New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1353906 | 170 (0.890) | 15 (0.090) | 12/134 | NT | 9.9% | intergenic (+99/+44) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | = 1353932 | 131 (0.820) | intergenic (+125/+18) | nucH/USA300HOU_RS06735 | Thermonuclease/hypothetical protein |
Only 100 of 286 total aligned reads displayed.
TACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCG > USA300TCH1516_ALE/1353842‑1354022 | taCTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGa < 1:3505945/91‑1 (MQ=255) ttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta > 2:2589456‑M1/50‑91 (MQ=255) ttaaataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGatta > 1:515306‑M1/50‑91 (MQ=255) ttGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtta > 1:2876323‑M2/1‑88 (MQ=255) ttGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAtta < 2:462150‑M2/91‑4 (MQ=255) taaataaagatcaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGattat > 2:3299885‑M1/49‑91 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta > 2:3793992‑M2/1‑85 (MQ=255) aaGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatta < 1:262216‑M2/91‑7 (MQ=255) ataaagaacaggttgatcaaatcacagctatattcaagtaaaatcAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATtattat > 2:2493179‑M1/46‑91 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 1:863633‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattat > 2:2348548‑M2/1‑84 (MQ=255) aGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttatcat < 2:3597192‑M2/91‑8 (MQ=255) cATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgc > 2:2196366‑M2/1‑82 (MQ=255) aTCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcc < 1:214018‑M2/91‑11 (MQ=255) tCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 1:1718414‑M2/1‑80 (MQ=255) cGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctt > 1:1984811‑M2/1‑79 (MQ=255) gATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgccttt > 2:3185876‑M2/1‑78 (MQ=255) aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg < 2:208498/91‑1 (MQ=255) aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg > 1:2113590/1‑91 (MQ=255) aTTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTg < 2:1055534/91‑1 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGGTTATTATGCCTTTGAt < 1:1512630/91‑1 (MQ=255) ttattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAt > 1:1003011/1‑91 (MQ=255) tattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtt > 2:375678/1‑91 (MQ=255) tattattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtt < 1:3727466/91‑1 (MQ=255) ttattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtttt > 1:822446/1‑91 (MQ=255) ttattaCCATAAATTTATACATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGAtttt > 2:3395160/1‑91 (MQ=255) tattaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTa > 1:2700411/1‑91 (MQ=255) ttaCCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACt < 1:2088966/91‑1 (MQ=255) ccATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATATTGAGTATCGAGCGTAAAGGATCATTATCACTTTGATTTTACTTGa > 2:1535825/1‑91 (MQ=255) cATAAATTTATATATAGACATAAATTAAAGGCATAAGATCCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGTTTATTAGGCCTTTGATTTTACTTGag < 2:3672536/91‑2 (MQ=255) aTAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcct > 1:1621042‑M2/1‑64 (MQ=255) tAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAata > 2:2643468/1‑91 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata > 1:2546638/1‑91 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata < 2:1969456/91‑1 (MQ=255) aaTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAAtata < 1:1253794/91‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:3026781/91‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:1930843/91‑1 (MQ=255) aTTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCATATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAg < 2:875869/91‑1 (MQ=255) ttATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCt < 2:2381413/91‑1 (MQ=255) tatatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtg > 2:2151863/1‑91 (MQ=255) tatatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCtg < 1:2370712/91‑1 (MQ=255) atatataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctttaaattatttctatatataaatt < 1:438800‑M2/91‑36 (MQ=255) atataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGa < 2:1218179/91‑1 (MQ=255) atataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGa > 1:3104754/1‑91 (MQ=255) atataGAAATAACTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctttaaattatttctatatataaagtta < 1:2999550‑M2/91‑38 (MQ=255) tataGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGAt < 1:2466437/91‑1 (MQ=255) gAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGa > 2:670960/1‑91 (MQ=255) aataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaat < 2:753959‑M2/91‑45 (MQ=255) ataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCa < 1:3232902/91‑1 (MQ=255) ataatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCa < 1:1954550/91‑1 (MQ=255) taatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCaa > 2:203290/1‑91 (MQ=255) taatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCaa < 2:1758835/91‑1 (MQ=255) aatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAc < 2:482295/91‑1 (MQ=255) aatTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAc > 2:1363603/1‑91 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc < 2:262802/91‑1 (MQ=255) atTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAAcc > 2:3100458/1‑91 (MQ=255) tAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGAttattatgcctttaaattatttctatatataaatttatggtaataataaat < 1:952896‑M2/91‑52 (MQ=255) tAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGt > 1:1177574/1‑91 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 1:3461767‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 2:1425734‑M1/91‑1 (MQ=255) AAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGtt < 1:42151‑M1/91‑1 (MQ=255) AGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCt > 2:2563534‑M1/1‑91 (MQ=255) GCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttt < 2:325029‑M1/91‑1 (MQ=255) GCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttt > 2:3826651‑M1/1‑91 (MQ=255) GCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCttt > 1:3173897‑M1/1‑91 (MQ=255) ATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttat < 1:3596329‑M1/91‑1 (MQ=255) TAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttatt < 2:448117‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta < 1:3760545‑M1/91‑1 (MQ=255) ATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCtttattta > 1:2643468‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 2:3469591‑M1/1‑91 (MQ=255) TAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTaa > 1:2191581‑M1/1‑91 (MQ=255) ccATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAgg < 2:1104986/91‑1 (MQ=255) ccATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATCCCTCTGATTTTACTTGAATATAGCTATGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAgg > 1:3099654/1‑91 (MQ=255) cATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAggg > 1:309123/1‑91 (MQ=255) aTAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTc < 1:2009153/77‑1 (MQ=255) aGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTC‑TTATTTAAAGGGTGtt > 1:1421990/1‑91 (MQ=255) tGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGttt > 1:1308462/1‑91 (MQ=255) cGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAg > 2:1656325/1‑91 (MQ=255) 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aGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGctc < 1:2958851/91‑1 (MQ=255) gCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGctct < 1:3402447/91‑1 (MQ=255) gCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGctct > 2:2106468/1‑91 (MQ=255) cGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTa < 2:2860280/91‑1 (MQ=255) cGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTa > 1:3169676/1‑91 (MQ=255) cGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTa < 1:3328683/91‑1 (MQ=255) gTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTAt < 1:1988309/91‑1 (MQ=255) aTGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGc < 1:155293/91‑1 (MQ=255) aTGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGc > 2:1826097/1‑91 (MQ=255) tGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCt < 1:1034681/91‑1 (MQ=255) ggATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCTACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCtt > 1:3868859/1‑91 (MQ=255) gATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTc > 1:1782979/1‑91 (MQ=255) gATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTc < 1:312524/91‑1 (MQ=255) attattATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCg > 1:898984/1‑91 (MQ=255) | TACTTGAAGCATCGATTTATTATTACCATAAATTTATATATAGAAATAATTTAAAGGCATAATAACCATAGTGCGTATCGAGCGTAATGGATTATTATGCCTTTGATTTTACTTGAATATAGCTGTGATTTGATCAACCTGTTCTTTATTTAAAGGGTGTTTAGATAGCTCTATGGCTTCG > USA300TCH1516_ALE/1353842‑1354022 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |