| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 1255967 = | 131 (0.690) | 21 (0.130) | 17/134 | NT | 16.6% | intergenic (+183/+61) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1256006 = | 102 (0.640) | intergenic (+222/+22) | rplS/USA300HOU_RS06250 | 50S ribosomal protein L19/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 295 total aligned reads displayed.
TTTGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGACTTAGTAGATTTATTAAATATATGCGTAGCAACATTATTTTTGTCTTGCCCATCTCGTGAAAAT > USA300TCH1516_ALE/1255877‑1256057 | ttttCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACTTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAA > 2:1796495‑M1/1‑91 (MQ=255) ttGCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAA < 1:1778686‑M1/91‑1 (MQ=255) tataacaattactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaataa > 1:401562‑M1/90‑91 (MQ=255) gCTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAAT > 2:2759230‑M1/1‑91 (MQ=255) cTGTTTAGTTAATGTAAAGTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATC > 1:79279‑M1/1‑91 (MQ=255) aattactatatttggcattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATctac < 2:2372213‑M1/8‑1 (MQ=255) 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gTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGaaa < 2:3481738/91‑1 (MQ=255) gTTGATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGaaa > 1:100622/1‑91 (MQ=255) cattatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATctacta < 1:2927672‑M1/10‑1 (MQ=255) ttatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAg > 1:543615‑M1/67‑91 (MQ=255) gATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAgg > 1:1416335/1‑91 (MQ=255) gATAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAgg > 1:3482646/1‑91 (MQ=255) tatatgtagtattattttcacgagatgggcaagacaaaaataatgttgctacgcatatatttaatAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAgg > 1:106734‑M1/66‑91 (MQ=255) aTAATGTAATTGTTTATTCCTTCTCTATTCATAACGTGTTTGCTC‑AAAATGGTTATATAAACAAAAATCTACTAAGTGCCATTGAAAAGGa < 1:698567‑M2/91‑2 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |