| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314645 | 184 (0.970) | 24 (0.130) | 15/150 | NT | 11.7% | intergenic (+66/‑74) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1314663 | 190 (1.060) | intergenic (+84/‑56) | USA300HOU_RS06490/korA | hypothetical protein/2‑oxoglutarate oxidoreductase subunit KorA | |||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
ATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTC > USA300TCH1516_ALE/1314573‑1314752 | aTTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCg < 2:1448254/91‑1 (MQ=255)aTTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCg < 2:2684683/91‑1 (MQ=255)aTTTTAAAATTAAGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTCGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCg > 1:1870287/1‑91 (MQ=255) ttAAAATTCCGTAAGTAAACATTCGCAGTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTATTAGAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 2:3373838‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACGTTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 1:825660‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCGTTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtg > 1:2384064‑M2/1‑88 (MQ=255) ttAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATAGgtg < 1:3233803‑M2/91‑4 (MQ=255) tAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtgg > 1:165126‑M2/1‑87 (MQ=255) aaaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggt > 1:652862‑M2/1‑86 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt < 2:3558675/91‑1 (MQ=255) aaaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGtt < 2:1181820/91‑1 (MQ=255) aaTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTc < 2:1243663/91‑1 (MQ=255) aTTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCt < 1:2727397/91‑1 (MQ=255) aCGTGAGTGAACGTTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt < 2:1648790/91‑1 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt < 2:3151623/91‑1 (MQ=255) aCGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCAATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCtttt > 1:3738104/1‑91 (MQ=255) gtaagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTg < 2:701750/91‑1 (MQ=255) aagtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGtt < 1:486474/91‑1 (MQ=255) gtaaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTAt < 1:1209945/91‑1 (MQ=255) taaACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATc < 1:3834412/91‑1 (MQ=255) aaaCATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCa < 1:3574138/91‑1 (MQ=255) cATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAttt > 2:1056686/1‑91 (MQ=255) cATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAttt > 1:147520/1‑91 (MQ=255) cATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAttt < 1:2947047/91‑1 (MQ=255) aTTCGAATTGGACCCTATCGTCCATCGGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTa < 2:3369298/91‑1 (MQ=255) ttCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTaa > 2:3234364/1‑91 (MQ=255) cGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAata > 2:486318/1‑91 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg < 1:457760/91‑1 (MQ=255) aaTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATg < 1:3459908/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 2:3864743/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa < 1:474259/91‑1 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa > 2:2792416/1‑91 (MQ=255) aTTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGa > 2:237578/1‑91 (MQ=255) ggACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAat > 1:665639/1‑91 (MQ=255) ccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatatat < 1:1045806/91‑1 (MQ=255) ccTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatatat > 1:2769399/1‑91 (MQ=255) cTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATc > 2:1971685/1‑91 (MQ=255) cTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATc > 1:1753941/1‑91 (MQ=255) tATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATcc < 1:2087832/91‑1 (MQ=255) aTCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCa < 1:2191489/91‑1 (MQ=255) cGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATTCATa > 1:412697/1‑91 (MQ=255) gTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATag < 2:3025998/91‑1 (MQ=255) gTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATag > 2:91058/1‑91 (MQ=255) tAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCa > 1:2662385/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata > 1:342628/1‑91 (MQ=255) aTGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCAtata < 2:261778/91‑1 (MQ=255) tGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtt < 2:423856‑M2/91‑54 (MQ=255) gAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattacattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgttt < 2:1858138‑M2/91‑55 (MQ=255) gAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAatata < 2:2585162/72‑1 (MQ=255) gAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAAc > 2:3570199/1‑91 (MQ=255) aaTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCCTATAACt > 1:1943814/1‑91 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa > 2:1368386/1‑91 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa < 2:2386943/91‑1 (MQ=255) aTTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTa < 1:933480/91‑1 (MQ=255) tttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggttcaattcgaatgtttact < 2:3653220‑M2/91‑58 (MQ=255) tttAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTAt < 1:2322606/91‑1 (MQ=255) aaTATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaa < 1:2792416/91‑1 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa < 1:593959/91‑1 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa > 2:1488372/1‑91 (MQ=255) atatAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGaaa > 1:584662/1‑91 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgt < 2:1608202‑M2/91‑63 (MQ=255) tataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAc > 2:1775012/1‑91 (MQ=255) ataGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAAcc > 2:360541/1‑91 (MQ=255) taGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaa < 2:2397696‑M2/91‑65 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac > 2:2817232/1‑91 (MQ=255) aGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcac < 2:2521861/91‑1 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatt < 2:732357‑M2/91‑67 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca > 1:1958269/1‑91 (MQ=255) gTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACcaca > 2:956399/1‑91 (MQ=255) aCCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAAt > 1:2190573/1‑91 (MQ=255) aCCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAAt > 1:3515947/1‑91 (MQ=255) ccACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatttta < 1:1229076‑M2/91‑70 (MQ=255) ccACTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaatttta < 1:546877‑M2/91‑70 (MQ=255) ccACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAAtt < 2:2758934/91‑1 (MQ=255) aCTGTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaaa < 1:839249‑M2/91‑72 (MQ=255) cTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATc > 2:2008545/1‑91 (MQ=255) gTTTACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgtaattttaaaatg < 1:1010609‑M2/91‑75 (MQ=255) gTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGt < 2:1080256/91‑1 (MQ=255) tttACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTg > 2:1359705/1‑91 (MQ=255) tttACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTg > 1:1330950/1‑91 (MQ=255) ttACATAGTAAATCGgtggtactatattaaattcatactaatggacgatagggtccaattcgaatgtttacttacgt > 1:1469429‑M2/1‑15 (MQ=255) ttACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTgg > 2:794638/1‑91 (MQ=255) tACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGa > 2:1533038/1‑91 (MQ=255) tACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGa > 1:337120/1‑91 (MQ=255) aCATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaa > 2:3202501/1‑91 (MQ=255) cATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaaa < 1:3267645/91‑1 (MQ=255) cATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGaaa < 2:3482468/91‑1 (MQ=255) aTAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCAGATAATGTGAAAGATATCGATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAg < 2:3864464/91‑1 (MQ=255) tAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGt > 1:2092026/1‑91 (MQ=255) gTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTg > 2:1172226/1‑91 (MQ=255) tAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTgg > 2:510615/1‑91 (MQ=255) tAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTgg > 2:2926994/1‑91 (MQ=255) tAAAGCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTgg > 1:3065275/1‑91 (MQ=255) aTCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCgg > 1:251752/1‑91 (MQ=255) aTCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCgg < 1:281984/91‑1 (MQ=255) aTCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCgg > 2:1157798/1‑91 (MQ=255) tCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGt < 2:3112743/91‑1 (MQ=255) cGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTc > 1:2900415/1‑91 (MQ=255) cGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTc > 1:2391637/1‑91 (MQ=255) cGGAGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTc > 1:1384655/1‑91 (MQ=255) | ATTTTAAAATTACGTAAGTAAACATTCGAATTGGACCCTATCGTCCATTAGTATGAATTTAATATAGTACCACTGTTTACATAGTAAATCGGTGGTTCTTTTTGTTATCATTTAATATGAAATATATCCATAGGAGGCATATAACTATGAAACCACAATTATCGTGGAAAGTTGGCGGTC > USA300TCH1516_ALE/1314573‑1314752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |