New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1134014 = | 231 (1.210) | 12 (0.080) | 5/132 | NT | 6.6% | intergenic (+8/+54) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1134060 = | 147 (0.940) | intergenic (+54/+8) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
Only 100 of 318 total aligned reads displayed.
AAGAAGTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCT > USA300TCH1516_ALE/1133924‑1134104 | caaagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaa < 1:197708‑M1/1‑1 (MQ=255) caaagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaa < 2:811883‑M1/1‑1 (MQ=255) caaagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaa < 1:3204765‑M1/1‑1 (MQ=255) aaagcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaaa > 1:1024742‑M1/90‑91 (MQ=255) agcaacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACa > 2:3251637‑M1/88‑91 (MQ=255) gTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGt > 1:2651157/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGt > 1:2846975/1‑91 (MQ=255) gTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGt < 1:3073332/91‑1 (MQ=255) ttGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTa > 1:2213465/1‑91 (MQ=255) ttGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTa > 1:2918033/1‑91 (MQ=255) aacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTa < 2:2750568‑M1/7‑1 (MQ=255) aacacacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTa < 1:2515446‑M1/7‑1 (MQ=255) tGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAt < 2:109925/91‑1 (MQ=255) gCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAtt < 1:1726144/91‑1 (MQ=255) gCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAtt > 1:2393989/1‑91 (MQ=255) gCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAtt < 2:1351783/91‑1 (MQ=255) cAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAttt > 1:1962553/1‑91 (MQ=255) cAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAttt > 2:3097474/1‑91 (MQ=255) cacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTAtttt < 1:94765‑M1/11‑1 (MQ=255) cacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTAtttt < 1:91781‑M1/11‑1 (MQ=255) cacatatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTAtttt < 1:2817717‑M1/11‑1 (MQ=255) aGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTAtttt > 2:3016198/1‑91 (MQ=255) gCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTa > 2:1007364/1‑91 (MQ=255) gCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTa > 1:3457041/1‑91 (MQ=255) catatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacggctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAg < 1:3097474‑M1/13‑1 (MQ=255) cTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGACGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAg > 2:1950025/1‑91 (MQ=255) cTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAg < 2:2680773/91‑1 (MQ=255) ttgtCGAGCAGGTATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTGAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAgg < 2:3206592/88‑1 (MQ=255) ttATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAgg < 2:1126602/91‑1 (MQ=255) atatccaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAgg > 1:2153288‑M1/78‑91 (MQ=255) atatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAgg > 1:128489‑M1/78‑91 (MQ=255) atatacaatgcaataagcgggcaacaacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAgg > 1:773049‑M1/78‑91 (MQ=255) tATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGt > 2:190500/1‑91 (MQ=255) aTCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGtt < 2:402883/91‑1 (MQ=255) aTCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGtt < 2:3106290/91‑1 (MQ=255) gAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTAt > 2:3018779/1‑91 (MQ=255) gAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTAt > 2:2356234/1‑91 (MQ=255) gAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTCTAt > 1:738347/1‑91 (MQ=255) gCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCa > 1:3251567/1‑91 (MQ=255) gATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATgg < 2:3737973/91‑1 (MQ=255) gATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATgg > 2:2850321/1‑91 (MQ=255) atTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGttt < 1:3695304/91‑1 (MQ=255) tttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTa > 1:3768596/1‑91 (MQ=255) tttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTa > 1:647704/1‑91 (MQ=255) ttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTAc > 1:3531614/1‑91 (MQ=255) ttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTAc < 2:3774486/91‑1 (MQ=255) ttCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTAc > 1:1114711/1‑91 (MQ=255) aaTTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcc > 2:3525909/1‑91 (MQ=255) aaTTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATcc > 1:2485833/1‑91 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCtgg < 1:862061/91‑3 (MQ=255) tCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTaa < 1:1001116/91‑1 (MQ=255) cGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTaaa > 2:1368468/1‑91 (MQ=255) gTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTaaaa > 2:2515446/1‑91 (MQ=255) aacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTaaaa > 1:3423153‑M1/53‑91 (MQ=255) aacaaacagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTaaaa > 1:1340070‑M1/53‑91 (MQ=255) ccACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATAc > 1:9371/1‑91 (MQ=255) cACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACt < 2:582377/91‑1 (MQ=255) cACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACt > 2:3828727/1‑91 (MQ=255) aCCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTg < 2:3349087/91‑1 (MQ=255) aCCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTg < 2:1452018/91‑1 (MQ=255) aCCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTg > 1:449699/1‑91 (MQ=255) cagatttcaacacgcctgtcatacagcaatatcgttaacaaatgaaAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGt > 2:1276625‑M1/47‑91 (MQ=255) cTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGtt < 1:2563379/91‑1 (MQ=255) aTGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTc < 2:3651860/91‑1 (MQ=255) ttGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAtt > 1:1904518/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAtt > 1:2353685/1‑91 (MQ=255) ttGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATGTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAtt < 2:3605412/91‑1 (MQ=255) tGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAttt > 1:279164/1‑91 (MQ=255) tGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAttt < 1:1879300/91‑1 (MQ=255) tGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAttt > 2:643805/1‑91 (MQ=255) 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gaagaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCt < 2:2464244/91‑1 (MQ=255) agaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGt > 2:1647717/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg < 2:1116518/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg > 1:2976532/1‑91 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg > 2:892250/1‑91 (MQ=255) tttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGAc > 2:1218816/1‑91 (MQ=255) ttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACa < 2:1733058/91‑1 (MQ=255) tAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAg > 2:496911/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGc < 2:3435306/91‑1 (MQ=255) aataaAAATAACAGTATTTTAGATTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCgtg < 2:3131686/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:3622102/91‑1 (MQ=255) aaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaa > 1:2108885/1‑91 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 2:2926242/91‑1 (MQ=255) AACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCt < 2:1872139‑M1/91‑1 (MQ=255) | AAGAAGTTGCAGCTTATCGAGCAGATATTTCTGAATTCGTTCCACCTTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCT > USA300TCH1516_ALE/1133924‑1134104 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |