New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1129920 | 179 (0.940) | 14 (0.080) | 9/148 | NT | 7.3% | coding (372/1038 nt) | USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1129939 | 188 (1.070) | coding (391/1038 nt) | USA300HOU_RS05585 | hypothetical protein |
Only 100 of 238 total aligned reads displayed.
AGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCATACAAGTATTAATCCAGAACCGTCCTTTAAAGTTGATGGTAAAAAATATGAATTTGAACTTTCAG > USA300TCH1516_ALE/1129849‑1130029 | aGTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGac < 1:1634383/91‑1 (MQ=255) gTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACa > 2:3325634‑M2/1‑90 (MQ=255) gTTATTACATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACa < 1:3341016‑M2/91‑2 (MQ=255) ttattaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACaa > 2:2728151‑M2/1‑89 (MQ=255) ttaCATTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTCCAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACaacat < 1:3077546‑M2/91‑6 (MQ=255) aTTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTg < 1:1290026/91‑1 (MQ=255) aTTGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTg < 2:1274478/91‑1 (MQ=255) ttGTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGc < 2:557896/91‑1 (MQ=255) gTTTCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAg < 1:2229246/91‑1 (MQ=255) tttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGa > 1:1061167/1‑91 (MQ=255) tttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGa < 1:117635/91‑1 (MQ=255) tttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGa < 2:1913510/91‑1 (MQ=255) ttCAACTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGaa > 1:982559/1‑91 (MQ=255) aaCTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtt > 1:1881613/1‑91 (MQ=255) 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cTAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAtttt < 2:526569/91‑1 (MQ=255) tAAACGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAAttttt < 1:705771/91‑1 (MQ=255) aaaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTa < 2:45285/91‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTaa < 2:904270/91‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTaa < 1:2963569/91‑1 (MQ=255) aaCGTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTaa < 1:2963789/91‑1 (MQ=255) gTGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCa > 2:3490791/1‑91 (MQ=255) tGAAGAAATCGTTTCAGTGTATGCTACAGGTGAGAAAGTCAATGTTAGTCCGTTAAAAATAGGACAACATTCTGCAGAAATTTTTAATCAt > 1:2349469/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |