New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1355713 = | 213 (1.120) | 18 (0.110) | 12/138 | NT | 9.9% | intergenic (+3/+51) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
? | USA300TCH1516_ALE | 1355761 = | 143 (0.870) | intergenic (+51/+3) | USA300HOU_RS06740/yclM | hypothetical protein/Aspartokinase 3 |
Only 100 of 278 total aligned reads displayed.
ATTAAGCTACTATCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATCACACAAGTTTTTTAATGCAACCCCGTGA > USA300TCH1516_ALE/1355623‑1355803 | gtagatgatgctgaaaaagctgtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatata > 2:1592497‑M1/91‑91 (MQ=255) ttAAGCTACTATCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGaaa < 1:2970784/91‑1 (MQ=255) gatgatgctgaaaaagctgtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatataaaa < 2:1917345‑M1/4‑1 (MQ=255) aaGCTACTATCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGaaaaa < 2:3665779/91‑1 (MQ=255) aaGCTACTATCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGaaaaa > 1:2247466/1‑91 (MQ=255) aaGCTACTATCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGaaaaa > 2:1695735/1‑91 (MQ=255) tgatgctgaaaaagctgtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGc > 1:2381563‑M1/86‑91 (MQ=255) tgatgctgaaaaagctgtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGc < 2:3236054‑M1/6‑1 (MQ=255) gatgctgaaaaagctgtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCa > 2:2783808‑M1/85‑91 (MQ=255) tactaTCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCat < 2:834261/91‑2 (MQ=255) tactaTCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCaa < 2:1521952/91‑1 (MQ=255) tactaTCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCaa > 1:2610960/1‑91 (MQ=255) tactaTCAATTTTTTATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCaa < 1:2419958/91‑1 (MQ=255) gctgaaaaagctgtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAAtt < 1:1645056‑M1/10‑1 (MQ=255) 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tttttATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGc < 2:3771197/91‑1 (MQ=255) tttttATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGc < 1:368466/91‑1 (MQ=255) tttttATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGc < 2:678516/91‑1 (MQ=255) tttttATTTTAAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGc < 2:1341363/91‑1 (MQ=255) ttattttaAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGt > 1:3028026/1‑91 (MQ=255) ttattttaAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGt < 1:1076434/91‑1 (MQ=255) ttattttaAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGt < 1:1265835/91‑1 (MQ=255) tattttaAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGtt > 1:3544263/1‑91 (MQ=255) gtattatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGtt < 1:271477‑M1/22‑1 (MQ=255) ttttaAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGa > 1:1702760/1‑91 (MQ=255) ttttaAAATTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGa > 1:2339709/1‑91 (MQ=255) attatctacatatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGa < 2:1837510‑M1/24‑1 (MQ=255) aaaaTTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATAc < 1:1374534/91‑1 (MQ=255) aaaTTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGTAGTTGAATACa > 1:3516230/1‑91 (MQ=255) aTTTGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACAtg > 1:1793863/1‑91 (MQ=255) ttGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACAtgtg > 1:1113512/1‑91 (MQ=255) ttGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACAtgtg < 1:2670475/91‑1 (MQ=255) atatgagttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACAtgtg > 1:2721864‑M1/59‑91 (MQ=255) tGTAGTAGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATgtgt < 2:2082637/91‑1 (MQ=255) gtagtaGGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGtt > 2:3051149/1‑91 (MQ=255) agtagGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTAc < 1:168773/91‑1 (MQ=255) agtagGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTAc < 2:2247466/91‑1 (MQ=255) agtagGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTAc < 1:2771673/91‑1 (MQ=255) gtagGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACg > 2:3435802/1‑91 (MQ=255) tagGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGa < 1:547053/91‑1 (MQ=255) tagGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGa < 1:2784575/91‑1 (MQ=255) gttttgctatcacggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGa > 2:2103982‑M1/53‑91 (MQ=255) agGTGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGaa > 1:2847905/1‑91 (MQ=255) tGAGCAACGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTg < 1:69399/91‑1 (MQ=255) aaCGTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCtttt < 2:2165138/91‑1 (MQ=255) aCGTATTAAGGAGGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTta < 1:1546027/91‑1 (MQ=255) acggggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtat > 1:2584088‑M1/42‑91 (MQ=255) gTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata < 2:3143352/91‑1 (MQ=255) gTATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTtata > 1:855690/1‑91 (MQ=255) tATTAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTatat < 1:1334759/91‑1 (MQ=255) gggttgcattaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATAtt > 1:2172795‑M1/39‑91 (MQ=255) ttAAGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTa > 2:3877177/1‑91 (MQ=255) aGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACAtg < 2:574213/65‑1 (MQ=255) aGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGtt < 2:1092502/91‑1 (MQ=255) aGGATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGtt < 2:2194950/91‑1 (MQ=255) ggATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttt > 1:945728/1‑91 (MQ=255) ggATGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttt < 1:625553/91‑1 (MQ=255) attaaaaaacttgtgtgataaaaactaatatAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGttttt > 2:271477‑M1/32‑91 (MQ=255) tGCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTa > 1:369712/1‑91 (MQ=255) gCAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTCTTATATTAGTTTTTAt > 2:2973801/1‑91 (MQ=255) cAATCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATc < 2:1126664/91‑1 (MQ=255) aTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcac < 2:948426/91‑1 (MQ=255) aTCCAGAGAACAATAAATAATTAAGAAAAAGCAATTCATAACGCAGTTGAATACATGTGTTACGAATTGCTTTTATATTAGTTTTTATcac > 2:2007313/1‑91 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |