New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1071475 | 158 (0.830) | 10 (0.060) | 7/148 | NT | 6.1% | coding (54/318 nt) | USA300HOU_RS05290 | Pesticidal crystal protein Cry22Aa |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1071489 | 164 (0.930) | coding (40/318 nt) | USA300HOU_RS05290 | Pesticidal crystal protein Cry22Aa |
Only 100 of 219 total aligned reads displayed.
TCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTAACCTCCGAATGATAAGTCATTTCTGAGTTAGCTTTACTATACCTT > USA300TCH1516_ALE/1071399‑1071579 | tCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGa > 1:3466035/1‑91 (MQ=255) tCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGa < 1:3535080/91‑1 (MQ=255) tCTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGa > 2:3868171/1‑91 (MQ=255) cTTAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAa < 2:2229274‑M2/91‑2 (MQ=255) ttAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaa < 2:73346‑M2/91‑3 (MQ=255) ttAATAACGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaa > 1:312559‑M2/1‑89 (MQ=255) taataaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaac > 1:1363315‑M2/1‑88 (MQ=255) taataaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaac < 2:17703‑M2/91‑4 (MQ=255) taataaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaac < 1:2233296‑M2/91‑4 (MQ=255) aataaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaaca > 2:1730783‑M2/1‑87 (MQ=255) taaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAaacacc < 2:2544965‑M2/91‑7 (MQ=255) aaCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCg < 2:495751/91‑1 (MQ=255) aCGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGa > 1:281254/1‑91 (MQ=255) cGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAg > 2:3806293/1‑91 (MQ=255) cGATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAg > 1:233259/1‑91 (MQ=255) gATATCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAgg < 2:2462516/91‑1 (MQ=255) tatCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGc < 2:2556567/91‑1 (MQ=255) tCATTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTg < 1:1447986/91‑1 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt < 1:1268985/91‑1 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt > 1:2444151/1‑91 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt > 1:845941/1‑91 (MQ=255) aTTAGCGCCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGAt < 1:1267902/91‑1 (MQ=255) gcgcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATg < 1:994468/91‑1 (MQ=255) gcgcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATg < 1:3405415/91‑1 (MQ=255) cgcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGa > 2:352948/1‑91 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc < 2:684193/91‑1 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc < 2:845941/91‑1 (MQ=255) gcCTTTAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGAc > 1:2893674/1‑91 (MQ=255) tttAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGt < 2:1301322/91‑1 (MQ=255) ttAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTa < 1:1152732/91‑1 (MQ=255) ttAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTa < 2:2613837/91‑1 (MQ=255) tAATTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTaa < 1:27032/91‑1 (MQ=255) aaTTTGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAAt < 2:3315895/91‑1 (MQ=255) tttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAg < 2:1229255/91‑1 (MQ=255) tttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAg < 1:524162/91‑1 (MQ=255) ttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGt > 2:3464752/1‑91 (MQ=255) ttGTGGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGt > 2:1425978/1‑91 (MQ=255) tgtgGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGtt > 1:328426/1‑91 (MQ=255) tgtgGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGtt < 1:1631798/91‑1 (MQ=255) tgtgGTGTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAAGAGtt > 1:3229292/1‑91 (MQ=255) tggtgTAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTa > 1:3666118/1‑91 (MQ=255) tgtAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTAtta > 2:3848007/1‑90 (MQ=255) tgtAGTATTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTc < 1:2039358/91‑1 (MQ=255) gtagtaTTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCa < 2:1313150/91‑1 (MQ=255) gtagtaTTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATATGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTACTAGTTTATTCa > 2:2967657/1‑91 (MQ=255) gtaTTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATaa > 1:2612779/1‑91 (MQ=255) gtaTTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATaa < 1:1702413/91‑1 (MQ=255) aTTCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATg > 2:2925557/1‑91 (MQ=255) ttcatcgtTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGt < 2:2010832/87‑1 (MQ=255) ttCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGt < 2:1568490/91‑1 (MQ=255) ttCGTCGTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGt < 2:2534095/91‑1 (MQ=255) tcgtcgTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTa < 1:604426/91‑1 (MQ=255) tcgtcgTTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTa > 1:1055684/1‑91 (MQ=255) cgtcgtTGCATCTGCATTTAAATTTGGTGTTACTAGTGTAGCAGAAACACCGAGGGCTGATAATGACTGTAATAGTTTATTCATAATGTaa > 1:397670/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |