| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 940821 | 169 (0.890) | 30 (0.170) | 13/148 | NT | 17.5% | intergenic (+2/+54) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 940872 | 126 (0.720) | intergenic (+53/+3) | USA300HOU_RS04680/ptlE | Putative esterase/Neopentalenolactone D synthase | |||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGT > USA300TCH1516_ALE/940731‑940911 | cacaTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAA < 1:2577626‑M1/91‑1 (MQ=255)cacaTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAA < 2:1025337‑M1/91‑1 (MQ=255) acaTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAg < 1:913731/91‑1 (MQ=255) acaTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAg < 2:3631768/91‑1 (MQ=255) caTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGa > 2:2038757/1‑91 (MQ=255) caTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGa < 2:3482215/91‑1 (MQ=255) aTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGaa > 1:2615728/1‑91 (MQ=255) aTGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGaa > 1:1419743/1‑91 (MQ=255) tGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAAc < 2:2123797/91‑1 (MQ=255) tGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAAc < 1:396608/91‑1 (MQ=255) gTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACt < 2:2646762/91‑1 (MQ=255) aTGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGc > 1:2726469/1‑91 (MQ=255) tGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCt < 2:1036487/91‑1 (MQ=255) tGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCt > 2:684284/1‑91 (MQ=255) gggATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTa < 2:463800/91‑1 (MQ=255) gATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGc < 1:1318176/91‑1 (MQ=255) atatAAAAAGTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTAAAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCt < 2:2628524/91‑1 (MQ=255) tataAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTg > 1:2377819/1‑91 (MQ=255) taAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGaa > 2:1642817/1‑91 (MQ=255) taAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTT‑AAATAAAAGAACTGCTAGCTGaaa > 2:3561067/1‑91 (MQ=255) aaaaaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGaaa < 2:314931/91‑1 (MQ=255) aaaaaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGaaa < 2:3309547/91‑1 (MQ=255) aaTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGt > 2:1633957/1‑91 (MQ=255) aTTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGtt < 2:1117348/91‑1 (MQ=255) ttAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAaaactgctagccgtagttatg < 1:1930662‑M1/91‑22 (MQ=255) ttAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAAGAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTa > 1:3620958/1‑91 (MQ=255) aGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATga > 1:1277570/1‑91 (MQ=255) aGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATga < 1:499276/91‑1 (MQ=255) gAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATgag > 2:2183434/1‑91 (MQ=255) aaTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATgaga > 2:242726/1‑91 (MQ=255) aTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGat > 2:3512466/1‑91 (MQ=255) aTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGat > 1:2190123/1‑91 (MQ=255) aTGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGat < 2:1821620/91‑1 (MQ=255) aaaGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCa < 1:1039812/91‑1 (MQ=255) aaGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCAt < 2:1294941/91‑1 (MQ=255) aGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATa > 1:293304/1‑91 (MQ=255) gAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATaa < 1:1609310/91‑1 (MQ=255) aCAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATAAGATATTCATAACt > 2:3730381/1‑91 (MQ=255) cAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTa > 1:27310/1‑91 (MQ=255) cAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTa > 2:231084/1‑91 (MQ=255) attaattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAgaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttca < 1:1294660‑M1/91‑41 (MQ=255) attaattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACg > 1:2485712/1‑91 (MQ=255) ttaattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACgg > 1:3089414/1‑91 (MQ=255) aattaCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCt < 2:1509479/91‑1 (MQ=255) taCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGc < 1:628048/91‑1 (MQ=255) taCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGc < 1:2844391/91‑1 (MQ=255) taCAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACCGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGc > 2:3410135/1‑91 (MQ=255) aGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGt < 1:3456969/91‑1 (MQ=255) aGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGt < 1:3398697/91‑1 (MQ=255) gTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGtt < 2:489900/91‑1 (MQ=255) aTGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTtt > 2:1232679‑M2/1‑89 (MQ=255) tGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttt < 1:1743117‑M1/91‑55 (MQ=255) tGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttt < 2:3699410‑M2/91‑4 (MQ=255) gCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttctttt < 2:3558574‑M1/91‑56 (MQ=255) 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tATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgtt < 2:1998530/91‑1 (MQ=255) aTTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATAttgttg < 1:988968/91‑1 (MQ=255) aaCCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGt > 1:633715/1‑91 (MQ=255) ccTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGttt < 1:1204483/91‑1 (MQ=255) ccTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGttt < 1:3048281/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttattttaaaggtttaatagcaact < 1:699932‑M2/91‑28 (MQ=255) cTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGtttt < 2:543244/91‑1 (MQ=255) cTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGtttt < 1:1163546/91‑1 (MQ=255) 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aaaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaa < 1:2257649/91‑1 (MQ=255) aaaataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGaa > 2:1925457/1‑91 (MQ=255) aataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAAt > 2:2836248/1‑91 (MQ=255) aataaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAAt < 2:643644/91‑1 (MQ=255) taaaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacg < 1:757217‑M2/91‑36 (MQ=255) aaaaaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgc < 2:1594488‑M1/91‑88 (MQ=255) aaaaaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgc > 2:3073126‑M1/1‑4 (MQ=255) aaaaaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgc < 1:1308951‑M1/91‑88 (MQ=255) aaaaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgca < 1:2258594‑M1/91‑89 (MQ=255) aaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgca < 1:1743168‑M2/91‑38 (MQ=255) aaaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgca < 1:1743219‑M2/91‑38 (MQ=255) aaaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgcat > 2:784062‑M1/1‑2 (MQ=255) aaGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTg < 2:3252396/91‑1 (MQ=255) aaaactgctagccgtagttatgaatatctcataacatttcagctagcagttcttttattttaaaggtttaatagcaactgtaccacgcata > 2:3592509‑M1/1‑1 (MQ=255) | CACATGTATGGGATATAAAAATTAAGAATGACAAAGAACAATTAATTACAGTTATGCGTGGTACAGTTGCTATTAAACCTTTAAAATAAAAGAACTGCTAGCTGAAATGTTATGAGATATTCATAACTACGGCTAGCAGTTTTTTTATGCGCTATATTGTTGTAGTTTTAGAAATGCTTGT > USA300TCH1516_ALE/940731‑940911 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |