| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314645 | 184 (0.970) | 24 (0.130) | 15/150 | NT | 11.7% | intergenic (+66/‑74) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314663 | 190 (1.060) | intergenic (+84/‑56) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA | |||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
TGACCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATC > USA300TCH1516_ALE/1314555‑1314735 | tgaCCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCAC > 2:1719762‑M1/1‑91 (MQ=255) gaCCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACt > 1:2263577/1‑91 (MQ=255) aCCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTg > 2:2901060/1‑91 (MQ=255) aCCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTg < 1:3634187/91‑1 (MQ=255) aCCATCCATTTTCAACATTGTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAGTTGGAACCTCTCGTCACGTAGTATCAATTTCACATTGTAACACTg > 2:1975127/1‑91 (MQ=255) ccatccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGt < 1:86816/91‑1 (MQ=255) ccatTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTAc < 2:2737443/91‑1 (MQ=255) atTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACAt < 2:1042895/91‑1 (MQ=255) ttttCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATa > 1:3743038/1‑91 (MQ=255) aaCATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaa < 2:3768045‑M1/91‑16 (MQ=255) cATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaac < 1:1010609‑M1/91‑18 (MQ=255) aTTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCg < 2:2684683/91‑1 (MQ=255) tttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagt < 1:839249‑M1/91‑21 (MQ=255) ttAAGATTACGTAAGTAAGCATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 2:3585807‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAATTCCGTAAGTAAACATTCGCAGTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTATTAGAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 2:3373838‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACGTTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 1:825660‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg < 1:3501116‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtgg < 1:1229076‑M1/91‑23 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtgg > 1:165126‑M2/1‑87 (MQ=255) aaacTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggt > 1:3215761‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggt > 1:652862‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 2:836146/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt > 1:711434/1‑91 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt < 2:1181820/91‑1 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt < 2:1263122/91‑1 (MQ=255) aaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtac < 2:732357‑M1/91‑26 (MQ=255) aaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTc > 2:3880957/1‑91 (MQ=255) ttACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtacta < 2:428373‑M1/91‑28 (MQ=255) tACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtactat < 1:1176340‑M1/91‑29 (MQ=255) aCGTGAGTGAACGTTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt < 2:1648790/91‑1 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtactata < 2:1608202‑M1/91‑30 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaa > 1:1469429‑M1/1‑62 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaa < 2:1469429‑M1/77‑16 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATGGGTGGTTCtttt > 2:3230801/1‑91 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt > 1:2698570/1‑91 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt > 1:2363906/1‑91 (MQ=255) taagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtactatatta < 2:464330‑M1/91‑33 (MQ=255) agtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTa < 2:2091740/91‑1 (MQ=255) agtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTa > 1:2883006/1‑91 (MQ=255) aaaCATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACcgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattc < 2:1094001‑M1/91‑38 (MQ=255) aCATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAtt < 1:24887/91‑1 (MQ=255) cATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAttt < 1:2947047/91‑1 (MQ=255) cGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAata > 2:486449/1‑91 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg > 2:62559/1‑91 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg < 1:457760/91‑1 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg < 1:3460780/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 1:474259/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa > 2:2792341/1‑91 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa > 2:237578/1‑91 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa > 1:2387856/1‑91 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 2:3864511/91‑1 (MQ=255) tGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGaaa < 2:3059446/91‑1 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAat < 2:3623523/91‑1 (MQ=255) ccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatatat < 1:1045806/91‑1 (MQ=255) ccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatatat < 2:3179723/91‑1 (MQ=255) ccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatatat > 1:2769188/1‑91 (MQ=255) cTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATc > 1:1753941/1‑91 (MQ=255) tATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATcc < 1:2087832/91‑1 (MQ=255) aTCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTGCCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCa < 1:3113208/91‑1 (MQ=255) tCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCAt > 1:578286/1‑91 (MQ=255) cGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATa < 1:527186/91‑1 (MQ=255) gTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATag < 2:3025998/91‑1 (MQ=255) gTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATag > 1:1885718/1‑91 (MQ=255) ttAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTTTTTTTATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGc > 2:2471887/1‑91 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa > 1:2662385/1‑91 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 2:916283/91‑1 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa < 2:2567191/91‑1 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:342629/1‑91 (MQ=255) gAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattacattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgttt < 2:1858138‑M2/91‑55 (MQ=255) gAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTTTCTTTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAAc > 2:3505534/1‑91 (MQ=255) gAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAAc > 2:3570125/1‑91 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa < 1:933843/91‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa < 2:2386943/91‑1 (MQ=255) tAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttactta < 1:1790775‑M2/91‑60 (MQ=255) aaTATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaa < 1:2792416/91‑1 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa < 1:593959/91‑1 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa > 1:1623277/1‑91 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa > 2:3320329/1‑91 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa > 2:1488372/1‑91 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAc > 2:1775012/1‑91 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 1:216460‑M2/91‑65 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 2:2397696‑M2/91‑65 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACca > 1:1289108/1‑91 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac > 1:120879/1‑91 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac > 2:2817232/1‑91 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac < 1:3880957/91‑1 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTAGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac > 1:3261710/1‑91 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca > 2:2617775/1‑91 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca > 1:1958269/1‑91 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca < 1:3392827/91‑1 (MQ=255) gTACCACTGCTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca > 2:956505/1‑91 (MQ=255) aCCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAAt > 1:2190606/1‑91 (MQ=255) ccACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatttta < 1:546877‑M2/91‑70 (MQ=255) ccACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAAtt < 2:2758934/91‑1 (MQ=255) caccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaa > 1:1453696‑M1/1‑3 (MQ=255) caccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaa < 2:1406932‑M1/91‑89 (MQ=255) caccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgaaattttaa > 2:3373638‑M1/1‑3 (MQ=255) cACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTa > 1:3561306/1‑91 (MQ=255) ccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaaaa > 1:360038‑M1/1‑1 (MQ=255) ccgatttactatgtaaacagtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaaaa > 2:1172421‑M1/1‑1 (MQ=255) | TGACCATCCATTTTCAACATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATC > USA300TCH1516_ALE/1314555‑1314735 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |