New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1129920 | 179 (0.940) | 14 (0.080) | 9/148 | NT | 7.3% | coding (372/1038 nt) | USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1129939 | 188 (1.070) | coding (391/1038 nt) | USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein |
Only 100 of 251 total aligned reads displayed.
TGTGTTTAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCATACAAGTATTAATCCAGAACCGTCCTTTAAAGTTGATGGTAAAAAA > USA300TCH1516_ALE/1129830‑1130010 | gtgtTTAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTa < 2:2118251/91‑1 (MQ=255) gtgtTTAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTa > 1:1338807/1‑91 (MQ=255) gtTTAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGt > 1:1681330/1‑91 (MQ=255) tttAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTc < 2:917484/91‑1 (MQ=255) ttAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTcc < 2:2412222/91‑1 (MQ=255) tAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCg > 1:2382718/1‑91 (MQ=255) aaGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGtt < 1:3454965/91‑1 (MQ=255) aaGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGtt < 1:999160/91‑1 (MQ=255) gACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTaa < 2:1731876/91‑1 (MQ=255) cAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTaaaa < 2:966762/91‑1 (MQ=255) cAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTaaaa > 1:2750010/1‑91 (MQ=255) aaaaaCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTaaaaa < 1:3338794/91‑1 (MQ=255) aaaaaCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTaaaaa > 2:2325760/1‑91 (MQ=255) aaaaCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAAt < 2:1853969/91‑1 (MQ=255) aaaaCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAAt < 1:2914130/91‑1 (MQ=255) aaaCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTgtcctatttttaacg < 2:1908515‑M1/91‑16 (MQ=255) aaCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAg < 1:1111791/91‑1 (MQ=255) aCAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAgg > 1:1051555/1‑91 (MQ=255) cAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGa < 2:2917129/91‑1 (MQ=255) aGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTgtcctatttttaacggact < 1:2557512‑M1/91‑20 (MQ=255) aGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGac < 1:1634383/91‑1 (MQ=255) aGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGac < 2:1281291/91‑1 (MQ=255) gTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTgtcctatttttaacggacta < 1:3333745‑M1/91‑21 (MQ=255) gTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACa > 2:3325634‑M2/1‑90 (MQ=255) gTTATTACATTGTTTCAACTAAACGAGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTCAAAAATAGGACa < 2:394944‑M2/91‑2 (MQ=255) ttattaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATATGACaa < 2:1628982‑M2/91‑3 (MQ=255) ttattaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACaa > 2:2728151‑M2/1‑89 (MQ=255) tattaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTgtcctatttttaacggactaac < 1:3043916‑M1/91‑23 (MQ=255) attaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTgtcctatttttaacggactaaca < 2:68024‑M1/91‑24 (MQ=255) attaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACaaca < 2:1783484‑M2/91‑5 (MQ=255) ttGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGc > 1:646010/1‑91 (MQ=255) ttGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGc < 2:801935/91‑1 (MQ=255) ttGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGACAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGc < 1:3363084/91‑1 (MQ=255) tGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCa < 1:431607/91‑1 (MQ=255) tttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGa > 1:1060911/1‑91 (MQ=255) tttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGa < 1:1201889/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGaa > 1:982559/1‑91 (MQ=255) cAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTc > 2:953148/1‑60 (MQ=255) aaCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtt > 2:1482204/1‑91 (MQ=255) aaCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtt > 1:3562076/1‑91 (MQ=255) aaCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtt > 1:1881064/1‑91 (MQ=255) aaCTAAACGTGAAGAAATCGTTCCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtt < 1:535113/91‑1 (MQ=255) aCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttt > 1:1378061/1‑91 (MQ=255) aCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttt < 1:1732647/91‑1 (MQ=255) aCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttt > 1:2188097/1‑91 (MQ=255) aCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttt > 1:1254998/1‑91 (MQ=255) cTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtttt < 2:526569/91‑1 (MQ=255) tAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttttt < 1:2293672/91‑1 (MQ=255) tAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttttt < 1:705783/91‑1 (MQ=255) aaaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTa > 1:3762904/1‑91 (MQ=255) aaaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTa < 2:45285/91‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTaa < 1:2963569/91‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTaa < 1:2963789/91‑1 (MQ=255) aCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAAt > 2:2564227/1‑91 (MQ=255) gTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCa < 2:3774967/91‑1 (MQ=255) 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gttgtcctatttttaacggactaacattgactttctcacctgtagcatacactgaaacgatttcttcacgtttagttgaaacaatgtaata < 1:929397‑M1/91‑89 (MQ=255) gttgtcctatttttaacggactaacattgactttctcacctgtagcatacactgaaacgatttcttcacgtttagttgaaacaatgtaata < 2:3176881‑M1/91‑89 (MQ=255) gTTAGTCCGTTAAAAATAGGACaacattgactttctcacctgtagcatacactgaaacgatttcttcacgtttagttgaaacaatgtaata < 1:2020167‑M2/91‑70 (MQ=255) ttAGTCCGTTAAAAATAGGACaacattgactttctcacctgtagcatacactgaaacgatttcttcacgtttagttgaaacaatgtaataa < 1:2214011‑M2/91‑71 (MQ=255) tAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCATACAAGTATTAATCCAGAACCGTCCTTTAAAGTTGATGGTaaaaaa < 2:1397222/91‑1 (MQ=255) | TGTGTTTAAAGACAAAAACAGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCATACAAGTATTAATCCAGAACCGTCCTTTAAAGTTGATGGTAAAAAA > USA300TCH1516_ALE/1129830‑1130010 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |