | 25 (0.150) | 16/140 | NT | 12.4% | intergenic (+1262/+60) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 869621 = | 162 (0.970) | intergenic (+1304/+18) | smpB/USA300HOU_RS04240 | SsrA‑binding protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 273 total aligned reads displayed.
AAATCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACATATAACTCACTATTTTTATAACCTTCTAATATATCATTAAC > USA300TCH1516_ALE/869532‑869710 | aaTCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATc < 1:916356/91‑1 (MQ=255) aaTCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATc > 2:121930/1‑91 (MQ=255) aaTCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATc < 2:3690766/91‑1 (MQ=255) tCCAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCtt > 1:3861046/1‑91 (MQ=255) ccAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTa < 1:2221298/91‑1 (MQ=255) cAAGAGTCAGAACAGACTACTCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAg < 2:679329/91‑1 (MQ=255) 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actactCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGtttatttttat > 2:766391/1‑91 (MQ=255) actactCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGtttatttttat > 1:522612/1‑91 (MQ=255) ctactCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGtttatttttatt > 1:1128804/1‑91 (MQ=255) tactCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTttatttttattt > 2:986743/1‑91 (MQ=255) tactCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTttattattattt > 1:1767650/1‑91 (MQ=255) actCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTtatttttatttt < 1:2550668/91‑1 (MQ=255) actCCTCTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTtatttttatttt < 2:2745359/91‑1 (MQ=255) ctcctcTTTATAACTATAAAAAATAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATttttatttta < 2:1859779/91‑1 (MQ=255) 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aaaaaTAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTAtcaact > 1:736893/1‑91 (MQ=255) gattagctatgaaggaatctatgacgatagattttttcatagctaATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTAtcaactca > 2:3324904‑M2/46‑91 (MQ=255) aaaTAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTAtcaactca > 1:1239845/1‑91 (MQ=255) aaTAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTAtcaactcaa > 1:945272/1‑91 (MQ=255) ttagctatgaaggaatctatgacgatagattttttcatagctaATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTAtcaactcaac > 2:1046931‑M2/44‑91 (MQ=255) aTAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTAtcaactcaac < 1:979236/91‑1 (MQ=255) tagctatgaaggaatctatgacgatagattttttcatagctaATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACa > 1:2350739‑M2/43‑91 (MQ=255) TAGCTATGAAAAAATCTATCGTCATAGATTCCTTCATAGCTAATCTTAGTATGTTTATTTTTATTTTAGGATGCTATTTATCAACTCAACa > 1:2283921‑M1/1‑91 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |