| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353906 | 170 (0.890) | 15 (0.090) | 12/134 | NT | 9.9% | intergenic (+99/+44) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353932 | 131 (0.820) | intergenic (+125/+18) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein | |||||
Only 100 of 369 total aligned reads displayed.
GTGATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAG > USA300TCH1516_ALE/1353816‑1353996 | gcgaagccatagagctatctaaacagcctttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCAtaataa > 1:3603239‑M1/79‑91 (MQ=255) gATTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAcc > 1:3756120/1‑91 (MQ=255) aTTATATATATTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCa > 2:1480768/1‑91 (MQ=255) tatatatTAAAGTAAAATATACTGGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCTTAGt < 1:593547/91‑1 (MQ=255) atatatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATCATTTAAAGGCATAATAACCATAGTg > 2:1750604/1‑91 (MQ=255) tatTAAAGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGt < 2:3629722/91‑1 (MQ=255) aGTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAg < 1:2963138/91‑1 (MQ=255) gTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGc > 2:3232902/1‑91 (MQ=255) gTAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGc > 1:3657589/1‑91 (MQ=255) tAAAATATAGTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCg > 1:1947756/1‑91 (MQ=255) tAAAATATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTg < 1:1019631/80‑1 (MQ=255) aaaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGt > 2:760066/1‑91 (MQ=255) aaaaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGt < 2:2253989/91‑1 (MQ=255) aaTATACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTaa < 1:2119161/91‑1 (MQ=255) atatACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAAt > 1:835244/1‑91 (MQ=255) tataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATg < 1:2296256/91‑1 (MQ=255) ataCTTGACGCATCGCTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATGATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 2:3374517/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg < 2:1935135/91‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATgg > 2:1635233/1‑91 (MQ=255) taCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGa < 1:3505945/91‑1 (MQ=255) aCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggt < 2:2547421‑M1/91‑28 (MQ=255) aCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAt > 1:880111‑M2/1‑90 (MQ=255) cTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtt < 1:1768155‑M2/91‑3 (MQ=255) cTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtt > 1:2673786‑M2/1‑89 (MQ=255) ttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta > 2:2589456‑M1/50‑91 (MQ=255) tGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttat > 2:2489886‑M2/1‑87 (MQ=255) tGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttat > 2:111409‑M2/1‑87 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttatta < 1:2628461‑M1/91‑33 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCACAATAACCATAGTGCGTATc < 2:1467005/73‑1 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 1:863633‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 2:2348240‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 2:235337‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatcat < 2:3597192‑M2/91‑8 (MQ=255) gaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCtt > 2:1013798‑M1/41‑91 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 1:1978134‑M2/1‑79 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 2:2753588‑M2/1‑79 (MQ=255) gATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgccttt > 2:3185876‑M2/1‑78 (MQ=255) aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg < 2:1055534/91‑1 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGa > 1:398531/1‑66 (MQ=255) tttATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGa > 2:2079780/1‑91 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt > 1:1003011/1‑91 (MQ=255) tattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtt > 2:375678/1‑91 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAttt < 1:3826044/91‑1 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAttt > 2:186695/1‑91 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAttt > 2:1567466/1‑91 (MQ=255) attattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAttt > 1:3141138/1‑91 (MQ=255) ttattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaatta < 2:587622‑M1/91‑46 (MQ=255) ttattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtttt < 2:2116473/91‑1 (MQ=255) attaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaattatt < 2:753514‑M1/91‑48 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 1:1520329/91‑1 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 1:1989206/91‑1 (MQ=255) taCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACtt > 1:3390934/1‑91 (MQ=255) aCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTg > 2:2191581/1‑91 (MQ=255) aTAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAAtccattacgctcgatacgcactatggttattatgcctttaaattatttctata < 1:3858302‑M1/91‑54 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |