| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1199293 | 128 (0.670) | 14 (0.080) | 9/144 | NT | 9.7% | intergenic (+20/‑63) | USA300HOU_RS05980/USA300HOU_RS05985 | hypothetical protein/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1199312 | 147 (0.860) | intergenic (+39/‑44) | USA300HOU_RS05980/USA300HOU_RS05985 | hypothetical protein/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 240 total aligned reads displayed.
TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTAG > USA300TCH1516_ALE/1199203‑1199383 | ttATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGC < 2:1815082‑M1/91‑1 (MQ=255) aTCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCaa > 1:379556/1‑91 (MQ=255) tCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaa > 2:1112442‑M1/1‑88 (MQ=255) ttAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTAc < 2:2278194/91‑1 (MQ=255) tattatTCAAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATAACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGa < 1:2307953/91‑1 (MQ=255) tattCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATAc < 1:3296069/91‑1 (MQ=255) tattCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATAc < 1:3192671/91‑1 (MQ=255) ccAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtaccctt < 2:276976‑M1/91‑20 (MQ=255) cAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttg < 1:3638271‑M1/91‑21 (MQ=255) cAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAg > 1:1897552‑M2/1‑90 (MQ=255) aaaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgc < 1:2883704‑M1/91‑22 (MQ=255) aaaaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcc < 1:1112442‑M1/91‑23 (MQ=255) aaGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctc > 1:1131162‑M2/1‑86 (MQ=255) gggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgt > 2:740024‑M2/1‑84 (MQ=255) ggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgtt < 2:732501‑M2/91‑9 (MQ=255) ggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgtt < 2:3095520‑M2/91‑9 (MQ=255) ggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgtt < 2:483461‑M2/91‑9 (MQ=255) ggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgtt < 2:483382‑M2/91‑9 (MQ=255) ggTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgtt > 2:442910‑M2/1‑83 (MQ=255) ttACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGtttt > 2:1319427/1‑91 (MQ=255) ttACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGtttt > 1:193385/1‑91 (MQ=255) ttACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGtttt > 2:157155/1‑91 (MQ=255) cTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGa < 1:3327226/91‑1 (MQ=255) cAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgct < 1:2057918‑M1/91‑36 (MQ=255) cAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGatat < 1:2323921/91‑1 (MQ=255) aaaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATg > 1:1251791/1‑91 (MQ=255) aaaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATg < 2:3628703/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGc < 1:3409223/91‑1 (MQ=255) aaTCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGc > 2:1970845/1‑91 (MQ=255) tCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAt < 1:919985/91‑1 (MQ=255) tttAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCAttt > 1:968826/1‑91 (MQ=255) aaTTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTc > 1:574463/1‑91 (MQ=255) aaTTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTc > 1:504154/1‑91 (MQ=255) tGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGa > 1:2603020/1‑91 (MQ=255) gATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAat > 1:421324/1‑91 (MQ=255) gATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAat > 2:714892/1‑91 (MQ=255) ttttAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAatat < 1:3020431/91‑1 (MQ=255) tttAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATGTTTCTGAAtata < 1:2981287/91‑1 (MQ=255) ttAATTCAATTACAATAAATTAAGTGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTCGATATGCATTTTTCTGAATATaa < 2:3509184/91‑1 (MQ=255) ttAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATaa > 2:2406061/1‑91 (MQ=255) tAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAg > 2:105551/1‑91 (MQ=255) aaTTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAgg > 1:827243/1‑91 (MQ=255) cAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaa < 2:1374670‑M1/91‑60 (MQ=255) aaTTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGACATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAAt > 1:2666870/1‑91 (MQ=255) aTTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATa > 1:2432530/1‑91 (MQ=255) aTTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATa > 2:2616142/1‑91 (MQ=255) ttACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAg < 2:3332406/91‑1 (MQ=255) ttACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAg < 1:752587/91‑1 (MQ=255) tACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGa < 2:1251791/91‑1 (MQ=255) cAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATg > 2:1746855/1‑91 (MQ=255) cAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATg > 1:1250547/1‑91 (MQ=255) aaTAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATgg < 2:599114/91‑1 (MQ=255) aaTAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATgg < 2:1476653/91‑1 (MQ=255) aTAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGt > 1:1327501/1‑91 (MQ=255) aTTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAttt < 2:329432/91‑1 (MQ=255) aTTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAttt < 2:2559104/91‑1 (MQ=255) ttAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAtttt < 1:716934/91‑1 (MQ=255) ttAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTCTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTAtttt < 1:987091/91‑1 (MQ=255) aaGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTtat > 1:2245289/1‑91 (MQ=255) aGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTCTTTtata > 2:3775063/1‑91 (MQ=255) cGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAAt < 2:3822036/91‑1 (MQ=255) aCATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAAttt > 1:1683015/1‑91 (MQ=255) aTAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAAttttt < 1:1662326/91‑1 (MQ=255) tAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAAtttttt < 2:630455/91‑1 (MQ=255) tAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAAtttttt < 2:3000722/91‑1 (MQ=255) gacGAGGCtaaagtatcatgtacccgtgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacc < 2:3862087‑M1/90‑84 (MQ=255) aaCGAGGCtgaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacc < 1:3716044‑M1/91‑84 (MQ=255) aaCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacc < 2:2038233‑M1/91‑84 (MQ=255) aaCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacc < 2:844701‑M1/91‑84 (MQ=255) aaCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacc > 2:442802‑M1/1‑8 (MQ=255) aCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccc < 2:2166790‑M1/91‑85 (MQ=255) aCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccc > 1:2068587‑M1/1‑7 (MQ=255) aCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccc > 1:792417‑M1/1‑7 (MQ=255) aCGAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccc < 1:219539‑M1/91‑85 (MQ=255) aCGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTa < 2:1331902/91‑1 (MQ=255) cGAGGCAGGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccct < 1:2259800‑M2/91‑67 (MQ=255) cGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTaa > 2:3768140/1‑91 (MQ=255) cGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTCTTGCTATGCATTCTTCTGAATATAACGACAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTaa > 1:3101475/1‑91 (MQ=255) gAGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctt < 2:2528985‑M1/91‑87 (MQ=255) gAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAg < 2:91405/91‑1 (MQ=255) gAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAg > 2:3246276/1‑91 (MQ=255) aGGCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccgattaaagatttggagtaacccttt > 2:3600433‑M1/1‑4 (MQ=255) aGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt < 1:2333458‑M2/91‑69 (MQ=255) aGGCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttt < 1:35152‑M2/91‑69 (MQ=255) aGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAgg > 1:2585691/1‑91 (MQ=255) ggCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttagtttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttt > 2:3181543‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttt > 2:209404‑M1/1‑3 (MQ=255) ggCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGt > 1:112660/1‑91 (MQ=255) gCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttcttgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt > 2:143514‑M1/1‑2 (MQ=255) gCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt > 2:1462188‑M1/1‑2 (MQ=255) gCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt > 1:3564178‑M1/1‑2 (MQ=255) gCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt > 1:3355162‑M1/1‑2 (MQ=255) gCtaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt > 1:2142857‑M1/1‑2 (MQ=255) gCAAGGGTACATGATACTTTAgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaacccttttt < 2:2296455‑M2/91‑71 (MQ=255) gCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTa > 2:1945128/1‑91 (MQ=255) gCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTa < 1:250757/91‑1 (MQ=255) ctaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttttg > 2:1798357‑M1/1‑1 (MQ=255) ctaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttttg > 2:3530272‑M1/1‑1 (MQ=255) ctaaagtatcatgtacccttgcctcgttatgtcgcttaatttattgtaattgaattaaaatccaattaaagatttggagtaaccctttttg < 2:3396040‑M1/91‑91 (MQ=255) cAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTAg < 2:2196119/91‑1 (MQ=255) | TTATCGTTTTAGTATTATTCCAAAAAGGGTTACTCCAAATCTTTAATTGGATTTTAATTCAATTACAATAAATTAAGCGACATAACGAGGCAAGGGTACATGATACTTTAGCCTCGTTTTTGATATGCATTTTTCTGAATATAAGGGCAATAGATGGTATTTTATAATTTTTTTAAGGTAG > USA300TCH1516_ALE/1199203‑1199383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |