New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1134014 = | 231 (1.210) | 12 (0.080) | 5/132 | NT | 6.6% | intergenic (+8/+54) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 1134060 = | 147 (0.940) | intergenic (+54/+8) | coaD/USA300HOU_RS05620 | Phosphopantetheine adenylyltransferase/Nicotinamide‑nucleotide adenylyltransferase |
Only 100 of 261 total aligned reads displayed.
TTATGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCTTATTGCATTGTATATGTGTGTTGCTTTGA > USA300TCH1516_ALE/1133970‑1134150 | tGTTGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCa < 1:794824/91‑1 (MQ=255) tGAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCAttt > 1:278223/1‑91 (MQ=255) gAAAAGGCATTGAAGAAGAAATTTAAATAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTg > 2:2207636/1‑91 (MQ=255) aaaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGt < 1:3653735/91‑1 (MQ=255) aaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGtt > 2:3142320/1‑91 (MQ=255) aaaGGCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGtt > 1:1623041/1‑91 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:757825/91‑1 (MQ=255) ggCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAAc < 1:1972315/91‑1 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg > 2:2557521/1‑91 (MQ=255) gCATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACg < 1:1021327/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 2:1819716/91‑1 (MQ=255) cATTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa > 2:1261498/1‑91 (MQ=255) cATAGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGa < 1:1558323/91‑1 (MQ=255) aTTGAAGAAGAAATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGat > 1:3376928/1‑91 (MQ=255) 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agaaATTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGt < 1:3435918/91‑1 (MQ=255) aaTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATg > 2:892250/1‑91 (MQ=255) aTTTAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGa < 2:2580684/91‑1 (MQ=255) tttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGAc < 1:2119837/91‑1 (MQ=255) ttAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACa > 1:521423/1‑91 (MQ=255) tAAGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAg > 1:681138/1‑91 (MQ=255) aGTAATAAAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGc < 1:3781697/91‑1 (MQ=255) taataaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCgt > 2:356846/1‑91 (MQ=255) aataaAAATAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCgtg < 2:2651157/91‑1 (MQ=255) aataaAAATAACAGTATTTTAGATTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCgtg < 2:3131527/91‑1 (MQ=255) aaaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTg > 1:2163071/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa < 1:3622102/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGa > 2:51753/1‑91 (MQ=255) tgaaaacagtattttaggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaa > 2:1112241‑M2/51‑91 (MQ=255) aaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaa < 2:1422381/91‑1 (MQ=255) aaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaa > 1:946021/1‑91 (MQ=255) aaaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGCTTAGAATCCTAAAATACTGTTTTCCTTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaa > 2:3812145/1‑91 (MQ=255) aaTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGaaa < 2:2926242/91‑1 (MQ=255) aTAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAAt < 2:398810/91‑1 (MQ=255) tAACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATc > 2:1104225/1‑91 (MQ=255) acagtattttaggattgtaaaccatgataaacctaaaatactgttTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg > 2:1276625‑M2/46‑91 (MQ=255) ACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg < 2:2756021‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg < 2:2755838‑M1/91‑1 (MQ=255) ACAGTATTTTAGGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCtg < 2:1594629‑M1/91‑1 (MQ=255) 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GGTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGc > 1:187499‑M1/1‑91 (MQ=255) GTTTATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGcc < 1:3523949‑M1/91‑1 (MQ=255) tttATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGccc > 1:248293/1‑91 (MQ=255) ttATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCg < 1:1489956/91‑1 (MQ=255) tATCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGc > 1:1444014/1‑91 (MQ=255) aTCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCt < 1:3170118/91‑1 (MQ=255) aTCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCt < 2:2703905/91‑1 (MQ=255) tCATGGTTTACAATCCTAAAATACTGTTTTCATTTGTTAACGATATTGCTGTATGACAGGCGTGTTGAAATCTGTTTGTTGTTGCCCGCtt > 2:2186140/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |