| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1138356 | 191 (1.000) | 18 (0.110) | 15/140 | NT | 9.2% | intergenic (‑121/+82) | isdB/isdA | Iron‑regulated surface determinant protein B/Iron‑regulated surface determinant protein A |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1138378 | 190 (1.140) | intergenic (‑143/+60) | isdB/isdA | Iron‑regulated surface determinant protein B/Iron‑regulated surface determinant protein A | |||||
Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
TCAACTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAGA > USA300TCH1516_ALE/1138266‑1138446 | cAACTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGtt > 2:1793080/1‑91 (MQ=255) aattGATAATGATTATCAGTTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTta > 2:3673529/4‑91 (MQ=39) aaCTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTta > 1:578657/1‑91 (MQ=255) aCTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTtat > 1:1027710/1‑91 (MQ=255) cTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTtata > 2:2408908/1‑91 (MQ=255) tGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAg > 2:1766771/1‑91 (MQ=255) gATAATGATTATCAGTTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGa > 2:1989972/1‑91 (MQ=255) gATAATGATTATCAGTTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGa > 2:3640812/1‑91 (MQ=255) aTAATGATTATCAGTTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGAt > 2:3041561/1‑91 (MQ=255) aTAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGAt > 2:67219/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTa > 1:832361/1‑91 (MQ=255) aaTCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTa > 1:498917/1‑91 (MQ=255) aTCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTAt > 2:3801516/1‑91 (MQ=255) aTCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTAt < 1:2708088/91‑1 (MQ=255) cATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGa > 1:978538/1‑91 (MQ=255) cATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGa > 1:290603/1‑91 (MQ=255) cATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGa < 2:3723763/91‑1 (MQ=255) cATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGa < 2:3725658/91‑1 (MQ=255) aaTTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGa < 2:3861997/90‑1 (MQ=255) tATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAat > 1:2383102/1‑91 (MQ=255) aTCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAata > 2:782506/1‑91 (MQ=255) cAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATc > 2:131244/1‑91 (MQ=255) cAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATc < 1:1952932/91‑1 (MQ=255) aaTTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCt > 1:914391/1‑91 (MQ=255) aTTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTa > 2:2280872/1‑91 (MQ=255) ttGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTtatagatatttcataatctat < 2:539488‑M1/91‑22 (MQ=255) ttGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTAt < 2:1085011/91‑1 (MQ=255) tGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATg > 1:60627/1‑91 (MQ=255) gATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGa < 2:903463‑M2/91‑2 (MQ=255) tACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacat < 1:1516120‑M2/91‑5 (MQ=255) aCTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacata < 2:2470331‑M2/91‑6 (MQ=255) cTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTcatagatatttcataatctataacatag < 2:634530‑M1/91‑29 (MQ=255) ttgtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacatagg < 1:3784711‑M2/91‑8 (MQ=255) ttgtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacatagg < 1:2751137‑M2/91‑8 (MQ=255) tgtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacataggt > 2:1475386‑M2/1‑83 (MQ=255) tgtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacataggt > 2:642342‑M2/1‑83 (MQ=255) gtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTcatagatatttcataatctataacataggtt < 1:2250835‑M1/91‑32 (MQ=255) gtattgtaCATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacataggtt < 1:655143‑M2/91‑10 (MQ=255) 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ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa < 1:2030880/91‑1 (MQ=255) ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa > 2:2624006/1‑91 (MQ=255) ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa > 1:2327213/1‑91 (MQ=255) ttaATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATaaaaaa < 1:1403422/91‑1 (MQ=255) aaTTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAata < 2:160629/91‑1 (MQ=255) aTTGCAACGTTATTTTAT‑AAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAatata > 2:2312469/1‑91 (MQ=255) ttGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCCATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAGAAAatata > 2:3378019/1‑91 (MQ=255) agTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGt < 2:2352449/90‑1 (MQ=255) 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ataAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacataggttatttttttataaaataacgttgcaattaactaacatttcaa < 1:1390196‑M2/91‑51 (MQ=255) ataAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGacataggttatttttttataaaataacgttgcaattaactaacatttcaa < 2:522441‑M2/91‑51 (MQ=255) ataAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAgtgt > 1:1777156/1‑91 (MQ=255) aaaaaaaTAACCTATGTtatagattatgaaatatctatgacataggttatttttttataaaataacgttgcaattaactaacatttcaatg > 2:3521944‑M1/1‑17 (MQ=255) aaaaaTAACCTATGTtatagattatgaaatatctatgacataggttatttttttataaaataacgttgcaattaactaacatttcaatgta > 2:188916‑M1/1‑15 (MQ=255) aaaaaTAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACg > 2:185676/1‑91 (MQ=255) aaaaTAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAGAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACga < 2:2230024/91‑1 (MQ=255) aaaaTAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACga < 2:2837717/91‑1 (MQ=255) 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aTGTcatagatatttcataatctataacataggttatttttttataaaataacgttgcaattaactaacatttcaatgtacaatacaagta > 2:500589‑M1/1‑4 (MQ=255) tGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGAtttattta > 2:1137019/1‑91 (MQ=255) gTcatagatatttcataatctataacataggttatttttttataaaataacgttgcaattaactaacatttcaatgtacaatacaagtaat < 1:1135963‑M1/91‑90 (MQ=255) gTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAg < 1:534684/91‑1 (MQ=255) gTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAg < 2:2076316/91‑1 (MQ=255) ttATAGATTATGAAATATCTACGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAGa < 1:3663475/91‑1 (MQ=255) | TCAACTGATAATCATTATCAATTGATTACTTGTATTGTACATTGAAATGTTAGTTAATTGCAACGTTATTTTATAAAAAAATAACCTATGTTATAGATTATGAAATATCTATGACATAGGTTAAATAAAATTTAAAATAAAAAATATATTAAGTTATGAGTGTGACGATGATTTATTTAGA > USA300TCH1516_ALE/1138266‑1138446 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |