| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1071475 | 158 (0.830) | 10 (0.060) | 7/148 | NT | 6.1% | coding (54/318 nt) | USA300HOU_RS05290 | Pesticidal crystal protein Cry22Aa |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1071489 | 164 (0.930) | coding (40/318 nt) | USA300HOU_RS05290 | Pesticidal crystal protein Cry22Aa | |||||
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
TAATCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTAACCTCCGAATGATAAGTCATTTCTGAGTTAG > USA300TCH1516_ALE/1071386‑1071565 | taATCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTa < 1:935002/91‑1 (MQ=255) aaTCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCGTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTAc > 2:398005/1‑91 (MQ=255) aaTCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTAc > 2:1200745/1‑91 (MQ=255) aTCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACt > 2:3355031/1‑91 (MQ=255) aTCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACt > 1:1707738/1‑91 (MQ=255) tCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTa > 1:3742343/1‑91 (MQ=255) cTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAg < 2:65361/91‑1 (MQ=255) cTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAg < 2:601129/91‑1 (MQ=255) ttGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAgt < 2:64518/91‑1 (MQ=255) tGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAgtg < 2:3265143/91‑1 (MQ=255) gACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAgtgt > 1:1374274/1‑91 (MQ=255) ccTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAg < 1:2733226/91‑1 (MQ=255) ccTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAg < 1:2134742/91‑1 (MQ=255) cTTTCTTAATAACGATATCATTGGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGc < 2:456798/91‑1 (MQ=255) tCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGa < 1:3535080/91‑1 (MQ=255) tCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGa > 2:3868171/1‑91 (MQ=255) tCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGa > 1:3466035/1‑91 (MQ=255) actTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTtctgctacactagt < 2:3842680‑M1/90‑15 (MQ=255) ttAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaa > 1:312559‑M2/1‑89 (MQ=255) ttAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaa > 2:3533454‑M2/1‑89 (MQ=255) taataaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaac > 2:2554860‑M2/1‑88 (MQ=255) taataaCGATATCATTAGCGCCATTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTGGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaac > 2:2943821‑M2/1‑88 (MQ=255) ataaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaacac < 1:825902‑M2/91‑6 (MQ=255) taaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTtctgctacactagtaacacc < 1:2025651‑M1/91‑21 (MQ=255) taaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaacacc > 1:3068732‑M2/1‑85 (MQ=255) aCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGa < 1:2520972/91‑1 (MQ=255) cGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAg > 2:3806293/1‑91 (MQ=255) gATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAgg < 2:2462516/91‑1 (MQ=255) tatCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTtctgctacactagtaacaccaaattt < 1:2277806‑M1/91‑27 (MQ=255) tatCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGc < 2:2044747/91‑1 (MQ=255) tCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTg > 1:2695031/1‑91 (MQ=255) tCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTg < 1:1447986/91‑1 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt > 1:845430/1‑91 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt < 2:6651/91‑1 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt < 1:1268791/91‑1 (MQ=255) gcgcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATg > 1:1756274/1‑91 (MQ=255) gcgcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATg < 1:3405415/91‑1 (MQ=255) gcgcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATg < 1:994468/91‑1 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc > 2:1932498/1‑91 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc < 2:41752/91‑1 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc > 1:2893674/1‑91 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc < 2:2380950/91‑1 (MQ=255) tttAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGt > 2:493072/1‑91 (MQ=255) ttAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTa < 1:1152732/91‑1 (MQ=255) tAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTaa < 1:2332890/91‑1 (MQ=255) aTTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATa > 2:274208/1‑91 (MQ=255) tttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAg < 1:524162/91‑1 (MQ=255) tttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAg < 2:1229255/91‑1 (MQ=255) ttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGt > 2:3464752/1‑91 (MQ=255) ttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGt > 2:1425978/1‑91 (MQ=255) tgtgGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGtt < 1:7628/91‑1 (MQ=255) tgtgGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGtt < 1:1632128/91‑1 (MQ=255) tgtgGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAAGAGtt > 1:3229292/1‑91 (MQ=255) gtggtgTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGttt > 1:1333976/1‑91 (MQ=255) 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tttctgctacactagtaacaccaaatttaaatgcagatgcaacgacgaatactacaccacaaattaaaggcgctaatgatatcgttattaa > 1:3883057‑M1/1‑2 (MQ=255) ttACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTAACCTCCGAATGATAAGTCATTTCTGAGTTa < 2:1301227/91‑1 (MQ=255) ttACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTAACCTCCGAATGATAAGTCATTTCTGAGTTa < 2:715047/91‑1 (MQ=255) ttctgctacactagtaacaccaaatttaaatgcagatgcaacgacgaatactacaccacaaattaaaggcgctaatgatatcgttattaag < 2:2229274‑M1/91‑91 (MQ=255) ttctgctacactagtaacaccaaatttaaatgcagatgcaacgacgaatactacaccacaaattaaaggcgctaatgatatcgttattaag < 2:2289479‑M1/91‑91 (MQ=255) | TAATCTTGACCTTTCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTAACCTCCGAATGATAAGTCATTTCTGAGTTAG > USA300TCH1516_ALE/1071386‑1071565 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |